马缨杜鹃ARF转录因子家族的全基因组鉴定与生物信息学分析

论文摘要

以马缨杜鹃（Rhododendron delavayi）基因组数据为基础,以拟南芥ARF（AtARF）序列为参考,利用Blast比对程序,在马缨杜鹃基因组数据库中鉴定了15个ARF基因,命名为RdARF。使用生物信息学的方法对基因的结构、理化性质、系统进化关系以及表达模式进行了分析,以期为马缨杜鹃ARF基因的克隆及深入研究提供参考。结果表明:15个RdARF蛋白均含有保守的B3结构域和Auxin-resp结构域,部分蛋白含有Aux/IAA结构域,共有10个保守基序,均含有丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）磷酸化位点,均含有内含子和外显子结构,与23个AtARF蛋白一起可以分为Ⅰa、Ⅰb、Ⅱa、Ⅱb和Ⅲ5个亚家族,15个RdARF基因在干旱胁迫前后具有4种不同的表达模式。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 试验材料
•   1.2 试验方法
•     1.2.1 马缨杜鹃ARF转录因子的鉴定
•     1.2.2 马缨杜鹃ARF基因内含子、外显子的结构分析
•     1.2.3 马缨杜鹃ARF蛋白保守结构域和保守基序分析
•     1.2.4 马缨杜鹃ARF基因磷酸化位点分析
•     1.2.5 马缨杜鹃ARF蛋白系统进化分析
•     1.2.6 马缨杜鹃ARF基因表达模式
•   1.3 数据分析
• 2 结果与分析
•   2.1 马缨杜鹃ARF转录因子的鉴定
•   2.2 马缨杜鹃ARF蛋白保守结构域和保守基序分析
•   2.3 马缨杜鹃ARF基因内含子、外显子的结构分析
•   2.4 马缨杜鹃ARF蛋白系统进化分析
•   2.5 马缨杜鹃ARF基因磷酸化位点分析
•   2.6 马缨杜鹃ARF基因家族干旱胁迫的表达模式
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张文香,陈天兰,张荣祥,钱长江,刘树文,王自布

关键词: 马缨杜鹃,生物信息学分析

来源: 北方园艺 2019年24期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 园艺

单位: 贵州师范学院生物科学学院,贵州师范学院药用植物生物技术研究所

基金: 贵州省自然科学技术基金资助项目(黔科合J字[2014]2144号),贵州师范学院博士科研启动基金资助项目(13BS020)

分类号: S685.21

页码: 74-80

总页数: 7

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