茶树TCP转录因子的鉴定与表达分析

论文摘要

基于茶树基因组数据,通过生物信息学方法,对茶树全基因组TCP家族成员进行染色体定位、基因结构、编码蛋白特性和系统进化关系分析,同时采用荧光定量PCR验证茶树TCPs在不同组织部位的相对表达水平。结果表明,茶树全基因组中共鉴定出36个具有典型TCP保守结构域的转录因子基因,其CDS全长和编码氨基酸的数量分别在453～1 824 bp和150～607 aa之间,命名为CsTCP1～CsTCP30。系统进化分析显示,茶树TCP转录因子家族可分为2个亚族:ClassⅠ和ClassⅡ,并可进一步分为8个亚组（A～H）,其中ClassⅠ亚族中的TCP蛋白属于PCF或TCP-P类型,而ClassⅡ可分为CYC/TB1和CIN两种类型。基因结构和保守结构域分析结果显示,同一亚组内,TCP蛋白具有相似的氨基酸结构和保守区域,而不同亚组之间具有较大差异,暗示不同类型TCP转录因子可能具有独特的生理功能。除CsTCP21b外,其余35个CsTCP基因在茶树叶片不同生长时期均有表达,但其表达水平呈现不同趋势;荧光定量分析显示其家族成员具有组织表达特异性;外源GA3和ABA处理可以显著激活或抑制该家族基因成员的表达。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 构建cDNA文库，荧光定量分析及激素处理
•   1.3 茶树TCP转录因子家族的鉴定与分类
•   1.4 染色体定位和重复分析
•   1.5 序列比对和保守区域鉴定
•   1.6 Ka/Ks计算
•   1.7 RNA提取和荧光定量分析
• 2 结果与分析
•   2.1 茶树TCP转录因子家族的鉴定
•   2.2 茶树TCP基因染色体定位和重复分析
•   2.3 系统进化和基因结构分析
•   2.4 茶树TCP蛋白保守区域分析
•   2.5 茶树CsTCP基因在不同生长时期的表达模式
•   2.6 茶树CsTCP基因在不同组织和激素处理下的表达分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 温贝贝,罗勇,刘冬敏,张向娜,李娟,王英姿,王坤波,黄建安

关键词: 茶树,转录因子,全基因组,系统进化分析,定量表达

来源: 园艺学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 农作物

单位: 湖南农业大学茶学教育部重点实验室,国家植物功能成分利用工程技术研究中心,湖南省植物功能成分利用协同创新中心

基金: 国家自然科学基金项目（31670691,31500567,31470692)

分类号: S571.1

DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0320

页码: 2369-2382

总页数: 14

文件大小: 4085K

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