导读:本文包含了模拟病毒论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:病毒,分子,疫苗,流感,血凝素,核蛋白,蛋白。
模拟病毒论文文献综述
苏奇[1]（2019）在《新城疫弱毒疫苗中禽腺病毒和鸡传染性贫血病毒混合污染的鉴定及人工模拟致病性分析》一文中研究指出19世纪50年代以来,新城疫弱毒疫苗在世界范围内广泛应用,为新城疫(Newcastle disease,ND)预防和控制取得了辉煌的成就。但研究显示弱毒疫苗中可能存在外源病毒的污染,进而导致多种疫病在被免疫鸡群中的发生。本研究在对禽用弱毒疫苗进行外源病毒检测时通过PCR结合斑点杂交方法也发现在同一批新城疫弱毒疫苗中存在4型禽腺病毒(fowl adenovirus type 4,FAdV-4)和鸡传染性贫血病毒(chicken infectious anemia virus,CIAV)的混合污染,随后本研究通过血清中和及鸡胚培养的方式对上述两种病毒进行了分离纯化并测定了CIAV的全基因组以及FAdV的部分hexon基因。序列比较和遗传进化分析显示其与目前中国流行株具有较高的同源性。为评估NDV弱毒疫苗中FAdV-4和CIAV混合污染的致病性,本研究通过制备人工模拟污染疫苗并分别免疫SPF和FAdV母源抗体阳性鸡群进行了系统的动物实验。结果显示,使用单独污染CIAV或无污染的疫苗并不会引发SPF鸡死亡,而使用混合污染疫苗能引发明显的心包积液-包涵体肝炎综合征(inclusion body hepatitis-hydropericardium syndrome,IBH-HPS)并导致高达75.0%的死亡率,显着高于使用单独污染FAdV疫苗后所引发的死亡率(3.70%~7.40%)。同时,通过疫苗污染而感染的外源病毒可在鸡体能持续增殖,引发生长迟缓和胸腺萎缩,进而造成免疫抑制并显着降低NDV抗体水平。另一方面,NDV弱毒疫苗本身在外源病毒致病过程中发挥重要作用,FAdV-4和CIAV通过疫苗污染方式感染鸡群的致病性要显着高于其直接感染,且同等剂量FAdV-4和CIAV经口服感染SPF鸡群后并不会导致死亡。同时,外源病毒与疫苗毒株LaSota的相互作用促进了彼此在多种器官中的增殖并能有效降低宿主免疫系统产生的中和抗体水平,而多种器官中过高的LaSota病毒载量以及外源病毒的存在激发了疫苗毒株的致病性导致被免疫鸡群发生典型的淋巴滤泡出血以及腺胃点状出血等ND示病症状,最终进一步加重病情。母源抗体是保护雏鸡早期免受病毒侵袭的重要屏障,但本研究显示雏鸡孵化后母源抗体水平于叁日龄到达高峰,随后迅速下降,至7日龄疫苗接种时已降至较低水平,但其与免疫系统的双重作用仍能有效抑制通过人工模拟污染疫苗单独感染的FAdV-4,而混合污染疫苗中CIAV的存在能抑制免疫反应进而辅助FAdV突破母源抗体的保护,并最终引发明显的IBH-HPS以及15%左右的死亡率。临床数据显示,部分养殖场在使用了无外源病毒污染的NDV弱毒疫苗后同样爆发了IBH-HPS,而同批未免疫鸡群发病率较低。研究发现,免疫NDV弱毒疫苗能促进FAdV和CIAV在宿主体内的复制,进而显着提升其经垂直传播感染的致病性并加速病程,引发明显的贫血症状并导致IBH-HPS在低日龄雏鸡中发生。(本文来源于《山东农业大学》期刊2019-03-27）
