基于GEO数据库芯片探索miRNA参与肝纤维化的潜在机制

论文摘要

目的探讨生物信息学分析miRNA参与肝纤维化的潜在机制。方法通过GEO数据库获取小鼠肝纤维化miRNA芯片GSE19865及GSE66278数据,利用数据库软件GEO2R筛选差异miRNA。取两组芯片中同时上调的miRNA为研究目标,通过在线工具TargetScan及microT-CDS分析靶基因,取同时被两款软件预测到的基因进行功能分析。结果 GEO2R分析显示GSE19865芯片中miRNA上调37个,下调0个;GSE66278芯片中miRNA上调19个,下调18个;两组芯片中表达均上调的miRNA为mmu-miR-802。TargetScan及microT-CDS同时预测到的靶基因共有138个。通路分析显示这些靶基因主要参与线粒体生成,TGF-beta信号通路,组蛋白赖氨酸甲基化,Toll样受体信号传导等;生物学过程分析提示靶基因主要参与组蛋白赖氨酸甲基化,碱基转运,Wnt及钙调通路,JUN激酶活化,基因表达的昼夜调控,葡萄糖饥饿的细胞应答,蛋白类泛素化修饰,脂肪组织发育及细胞对氨基酸刺激的应答等。蛋白相互作用分析显示YWHAE、PPP2CA、RHOA、FOS、PSMD2、CDK19、ATF2、PAFAH1B1为调控网络中的关键基因。结论 miR-802参与肝纤维化的发生,其机制可能与miR-802靶向YWHAE、PPP2CA、RHOA等基因进而调控组蛋白甲基化等生物学过程相关。

论文目录

• 资料与方法
•   一、数据来源
•   二、芯片分析及差异miRNA筛选
•   三、miRNA靶基因预测
•   四、靶基因功能分析
• 结 果
•   一、差异microRNA
•   二、miRNA靶基因
•   三、靶基因Pathway分析及GO分析
•   四、靶基因PPI网络分析
• 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 黄翀,郑雅慧,张巨波

关键词: 肝纤维化,微小,生物信息学

来源: 肝脏 2019年12期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技

专业: 消化系统疾病

单位: 复旦大学附属华山医院感染科

基金: 国家自然科学基金(81602409)

分类号: R575.2

DOI: 10.14000/j.cnki.issn.1008-1704.2019.12.008

页码: 1381-1386

总页数: 6

文件大小: 2422K

下载量: 347