基于全长转录组测序的水杉SSR序列分析

论文摘要

水杉是中国著名的一级保护植物,为了充分开发和利用这一重要种质资源,本研究在水杉全长转录组测序的基础上,对水杉SSR (Simple sequence repeat)序列进行了详细序列分析。共发现SSR序列16 227个,其中以单核苷酸为重复单位的最多,达到10 290个,长度介于10～50 nt的为绝大部分,达到总数的96.1%,其余为51～315 nt,仅占3.9%。以二、三、四、五和六核苷酸为重复单位的SSR序列分别有1 156、1 789、25、11、54个,长度范围分别于介于12～58 nt、15～60 nt、20～44 nt、25～30 nt和30～36 nt。此外,还发现有2 902个复杂SSR序列,长度介于21～4 760 nt。该结果为水杉SSR分子标记开发和水杉基因资源的保护利用提供了分子依据。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 单核苷酸重复SSR序列
•   1.2 二核苷酸重复SSR序列
•   1.3 三、四、五和六核苷酸重复SSR序列
•   1.4 复杂SSR序列
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 植物材料与全长转录组测序
•   3.2 SSR序列检测
•   3.3 SSR序列分析

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张咏祀,刘小红

关键词: 水杉,全长转录组,序列分析

来源: 分子植物育种 2019年23期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 林业

单位: 西华师范大学生命科学学院西南野生动植物资源保护教育部重点实验室

基金: 西华师范大学英才科研基金项目(17YC338),四川省教育厅重点项目(17AZ0386)共同资助

分类号: S791.35

DOI: 10.13271/j.mpb.017.007817

页码: 7817-7821

总页数: 5

文件大小: 1238K

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