Wfs1基因敲除小鼠肝脏芯片数据的生物信息学分析

论文摘要

目的:通过生物信息学方法分析Wfs1基因敲除小鼠肝脏的基因表达谱芯片,探讨WFS1基因突变的潜在致病机制。方法:从美国国立生物技术信息中心GEO数据库下载基因表达谱芯片数据(GSE55143),利用分析工具GEO2R进行差异表达基因筛选,通过在线富集分析网站进行差异表达基因的GO以及KEGG通路富集分析,并使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络。结果:筛选出198个差异表达基因,其中有96个上调基因,102个下调基因。GO和KEGG富集分析表明差异表达基因主要富集于脂肪酸生物合成和初级胆汁酸生物合成这两条信号通路。蛋白质相互作用网络分析发现26个核心基因。结论:本研究筛选出的差异表达基因及相关富集分析可促进对WFS1基因突变致病机制的进一步理解。

论文目录

• 1 资料与方法
•   1.1 资料和数据
•   1.2 数据处理及差异表达基因分析
•   1.3 差异表达基因的富集分析
•   1.4 差异表达基因的蛋白质相互作用网络分析
• 2 结果
•   2.1 差异表达基因的筛选
•   2.2 差异表达基因的GO分析
•   2.3 差异表达基因的KEGG分析
•   2.4 差异表达基因的核心基因筛选
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 胡瑞玮,陈淑芹,白宁宁,张菁,高新雨,严寒,方启晨

关键词: 基因,生物信息学,差异表达基因,富集分析

来源: 江苏大学学报(医学版) 2019年02期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学,生物医学工程

单位: 上海交通大学附属第六人民医院糖尿病研究所

基金: 上海市自然科学基金资助项目(15ZR1431700)

分类号: R346;Q811.4

DOI: 10.13312/j.issn.1671-7783.y180276

页码: 103-107

总页数: 5

文件大小: 1452K

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