导读:本文包含了子序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:序列,基因,拟南芥,顺式,时间,甘薯,动态。
子序列论文文献综述
刘晓柱,李银凤[1]（2019）在《拟南芥AtSWEET4基因启动子序列、编码蛋白结构分析及其在病原菌胁迫下表达特性检测》一文中研究指出【目的】分析拟南芥糖运输载体蛋白基因(AtSWEET4)启动子序列及其编码蛋白的结构,并检测病原菌胁迫下AtSWEET4基因的表达特性,为研究AtSWEET4蛋白在拟南芥生长发育和生物胁迫中的作用机制提供理论依据。【方法】采用生物信息学方法分析AtSWEET4基因启动子序列及其编码蛋白的结构,并采用实时荧光定量PCR(qRTPCR)和β-葡萄糖苷酸酶(GUS)组织染色法检测人工接种菜豆晕疫病菌(Pseudomonas syringae pv. phaseolicola,Psp)NPS3121和丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pathovar tomato,Pst)DC3000后AtSWEET4基因的表达情况。【结果】AtSWEET4蛋白由251个氨基酸组成,分子量为27.8 kD,分子式为C1300H2038N304O346S11,理论等电点(pI)为8.71,脂肪氨基酸指数为118.76,不稳定指数为38.72,平均亲水性指数为0.629,为稳定的亲水蛋白,且含有7个跨膜结构域,无信号肽,为非分泌型蛋白。AtSWEET4蛋白与芥属的亚麻荠和荠菜SWEET4蛋白亲缘关系最近,其次是十字花科的甘蓝和萝卜SWEET4蛋白,与禾本科的二穗短柄草SWEET4蛋白亲缘关系最远。AtSWEET4基因启动子序列中包含核心元件TATA-box、增强子元件CAAT-box、调控植物生长发育相关元件、激素响应相关元件、非生物胁迫响应相关元件和生物胁迫响应相关元件。Psp NPS3121和Pst DC3000均可诱导AtSWEET4基因表达,但表达模式不同:接种Psp NPS3121后6和12 h的AtSWEET4基因表达明显上调,但至接种后24 h又迅速下降;接种Pst DC3000后AtSWEET4基因表达量逐渐增加。【结论】AtSWEET4基因的启动子序列特征及其编码蛋白结构与其参与植物免疫反应密切相关。(本文来源于《南方农业学报》期刊2019年09期）
乔明泽,宋传鸣[2]（2019）在《最长递增子序列问题研究》一文中研究指出本文采用分治策略和动态规划策略探讨了最长递增子序列问题的两种解法,并分析了算法的计算复杂度。结果表明,本文算法的时间复杂度和空间复杂度分别为O(nlogn)和O(n)。(本文来源于《软件》期刊2019年07期）
方翟,马小龙,高庆华[3]（2019）在《多浪羊MHC-DRB3基因第二外显子序列分析》一文中研究指出主要组织相容性复合体(Major Histocompitibility Complex,MHC)广泛存在于脊椎动物中,由于高度多态性在遗传育种和抗病性方面成为人们关注的热点。本实验用直接测序技术(DR)对23只多浪羊DRB3基因进行核酸序列分析。并用DNAMAN分析序列共检测出46个突变位点。结果表明,MHC-DRB3基因在多浪羊中具有较高的多态性。(本文来源于《生物化工》期刊2019年03期）
朱志静[4]（2019）在《基于趋势和特征子序列的时间序列数据挖掘研究》一文中研究指出在当今的万物互联的大数据时代下,人类活动的各行各业都会产生数据,随着科技一次又一次的革新和发展及随着时间的流逝,数据量正在极速增长中。这些数据广泛存在于商业、气象学、农业、生物科学以及生态学等方面。例如商业市场中我们观察每周的利润,月度价格指数,年度销售数量;气象学中观察每日高温和低温,年降水量和干旱指数以及每小时风速等。这些数据中包含着很多有用的信息,若能将其完整且细致的挖掘出来,将对人类社会做出极大的贡献。但是由于这些数据范围广、数据量大,导致原始序列具有数据维度高,干扰因素多以及实时更新动态变化等特性。