比较基因组分析Yarrowia lipolytica BBE-17的赤藓糖醇合成机制

论文摘要

Yarrowia lipolytica BBE-17是一种野生型非模式菌,可发酵生产赤藓糖醇,具有潜在的工业应用价值。我们将菌株BBE-17与模式菌株CLIB122进行了比较基因组分析,探究其赤藓糖醇积累的可能机制,揭示了BBE-17中43921个单核苷酸多态性（SNPs）,8078个小片段插入和缺失。此外,与参考基因组相比,发现了129个基因组结构变异和142个覆盖六条染色体的DNA拷贝数变异。在这些变异中,与赤藓糖醇合成有关的途径基因只有TKL1和ER,分别发生了1个单核苷酸多态性变化,并且只导致1个氨基酸发生改变,表明这两个基因中的SNP不是造成赤藓糖醇积累的主要原因,而BBE-17中大量的缺失型基因组变化可能是代谢网络改变的主要原因,也可能是靶向代谢途径增强和赤藓糖醇积累的主要原因。在基因组层面全局揭示了BBE-17与CLIB122的差异,探寻其积累赤藓糖醇的机制,为进一步优化改造亚罗解脂酵母生产赤藓糖醇提供了思路和理论依据。

论文目录

• 1 前言
• 2 材料与方法
•   2.1 菌株与培养基
•   2.2 基因组提取与测序
•   2.3 比较基因组分析
• 3 结果
•   3.1 高通量测序仪Reads与参考基因组的比对情况
•   3.2 单核苷酸多态性和小片段插入与缺失的分析
•   3.3 基因组结构变异分析
•   3.4 拷贝数变异分析
•   3.5全基因组变异图谱及关键途径基因变化分析
• 4结论与展望

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 邱学良,堵国成,张娟,李江华

关键词: 赤藓糖醇,亚罗解脂酵母,比较基因学,合成机制

来源: 中国食品添加剂 2019年12期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑

专业: 轻工业手工业

单位: 江南大学生物工程学院,糖化学与生物技术教育部重点实验室江南大学,教育部工业生物技术重点实验室江南大学,粮食发酵工艺与技术国家工程实验室江南大学

基金: 国家重点研发计划（2017YFB0308401),111项目（111-2-06）,德州市领军型创新团队项目（2016-2020）

分类号: TS202.3

DOI: 10.19804/j.issn1006-2513.2019.12.010

页码: 101-111

总页数: 11

文件大小: 1992K

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