基于GTEx联合TCGA数据集筛选肝癌中mRNA研究

论文摘要

目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存时间作生存分析,寻找对肝癌预后产生影响的mRNA,并通过GO、KEGG富集分析其相关机制。结果共获取334个差异表达mRNA。通过生存分析发现,CFB、FCN3、CFHR2、COLEC10等110个差异mRNA与肝癌患者预后相关。GO、KEGG富集结果提示,humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等与肝癌患者生存时间相关。结论共获得110个与肝癌患者总生存相关的差异基因,其可能通过humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等功能集发挥生物学作用,对mRNA在肝癌领域的研究具有借鉴价值。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 数据获取
•   1.2 研究方法
• 2 结果
•   2.1 差异mRNA表达分析
•   2.2 生存分析
•   2.3 GO、KEGG富集分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张燕明,韩涛,郑振东,韩磊

关键词: 肝癌,数据集,预后

来源: 临床军医杂志 2019年12期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技

专业: 肿瘤学

单位: 锦州医科大学北部战区总医院研究生培养基地,北部战区总医院肿瘤科,北部战区总医院肝胆外科

基金: 辽宁省自然科学基金计划重点项目(2018010153-301),辽宁省自然基金指导计划(2019-ZD-1072)

分类号: R735.7

DOI: 10.16680/j.1671-3826.2019.12.01

页码: 1281-1283

总页数: 3

文件大小: 2819K

下载量: 138