这些特性直接导致从原始序列中直接进行知识挖掘成为了一项复杂度极高,准确度极低甚至不可取的工作。为了能解决这些特性带来的数据挖掘上的问题,我们需要对原始数据进行有效的预处理步骤。时间序列预处理步骤的关键部分就是时间序列的分段线性表示工作以及时间序列的相似性度量工作。故而,本文将对这两个方面的工作进行相应的研究,以期数据预处理工作能达到更好的效果。本文前两章综述了本文的研究背景及意义和研究现状。本文的主要研究创新点和相应的工作主要在叁、四、五叁章中,可以总结为以下几方面内容:(1)针对目前数据的数据量巨大、高维度高复杂度的特点,以及目前已有方法分段压缩率不够高的缺点,本文的第叁章通过分析时间序列的几何形态特征,研究时间序列向上、向下趋势的几何形态,提出了上、下滤波点及上、下滤波线概念。利用上、下滤波点线对趋势的几何特性进行了分析,提出一种基于全局趋势判断方法。进一步提出一种基于趋势的时间序列分段线性表示方法,该方法的复杂度为(7)(8)On,便于编程实现。实验结果表明,与其他同类算法比较,本文算法得到的线段数目较少,逼近程度也不错。(2)针对传统欧式距离队序列值依赖较高的缺点,本文第四章统筹运用几何学中的点,角,边叁要素,点值差距,序列趋势变化以及形态差异,将几个方面都考虑到位。所提算法整合点值差距,序列趋势变化以及形态差异叁个几何特征,构建出叁角形形态距离,以此为阈值去分析两条序列的微观点距离和宏观趋势距离,从而度量出两条序列的相似性。我们将其命名为基于自适应叁角形距离的算法(Adaption Triangle Distance,ATD)算法。ATD算法实验结果表明,ATD算法对时间序列对的度量效率进行大幅度的提升。于此同时,本方法的对时间序列对的度量准确度比传统的度量算法高很多。(3)针对传统相似性度量算法无法动态处理翘楚的问题,本文第五章提出了一种基于趋势的特征子序列的时间序列度量方法。该方法引入信号中的尺度空间理论,从随机位置和长度中选择多个子序列被划分为较短的间隔用以捕获时间序列数据的信息。对于每个间隔,提取拟合回归线的趋势、值的平均差和方差等特征用以提供序列的形态、分布的情况。从这些子序列中计算出的特征生成一个新的数据集,其中每个子序列的特征提供一个实例,每个时间序列形成一个包。为每个实例定义一个标签此来度量不同位置的属性和原始序列的拓展。这提供了一个不同于DTW却和其一样可以处理翘曲的基于特征的方法。我们称之为基于自适应特征子序列的时间序列相似度量算法(Adaption and Feature Sentence,AFS)算法。与主流算法和ATD算法相比,当需要进行度量的两条时间序列长度不相同或者时间跨度不相同时,算法可以动态且自动地完成时间序列相似度量工作而无需额外的人工对序列进行维度对等处理。很大程度上降低了时间和空间复杂度。(本文来源于《江南大学》期刊2019-06-01）
沈一超,倪世宏,张鹏[5]（2019）在《一种飞行数据相似子序列查询方法》一文中研究指出飞行数据是一种典型的时间序列数据,其存在随机噪声以及各种复杂变形,导致了相似子序列查询困难。为此,提出一种基于DTW病态匹配的飞行数据相似子序列查询方法。首先,利用已知的查询序列样本集构建上、下边界曲线,同时给出了相应的下界距离,并证明了其正确性。以此建立下界算法,用于筛选相似度高的子序列。其次,利用DTW距离搜索路径病态匹配来对筛选后的子序列无效序列段进行识别并去除,解决了子序列有效匹配长度难以确定的问题。仿真实验结果表明:该方法可以较为精确地查询出相似子序列,其起止时间偏差可以控制在3 s以下,满足飞机飞行动作查询的实际需求。(本文来源于《空军工程大学学报(自然科学版)》期刊2019年02期）
