猴源DDX3X基因的克隆及生物信息学分析

论文摘要

为猴源DDX3X基因与相关病毒作用机理的深入研究奠定基础,根据Gen Bank预测的猪源DDX3 X基因序列（登录号HQ266638）设计合成特异性引物,采用RT-PCR从猴源肾细胞中扩增DDX3X基因,将其克隆至pMD-19T载体测序,并对其进行生物学特征分析。结果表明:克隆的猴源DDX3 X基因全长1 989bp,与猕猴的核苷酸序列同源性达99.6%,与绿猴、猕猴和人并列在同一遗传进化分支上,与三者的一致性较高;蛋白编码有662个氨基酸,共计20种氨基酸;甘氨酸含量最高,为11.5%,理论等电点为6.73;猴源DDX3X基因含有DEAD-Like解旋酶超家族结构域和C端结构域,DDX3X蛋白具有良好的亲水性,二级、三级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。猴源DDX3 X基因与多个调节细胞进程、RNA加工的关键蛋白存在相互作用。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 试剂
•     1.1.2 仪器
•     1.1.3 实验细胞
•   1.2 方法
•     1.2.1 引物设计与合成
•     1.2.2猴源肾细胞培养、总RNA提取及cDNA合成
•     1.2.3猴源DDX3 X基因扩增
•     1.2.4 猴源DDX3 X基因克隆及鉴定
•     1.2.5 猴源DDX3 X基因序列及蛋白质特性分析
• 2 结果与分析
•   2.1 猴源DDX3X基因PCR扩增
•   2.2 猴源DDX3X基因克隆及鉴定
•   2.3 猴源DDX3X基因氨基酸序列分析
•   2.4 猴源DDX3X蛋白理化性质
•   2.5 猴源DDX3X蛋白高级结构
•   2.6 猴源DDX3X蛋白功能结构域预测
•   2.7 DDX3X蛋白相互作用蛋白预测
• 3 结论与讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 杨洪,田浪,张升波,张喜懿,温贵兰,程振涛,王开功,周碧君

关键词: 基因,猴源肾细胞,克隆,生物信息学分析

来源: 贵州农业科学 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 贵州大学动物科学学院预防兽医实验室

基金: 国家自然科学基金项目“P-body在PRRSV复制和持续感染过程中的作用机制研究”（31460668）,贵州省科学技术基金项目“NSP2亚类在PRRSV复制过程中的作用机制研究”[黔科合J字(2015)2046]

分类号: Q78;Q811.4

页码: 70-75

总页数: 6

文件大小: 2600K

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