中国部分地区埃可病毒30型分离株VP1区基因序列的特征分析

论文摘要

目的研究中国部分地区埃可病毒30型（Echovirus 30,Echo30）分离株的基因特征和遗传进化规律。方法利用Mega6.0软件对Gen Bank核苷酸数据库收录的分离于中国10个地区的Echo30分离株全长VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸的同源性,计算核苷酸分子进化速率。结果纳入中国10个地区E-cho30分离株合计361株,分析结果显示中国10个地区地区Echo30流行毒株潜在的优势基因型为D。收录中国10个地区Echo30分离株间核苷酸和氨基酸差异性为7.8%～26.1%和1.2%～9.1%,与其他基因型分离株间核苷酸和氨基酸差异性为17.3%～28.5%和5.3%～9.5%。基因型D分离株核苷酸进化速率为5×10-3/（位点/年）。结论 Gen Bank数据库收录的中国地区Echo30分离株以基因型D为主,各亚型间毒株序列核苷酸差异性较小,亲缘性较近。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料来源
•   1.2 研究方法
•     1.2.1 绘制系统进化树
•     1.2.2 核苷酸和氨基酸序列分析
• 2 结果
•   2.1 Echo30分离株核苷酸序列筛选结果
•   2.2 Echo30分离株时间分布
•   2.3 Echo30分离株系统进化树分析
•   2.4 核苷酸和氨基酸同源性分析
•   2.5 核苷酸分子进化速率分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 姚学君,张雪峰,沈进进

关键词: 埃可病毒型,序列分析

来源: 现代预防医学 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 盐城市疾病预防控制中心,江苏省疾病预防控制中心

基金: 江苏省重大传染病防控科技示范项目(BE2015714)

分类号: R373

页码: 700-704

总页数: 5

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