王雁楠,杨育峰,杨国红,张莉,陈献功[6]（2019）在《甘薯IbSSI基因启动子序列的克隆及瞬时表达分析》一文中研究指出植物可溶性淀粉合成酶(soluble starch synthase, SS)在植物支链淀粉的合成中起着关键作用,其主要负责支链的延伸。前期我们从甘薯中克隆到IbSSI基因并对其进行了表达分析及功能验证,发现该基因在甘薯中的表达受到外源蔗糖的诱导以及昼夜节律的调控。本研究在此基础上利用染色体步移法克隆到IbSSI基因1 811 bp的启动子序列。PlantCARE在线分析表明IbSSI启动子序列富含TATA-box和CAAT-box两个基本元件,还含有与昼夜节律、光照、蔗糖、逆境响应及组织特异表达等相关的顺式作用元件。将IbSSI基因全长启动子及其6个启动子5'端缺失片段分别替换植物表达载体pBI121的CaMV 35S启动子并在本生烟草(Nicotiana benthamiana)叶片中进行瞬时表达。GUS染色结果表明不同长度片段的启动子驱动β-葡萄糖醛酸酶基因(GUS)表达的能力有所差异,其中-200 bp～-369 bp区段以及-1 015 bp～-1 304 bp区段可能存在着增强转录的重要顺式作用元件。本研究揭示了IbSSI基因受外源蔗糖诱导表达及昼夜节律调控的原因,并为进一步阐明IbSSI基因在甘薯淀粉生物合成中的作用提供了科学依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年20期）
方翟,王熙凤,高庆华[7]（2019）在《多浪羊DQB1基因第二外显子序列分析》一文中研究指出实验采集了23只多浪羊的血样,利用PCR扩增技术,对其扩增产物进行测序,对测序结果进行比对分析。根据Blast比对分析发现,克隆到的该基因核酸序列的16个测序结果相似度较高,但只找到所给的反向引物的互补序列,确定为单向引物测得的结果。经过多次比对确定A04和B04两条序列的相似度达到96.8%。结果表明成功克隆到该基因片段核酸序列,长度为280 bp。经过DNAMAN的序列分析,发现有55个突变位点。(本文来源于《畜禽业》期刊2019年04期）
李兴芬,苗雅慧,孙永江,张孟娟,张凌云[8]（2019）在《青杄PwPEBP基因及其启动子序列的克隆与表达分析》一文中研究指出【目的】通过研究青杄中的PwPEBP基因及其启动子的表达特性及生物学功能,探究PEBP基因在植物生长发育过程中响应逆境胁迫的功能及作用机制。【方法】本研究从青杄转录组测序中获得PwPEBP的c DNA序列,利用TMHMM、GOR4等在线软件对PwPEBP蛋白进行生物信息学分析,以此为基础通过PCR技术克隆得到PwPEBP开放阅读框(ORF)序列;同时对其在不同组织与不同逆境及激素处理中的表达水平进行了RT-qPCR技术分析;采用染色体步移法克隆PwPEBP的启动子序列,并利用在线软件BDGP和PlantCARE对PwPEBP启动子序列进行基础启动子区域、转录起始位点和顺式作用元件的预测;最后通过农杆菌瞬时转化烟草法验证PwPEBP启动子的功能。【结果】PwPEBP cDNA长度为1 408 bp,开放阅读框共585 bp,编码194个氨基酸。PwPEBP蛋白分子式为C_(966)H_(1 484)N_(250)O_(299)S_6,无信号肽和跨膜结构域,为亲水蛋白,含有25个磷酸化位点;进化树分析显示,PwPEBP蛋白与北美云杉的PEBP单独聚成一簇,属于新的PEBP蛋白。组织特异性分析显示,PwPEBP在成熟叶中表达量最高,嫩叶中表达量最低;PwPEBP在各激素及逆境诱导下均有表达,但对盐处理无响应。克隆的PwPEBP启动子序列长度为903 bp,其具有响应GA、ABA、SA、MeJA的顺式作用元件。GUS染色及Luc定量实验显示,PwPEBP启动子均能响应GA、ABA、MeJA和SA外源激素及干旱、高温、低温等逆境胁迫。【结论】青杄中PwPEBP基因广泛响应干旱、低温、高温等非生物胁迫,其中对干旱胁迫最为敏感,同时还参与了ABA、GA、MeJA和SA激素的信号通路。(本文来源于《北京林业大学学报》期刊2019年04期）
