肺腺癌预后甲基化基因生物标志物鉴定

论文摘要

目的寻找一种有效的甲基化基因生物标志物,用于肺腺癌的预后预测。方法从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载219例肺腺癌和29例正常肺组织样本DNA甲基化数据及临床信息,采用Cox比例风险回归模型进行DNA甲基化生物标志物的鉴定,使用时间依赖性受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线评估该模型的性能,通过基因本体论（Gene Ontology,GO）进行功能注释,探讨DNA甲基化标志物的生物学功能。结果基因差异甲基化分析,鉴定了160个差异甲基化基因。通过Cox回归分析,筛选出生存相关的4个DNA甲基化基因（AF131215. 8、AL021918. 1、RP11. 386G11. 3和ZNF382）作为肺腺癌预后生物标志物。Kaplan-Meier和ROC分析显示,患者总生存期比较低风险组（1. 97年）明显高于高风险组（0. 54年）,差异比较具有统计学意义（P <0. 001）,并且具有很好的预测能力(AUCSignature=0. 793)。多因素Cox回归分析结果表明筛选出生存相关的生物标志物是独立预后因子。GO功能注释显示,这些基因主要参与转录激活活性、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、蛋白质异源二聚体活性和RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。结论鉴定出4个DNA甲基化基因作为预测肺腺癌预后的生物标志物并且是独立预后因子。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 DNA甲基化数据检索
•   1.2 样本资料
•   1.3 在训练组数据中构建DNA甲基化生物标志物
•   1.4生存分析与预后模型评估
•   1.5 DNA甲基化生物标志物基因功能注释
• 2 结果
•   2.1 肺腺癌预后相关DNA甲基化基因鉴定情况
•   2.2 DNA甲基化基因生物标志物预测能力验证结果
•   2.3 DNA甲基化基因生物标志物GO功能注释结果
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李青,王莉

关键词: 肺腺癌,预后,甲基化,生物标志物

来源: 转化医学杂志 2019年06期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技

专业: 肿瘤学

单位: 陆军军医大学新桥医院肿瘤科,重庆医科大学附属第三医院呼吸疾病中心

分类号: R734.2

页码: 333-338

总页数: 6

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