动态规划法进行基因双序列比对的探索和实现

论文摘要

动态规划法是生物信息学中一个最流行的解决方法,序列的比较、基因的识别、蛋白质序列的重排以及蛋白质结构和功能的分析等很多生物信息学中的问题都可以通过动态规划法解决,但是动态规划法消耗的时间太长,因此一般用于双序列比对问题的求解中。通过分析序列比对的特征,结合动态规划法的思想,实现了用动态规划法进行同源DNA双序列比对。给出了具体比对的过程,并列出了算法的实现步骤。

论文目录

• 1 动态规划算法
• 2 序列比对
•   2.1 问题定义
•   2.2 最优子结构性质
• 3 动态规划法进行同源双序列比对
•   3.1 填充得分矩阵
•   3.2 回溯得到最优匹配
•   3.3 算法描述
• 4 结束语

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张晓玲,杨健

关键词: 序列比对,动态规划法,最优子结构性质,最优对准

来源: 大理大学学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 社会科学Ⅱ辑,基础科学

专业: 数学,生物学

单位: 大理大学数学与计算机学院,云南省昆虫生物医药研发重点实验室

基金: 大理大学“中国西南药用昆虫及蛛形类资源开发利用2011协同创新中心”2017年度开放课题（理大校办发〔2018〕16号）,云南省科技厅应用基础研究计划资助项目（2017FA050）,云南省地方本科高校（部分）基础研究联合专项（2018FH001-064）

分类号: Q811.4;O221.3

页码: 6-11

总页数: 6

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