龚含情[2]（2019）在《抗病毒药物与蛋白的相互作用及分子模拟》一文中研究指出近些年以来,由于病毒感染引起的疾病越来越常见,并且流行广,不易控制,严重危害了人们的生命健康。但是由于抗病毒类药物的发展较慢,对抗病毒类药物的认识还不充分,病毒对抗病毒药也容易产生耐药性,所以加强对抗病毒类药物的研究是非常必要的。因此本文选取了叁种抗病毒类药物(法匹拉韦、维帕他韦、伯克匹韦)对它们进行了研究。人血清白蛋白是人体血浆中主要的转运蛋白,胰蛋白酶相当于是伯克匹韦的靶蛋白,所以研究这叁种药物与人血清白蛋白的相互作用,伯克匹韦与胰蛋白酶的相互作用,在临床、药效和药物设计等方面都具有非常重要的意义。同时结合了叁维定量构效关系(3D-QSAR)为伯克匹韦系列抗丙型肝炎病毒类药物的设计合成提供参考。研究内容分为叁部分:(1)用多种光谱法和分子对接技术对法匹拉韦和维帕他韦与人血清白蛋白的相互作用机理进行了研究。结果表明,它们与人血清白蛋白是形成了复合物的静态猝灭。都存在着单一的结合位点。维帕他韦与人血清白蛋白之间是以氢键和疏水作用力结合在HSA的IIB区域,法匹拉韦与人血清白蛋白之间是以氢键与范德华力结合在HSA中siteI的IIA里。(2)用多种光谱法和分子对接技术研究了伯克匹韦与人血清白蛋白和胰蛋白酶之间的相互作用并进行了比较。结果表明:伯克匹韦与人血清白蛋白以及与胰蛋白酶都是生成复合物的静态猝灭,都存在单一的结合位点,作用力类型也相同,结合在HSA中siteI的IIA里。且伯克匹韦与它的靶蛋白类似物胰蛋白酶的结合要比与人血清白蛋白的结合更紧密。(3)采用与伯克匹韦具相同母核的一系列丝氨酸蛋白酶抑制剂进行3D-QSAR研究,寻找抑制剂化合物的结构信息与抑制受体蛋白活性之间的关系,设计出了11个新的结构的化合物,它们对丝氨酸蛋白酶具有更高抑制活性,可以为抗丙型肝炎病毒新药的设计提供参考。(本文来源于《上海师范大学》期刊2019-03-01）
雷亚克,戴莹[3]（2018）在《生物安全实验室模拟操作性污染检测及目标病毒污染现状调查》一文中研究指出目的评价主要实验操作的感染性病原微生物污染情况,日常检测工作对室内环境污染状况,提出关键风险因素。方法用细胞培养法检测实验操作可能溅洒的病毒液,采用含指示病毒的模拟样本,测试生物安全柜分别在吹吸、振荡等试验操作时,对台面的污染情况。对肠道病毒实验室内高危物体表面进行涂抹采样,用PCR法检测结果评估污染现状。结果生物安全柜内进行吹吸和振荡操作,以操作点为中心,从距中心点各个方向不同距离的范围内采样,结果均未能检测到目标病毒。肠道病毒实验室物体表面PCR阳性率16. 28%。结论实验室日常操作的安全风险总体可控,生物安全柜能有效控制实验操作的生物材料对实验室环境的污染,实验室内环境污染可能多由手卫生措施不到位和日常消毒不彻底所造成,手卫生成为生物安全实验室主要风险因素,实验室应强化工作人员手卫生和日常消毒的管理和培训。(本文来源于《实用预防医学》期刊2018年11期）
