转座事件引发的重组可以在不同的时空发生

论文摘要

二倍体水稻基因组上存在大量的转座元件序列,本研究利用生物信息学方法,将已获得的日本晴、93-11水稻的三组水稻全基因组序列进行比对,利用RESite方法在三组数据的差异性片段中筛选出具有微小倒置重复序列元件（miniature inverted-repeat transposable element,MITE）序列结构的 334 候选序列,选用水稻花药培养的手段应用转座子显示技术证明了单拷贝序列UC23、UC30、UC35单拷贝序列具有潜在的转座活性。又通过放宽筛选生物信息学的方法,重计算了存在于三组水稻全基因组序列中基因区内的差异MITE序列群,得到了一个大容量的候选MITE序列集合;在籼稻、粳稻和野生稻中比较了同源基因座位上同一转座元件的序列组成结构的多态性,获取了转座后发生重组事件的时空特征信息,证明了转座事件引发的重组可以在不同的时空发生。

论文目录

• 致谢
• 前言
• 摘要
• Abstract
• 1 文献综述
•   1.1 转座元件的研究进展
•     1.1.1 转座元件的发现及类别
•     1.1.2 转座元件动植物基因组中的组成与差异
•   1.2 转座元件在植物生长中的作用
•     1.2.1 引起基因失活
•     1.2.2 改变基因表达水平
•     1.2.3 引起基因重组,丢失以及形成新基因
•   1.3 微型颠倒重复转座元件
•     1.3.1 MITEs的分类及其在植物基因组中的分布
•     1.3.2 MITEs的起源及其可能的转座机制
•     1.3.3 活性MITEs发现
•   1.4 DNA的同源重组
•     1.4.1 重组的发现
•     1.4.2 同源重组的分子机制
•   1.5 本研究的目的和意义
• 2 单拷贝基因组序列在细胞内可受诱导扩增成为一个典型的MITE
•   2.1 研究目的
•   2.2 研究背景
•   2.3 材料和方法
•     2.3.1 植物材料
•     2.3.2 供试仪器
•     2.3.3 水稻基因组DNA的提取（上海生工UNIQ.10柱式植物基因组DNA提取试剂盒）
•     2.3.4 普通PCR技术
•     2.3.5 琼脂糖凝胶电泳
•     2.3.6 PCR产物割胶回收（上海生工SanPrep柱式DNA胶回收试剂盒）
•     2.3.7 转座子显示技术（TD技术）
•     2.3.8 生物信息学分析
•     2.3.9 引物信息
•   2.4 实验结果与分析
•     2.4.1 三组水稻全基因组序列的比对及候选MITE元件的筛选
•     2.4.2 候选MITE序列的识别和分析
•     2.4.3 UC序列的结构分析
•     2.4.4 UC序列在部分水稻群体中的DNA多态性分析
•     2.4.5 一些基因组单拷贝序列在体内（in vivo）具转座活性并可受诱导扩增
•   2.5 结论及存在问题
• 3 转座事件所引发的重组进程可以在不同的时空发生
•   3.0 研究目的
•   3.1 研究背景
•   3.2 材料和方法
•     3.2.1 植物材料
•     3.2.2 生物信息学分析
•   3.3 实验结果和分析
•     3.3.1 生物信息学统计数据的重计算
•     3.3.2 候选MITE序列的再分析和数据挖掘
•     3.3.3 候选序列的大规模DNA多态性分析
•     3.3.4 上述第三方面实验结果的DNA测序分析
•     3.3.5 上述第四方面实验结果的DNA测序分析
•   3.4 结论
• 参考文献

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 吴红跃

导师: 董海涛

关键词: 转座元件,重组,方法

来源: 浙江大学

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,生物学,农作物

单位: 浙江大学

分类号: S511;Q943.2

总页数: 82

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