梯棱羊肚菌全基因组SNP/Indel分析及基于Indel标记的遗传连锁图谱构建

论文摘要

基于梯棱羊肚菌Morchella importuna两个子囊孢子培养物的全基因组测序数据,对全基因组范围内的变异位点进行分析。共鉴定到18438个变异位点,平均每Mbp的变异位点数量为361个;变异位点以单核苷酸多态性SNP为主,共计17 104个,基因组中SNP的频率为335SNPs/Mbp;Indel多态性位点1 334个,以2–10bp的插入缺失为主;73.4%SNP/Indel位于基因间隔区域,外显子区域共检测到3 042个变异位点,占总数的16.50%;对基因功能产生确定影响的移码突变有1 088个,占5.90%,错义突变916个,占比4.97%;不同Scaffold上的SNP/Indel出现频率不同,SNP频率最大的为Scaffold80,平均每Mbp包含2 856个SNP,频率最低为Scaffold60和Scaffold75,分别为16SNPs/Mbp和30SNPs/Mbp;对≥11bp的Indel变异位点进行标记开发和多态性群体分析,成功开发出75对Indel标记。采用原生质体单细胞分离技术,获得了梯棱羊肚菌M04的两个可亲和的同核体菌株M04P01和M04P40,同时采用来自M04子囊果的58个单孢菌株作为作图群体,初步构建了包含75个Indel标记和1个交配型基因的梯棱羊肚菌遗传连锁图谱,共获得12个连锁群,连锁群总长度273.7cM。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 菌株群体构建
•     1.1.1 菌株：
•     1.1.2 作图群体的构建：
•     1.1.3 M04同核体菌株制备：
•   1.2 DNA的制备
•   1.3 SNP/Indel分析
•   1.4 Indel标记的设计及扩增分析
•   1.5 梯棱羊肚菌遗传连锁图谱的构建
• 2 结果与分析
•   2.1 梯棱羊肚菌基因组范围SNP/Indel的响应
•   2.2 Indel标记的开发与群体扩增
•   2.3 原生质体单细胞分离和单孢群体的制备
•   2.4 遗传连锁图谱的构建
• 3 讨论
•   3.1 基因组范围内SNP/Indel变异位点的分析
•   3.2 梯棱羊肚菌原生质体单细胞分离及同核体交配型偏分离
•   3.3 Indel分子标记与遗传连锁图谱

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 刘伟,张倩倩,舒芳,蔡英丽,马晓龙,边银丙

关键词: 共显性标记,原生质体技术,同核体,单孢群体,遗传连锁图谱

来源: 菌物学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 园艺

单位: 华中农业大学应用真菌研究所,武汉市农业科学院蔬菜研究所

基金: 湖北省科技创新重点项目(2016ABA100),行业(农业部)科学技术计划(201503107)~~

分类号: S646.7

DOI: 10.13346/j.mycosystema.190148

页码: 2195-2204

总页数: 10

文件大小: 1490K

下载量: 257