李慧瑾,连媛媛,孙丽君,孙晶莹,李元[4]（2018）在《噬菌体文库与计算机模拟筛选H1N1流感病毒血凝素结合位点的比较》一文中研究指出目的:对H1N1流感病毒血凝素HA的抗原表位初步筛选。方法:用噬菌体展示文库对2株抗体的结合位点进行筛选,将筛选的抗原位点结合HA序列进行多肽合成,免疫小鼠制备单克隆抗体,通过分子生物学手段对4株抗体的轻链和重链可变区基因进行调取,通过计算机模拟抗体序列结合的抗原的结构域,推测抗体结合的氨基酸位点。结果:噬菌体文库筛选得出抗体的结合序列富含组氨酸和精氨酸,将针对多肽的单克隆抗体的序列和前期获得的2株抗HA单克隆抗体的序列比对分析,发现A1-8和anti-14p结合的HA抗原序列相一致,H1-13和anti-11p结合的HA抗原序列相一致。结论:通过将噬菌体展示文库技术和计算机模拟预测抗原抗体结合,可以有效筛选抗原表位,为流感病毒HA抗原表位预测方法的完善提供理论基础。(本文来源于《中国免疫学杂志》期刊2018年08期）
潘大波,姜德文,张永豪,吴明凯,龙治峰[5]（2018）在《神经氨酸酶抑制剂拉尼米韦抗流感病毒分子动力学模拟研究》一文中研究指出目的探讨神经氨酸酶(NA)抑制剂拉尼米韦(Laninamivir,LAN)是否能够抗H1N1pdm、H7N9和H17N10病毒。方法运用分子动力学模拟、结合自由能计算和氨基酸残基能量分解等分子模拟技术考察拉尼米韦与NA的亲和力。结果拉尼米韦与流感病毒H1N1pdm、H7N9的结合自由能均在-30 kcal/mol以上,而与H17N10的结合自由能仅仅为-18.84 kcal/mol。结论拉尼米韦对流感病毒H1N1pdm和H7N9具有较好的活性。由于氨基酸序列的不同,抗H17N10的活性不是很强。(本文来源于《智慧健康》期刊2018年21期）
刘振宇,武志强,赫晓燕,李林葳,杨政[6]（2018）在《基于MATLAB的文丘里模型和普通模型下鸡舍流感病毒的数字模拟和仿真》一文中研究指出为有效解决当前鸡舍中禽流感等病毒和粉尘的传播问题,设计了一种新型的鸡舍笼架摆放模型,提出了一种以文丘里模型为基础的鸡舍模型。根据相关数学和统计学原理,建立流感病毒的数学模型,并利用MATLAB软件对新型文丘里鸡舍和普通鸡舍分层分向对病毒模型验证比较;利用Fluent软件对新型文丘里鸡舍模型进行分层风力场、温度场模拟仿真,结果表明,普通模型在感染病毒后鸡只全部死亡,新型文丘里模型在高约1.5 m处,鸡群成活率较高大约55%左右,其余高度处鸡群仍有存活。该模型能更好地改善和抑制病毒的传播,其风力场和温度场的分布有更好的规律性和可控性,在进行与普通的鸡舍笼架摆放相比,新型文丘里模型在风力场、温度场和病毒传播路径方面有更好的可控性和适用性。(本文来源于《科学技术与工程》期刊2018年06期）
高俊峰[7]（2017）在《甲型H7N9流感病毒神经氨酸酶与其潜在小分子抑制剂的理论模拟研究》一文中研究指出流感病毒(Influenza virus)是流行性感冒的病原体,感染流感病毒通常会引发多种病症,例如发烧、咳嗽、咽喉以及肌肉疼痛,病情严重时还可能发展为危及生命的肺炎。流感病毒主要分为甲、乙、丙叁型,叁种型别中,甲型流感病毒抗原性变异最高,曾经引起过多次世界性的大流行。H7N9流感病毒于2013年3月底首次在上海和安徽通报发现,随后全国陆续确诊多起H7N9病例,每年确诊人数几十至几百人不等,死亡人数也在陆续增加。H7N9型流感病毒是全球首次发现的新亚型流感病毒,流感病毒在序列上的变异程度再次引起了世界性的高度关注。