Alu元件在染色质三维结构层次上的生物信息学分析

论文摘要

染色质在细胞核内三维高级结构包括最底层的核小体、核小体组成的"串珠"结构、螺线管纤维结构、染色质/DNA环结构(chromatin/DNA loop)、拓扑结构域(topologically associated domain, TAD)等多层次结构。其中,TAD因在不同的细胞类型中相对稳定且保守,被认为是染色质三维结构的基本单元。Alu元件是一种哺乳动物基因组中占据了较大比例的短散在重复元件,其广泛存在且种类繁多,目前关于Alu元件功能上的研究尚不透彻。本研究对Alu元件与染色质三维结构的关系进行研究,分析了Alu元件在染色质三维结构形成中的作用,并通过染色质三维结构上的距离关系对Alu元件子族的演化流程进行了探索。结果发现,Alu元件参与的染色质间相互作用在高强度的染色质相互作用中的比例随着强度增加而逐渐增高,表明Alu在染色质三维结构构建的过程中发挥了重要的作用。同时,研究还发现Alu元件在染色质上相互作用的强度与进化上的关系存在着一定的正相关性,表现在一维序列进化距离上比较接近的Alu元件在染色质的三维结构上也会彼此相互靠近。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 数据集来源
•   1.2 数据预处理
•   1.3 Alu元件相互作用频率分布分析
•   1.4 基于染色质三维结构的Alu元件演化分析
• 2 结果与分析
•   2.1 Alu元件广泛参与染色质三维折叠
•   2.2 Alu元件参与高强度染色质相互作用
•   2.3 从染色质三维结构的角度分析Alu元件的进化过程
• 3 讨论
•   3.1 Alu元件在染色质三维构象的动态折叠中发挥了重要的作用
•   3.2 染色质三维构象与Alu元件的演化存在关联

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 何超,沈文龙,李平,张彦,曾晶,殷作明,赵志虎

关键词: 染色质三维结构,元件,生物信息,进化树

来源: 遗传 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 西藏军区总医院,军事科学院军事医学研究院生物工程研究所

基金: 国家自然科学基金项目(编号:31370762,31030026,31272416,81372218)资助~~

分类号: Q811.4

DOI: 10.16288/j.yczz.18-296

页码: 254-261

总页数: 8

文件大小: 873K

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