王隆,张竟飞,李建民,侯文[9]（2019）在《M子序列在直接序列扩频通信中的应用》一文中研究指出本文是将m序列的一种衍生序列——m子序列应用到直接序列的扩频通信中,根据m序列密码学的特性分析了m子序列的衍生方法 ,利用序列的逻辑性对原m序列发生器进行了改进,在simulink中完成子序列建模仿真并对该子序列系统模型与以往的扩频系统做出比较,证实了其可用性。(本文来源于《自动化技术与应用》期刊2019年03期）
梁珂豪,孙永江,袁义杭,张凌云[10]（2019）在《青杄转录因子PwNAC30及其启动子序列的克隆与表达分析》一文中研究指出该研究以青杄(Picea wilsonii)为实验材料,通过PCR从青杄的cDNA文库中克隆得到一个NAC转录因子,命名为PwNAC30。生物信息学分析显示,PwNAC30开放阅读框1 179bp,共编码392个氨基酸,在其N端存在保守的NAM(no apical meristem)结构域,可分为A～E等5个亚结构域。多序列对比和系统进化树分析显示,PwNAC30蛋白与同为云杉属的北美云杉(Picea sitchensis)聚为一类。启动子克隆分析显示,PwNAC30基因启动子上存在脱落酸(ABA)、赤霉素(GA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、TC-rich repeats等激素和逆境响应元件,在GA、ABA、MeJA、低温、干旱、盐的处理下,其启动子活性均明显增强。荧光定量PCR分析表明,PwNAC30在球果中的表达量最高,而在花粉和种子中的表达量最低。PwNAC30对于盐、干旱、低温、ABA、MeJA、GA处理均有响应,尤其对盐、干旱、MeJA的响应最为显着。亚细胞定位结果显示,PwNAC30蛋白定位于细胞核与细胞质,主要定位于细胞核中。酵母单杂及双杂结果表明,PwNAC30蛋白的全长和N端没有转录激活活性,而C端有转录激活活性,且PwNAC30自身能形成同源二聚体。研究表明,青杄PwNAC30基因可以作为一个转录因子发挥作用,其转录激活活性在C端,且自身能够形成同源二聚体结构;PwNAC30基因广泛参与了ABA、GA、MeJA等激素的信号通路,并对盐、干旱、低温处理有响应。(本文来源于《西北植物学报》期刊2019年01期）
子序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文采用分治策略和动态规划策略探讨了最长递增子序列问题的两种解法,并分析了算法的计算复杂度。结果表明,本文算法的时间复杂度和空间复杂度分别为O(nlogn)和O(n)。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
子序列论文参考文献
[1].刘晓柱,李银凤.拟南芥AtSWEET4基因启动子序列、编码蛋白结构分析及其在病原菌胁迫下表达特性检测[J].南方农业学报.2019
[2].乔明泽,宋传鸣.最长递增子序列问题研究[J].软件.2019
[3].方翟,马小龙,高庆华.多浪羊MHC-DRB3基因第二外显子序列分析[J].生物化工.2019
[4].朱志静.基于趋势和特征子序列的时间序列数据挖掘研究[D].江南大学.2019
[5].沈一超,倪世宏,张鹏.一种飞行数据相似子序列查询方法[J].空军工程大学学报(自然科学版).2019
[6].王雁楠,杨育峰,杨国红,张莉,陈献功.甘薯IbSSI基因启动子序列的克隆及瞬时表达分析[J].分子植物育种.2019
[7].方翟,王熙凤,高庆华.多浪羊DQB1基因第二外显子序列分析[J].畜禽业.2019
[8].李兴芬,苗雅慧,孙永江,张孟娟,张凌云.青杄PwPEBP基因及其启动子序列的克隆与表达分析[J].北京林业大学学报.2019
[9].王隆,张竟飞,李建民,侯文.M子序列在直接序列扩频通信中的应用[J].自动化技术与应用.2019
[10].梁珂豪,孙永江,袁义杭,张凌云.青杄转录因子PwNAC30及其启动子序列的克隆与表达分析[J].西北植物学报.2019
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