我国口岸瓜实蝇监测样本的SSR分子标记分析

论文摘要

【目的】瓜实蝇是世界性检疫害虫,被列入我国口岸常年监测计划中。本研究以检疫性有害生物瓜实蝇为研究对象,利用不同地理种群瓜实蝇的转录组发现特异性的微卫星(simple sequence repeats, SSR)序列,分析我国口岸监测的瓜实蝇样本的遗传多样性。【方法】利用生物信息学方法,对4个不同地理来源的瓜实蝇转录组进行分析,发现了特异性的SSR序列,并设计特异性引物,选用我国11个省市的49个瓜实蝇监测样本进行测试及验证,使用NTsys和Popgene 32软件进行遗传多样性分析。【结果】筛选出15对多态性较好的引物,UPGMA聚类分析显示,新疆、四川和广西种群归为一支,浙江、广东、江苏种群归为一支,上海、云南、海南、天津种群归为一支,北京种群单独聚为一支。【结论】聚类分析结果显示,11个不同省市的瓜实蝇监测样本间基因分化系数为0.6712,表明不同口岸的瓜实蝇监测样本间的遗传分化较大,可能具有不同的来源地,可为进一步开发监测样本溯源技术提供理论依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 供试昆虫
•   1.2 总RNA的提取与检验
•   1.3 cDNA文库构建和测序
•   1.4 转录组组装
•   1.5 转录组SSR的筛选
•   1.6 DNA提取、引物筛选设计及PCR扩增
•   1.7 数据处理及分析
• 2 结果与分析
•   2.1 RNA提取及质量检测
•   2.2 瓜实蝇雌成虫转录组数据组装质量
•   2.3 瓜实蝇转录组SSR位点及重复类型分析
•   2.4 瓜实蝇不同地理种群监测样本间的系统发育分析
•   2.5 瓜实蝇不同地理种群群体间的系统发育分析
•     2.5.1遗传一致度和遗传距离
•     2.5.2 聚类分析
•     2.5.3 Nei′s遗传变异分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 许佳丹,王书平,蒋费涛,朱雅君,叶军,李飞

关键词: 瓜实蝇,转录组,微卫星标记,遗传多样性

来源: 生物安全学报 2019年04期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 植物保护

单位: 上海海关动植物与食品检验检疫技术中心,浙江大学昆虫科学研究所,重庆三峡学院环境与化学工程学院

基金: 国家重点研发计划项目(2017YFC1200602),上海出入境检验检疫局科技项目(HK16-010)

分类号: S41-30

页码: 259-268

总页数: 10

文件大小: 4135K

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