基于转录组数据的齿缘刺猎蝽微卫星分子标记开发

论文摘要

【目的】齿缘刺猎蝽Sclomina erinacea是我国猎蝽科天敌昆虫常见种类,其不同地理种群存在明显形态差异。本研究旨在利用已经获得的齿缘刺猎蝽转录组数据筛选微卫星位点,为齿缘刺猎蝽种群遗传多样性和遗传分化研究开发可靠的微卫星分子标记。【方法】基于高通量测序技术平台Illumina HiSeqTM 2000获得齿缘刺猎蝽转录组数据（42 215条unigenes）,利用MISA软件进行搜索发掘SSR标记;利用Primer Premier 3软件设计SSR引物,从中随机选取54对SSR引物,利用PCR技术在中国齿缘刺猎蝽9个地理种群上进行验证。【结果】利用MISA软件搜索到微卫星位点2 395个,它们分布在2 107条unigenes上,其主要重复类型是三核苷酸重复（占总SSR的44.43%）,其次是二核苷酸重复（占总SSR的40.08%）,再次是四核苷酸重复（占总SSR的12.94%）。利用Primer Premier 3软件成功设计出2 000余对SSR引物。随机选取的54对引物对9个齿缘刺猎蝽不同地理种群进行的SSR位点PCR扩增结果表明,共有16对引物较好地扩增出目的片段。【结论】研究表明利用齿缘刺猎蝽转录组数据可以大量发掘微卫星分子标记。本研究为进一步开展齿缘刺猎蝽的种群遗传学研究奠定了基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 转录组数据
•   1.2 试虫来源和DNA提取
•   1.3 SSR位点鉴定
•   1.4 SSR引物设计与验证
• 2 结果
•   2.1 齿缘刺猎蝽转录组中SSR位点的分布特点
•   2.2 齿缘刺猎蝽SSRs引物验证
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 黎东海,赵萍

关键词: 齿缘刺猎蝽,转录组,微卫星,引物设计,高通量测序

来源: 昆虫学报 2019年06期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学

单位: 广东省生物资源应用研究所广东省动物保护与资源利用重点实验室广东省野生动物保护和利用公共实验室,凯里学院植物保护系

基金: 国家自然科学基金地区科学基金项目(31760634),广东省科学院科技发展专项(2017GDASCX-0107)

分类号: Q963

DOI: 10.16380/j.kcxb.2019.06.005

页码: 694-702

总页数: 9

文件大小: 1637K

下载量: 148