当前流感病毒的防治主要依靠疫苗和抗病毒药物。近些年来,世界范围内对于流感疫苗的使用证实了其在预防方面的关键作用,尤其是针对季节性流感的防御,疫苗发挥作用巨大。但是,由于甲型流感病毒亚型多,各亚型抗原易变异,疫苗的有效性又主要依赖于制备疫苗的病毒株与当前流株之间抗原性的相似性程度,因而仅仅依靠疫苗难以完全控制病情,药物治疗仍然是防控流感的重要途径。流感病毒神经氨酸酶(Neuramidinase,NA)在流感病毒的生命周期中起着关键的作用。NA能够通过其催化作用使存在于唾液酸末端的N-乙酰基神经氨酸与邻近寡糖D-半乳糖或D-氨基半乳糖之间的α(2,6)或α(2,3)酮苷键裂解,从而协助子代的病毒从感染的宿主细胞表面释放,使子代病毒获得进一步感染新的靶细胞的能力。因其在流感病毒生命过程中所发挥的关键作用,以NA为靶点的抗流感病毒药物设计成为抗病毒领域的研究热点。本研究选取H7N9的NA为对象,主要利用虚拟筛选、分子动力学模拟,拉伸分子动力学模拟等方法考察作为H7N9 NA潜在抑制剂的天然小分子与NA的结合机制及结合过程,主要研究内容分为如下两个方面:1、考察并验证从ZINC数据库筛选出的天然小分子与NA的结合方式,为针对以NA为靶点的抑制剂前体药物设计提供理论线索。2、应用拉伸分子动力学方法考察小分子与NA的脱离/结合过程,探究小分子的动态行为以及其结合对于NA催化位点的影响,寻求抑制机制。(本文来源于《吉林大学》期刊2017-12-01）
纪恩怀,苏永美[8]（2017）在《非标准有限差分的乙肝病毒扩散模型的稳定性分析与数值模拟》一文中研究指出本文考虑到乙肝病毒在细胞之间的扩散特性,提出了一个改进的乙肝病毒扩散模型,并将模型转换为非标准有限差分的方程,求出了模型的平衡点,分析了该方程的全局稳定特性.最后给出了数值模拟,模拟结果显示了扩散在病毒传播中的作用.(本文来源于《数学学习与研究》期刊2017年16期）
苗书魁,米晓云,陆桂丽,夏俊,魏玉荣[9]（2017）在《模拟应用条件检测小反刍兽疫活疫苗的病毒含量》一文中研究指出为确保小反刍兽疫活疫苗在免疫接种时的效果。本试验模拟野外操作环境,在不同稀释液、不同温度和不同放置时间条件下,检测并比较小反刍兽疫活疫苗病毒含量。结果表明,以PBS、含1%冷水鱼明胶的生理盐水、生理盐水分别稀释疫苗,1%冷水鱼明胶的生理盐水更适合作为小反刍兽疫活疫苗的稀释液。疫苗以叁种不同的稀释液稀释后,在4 h内,25℃或37℃条件下,不会影响其效价。(本文来源于《草食家畜》期刊2017年04期）
丁兢娜[10]（2017）在《基于分子动力学模拟方法对埃博拉病毒蛋白间相互作用的研究》一文中研究指出埃博拉病毒(EBOV)可以导致急性出血热,严重时甚至在几天内导致死亡。病毒的基因组由七种病毒基因组成,对这些病毒基因的转录和翻译可以产生病毒蛋白VP24,VP30,VP35,核蛋白(NP),基质蛋白(VP40),RNA依赖型RNA聚合酶(L)以及糖蛋白(GP)。其中NP,VP35和VP24蛋白直接参与病毒核衣壳的形成,从而影响病毒的转录/复制过程以及病毒的感染力和毒性。本文利用分子动力学模拟(MD)方法,对埃博拉病毒NP与VP35蛋白、NP与VP35蛋白突变体以及VP24与宿主核转运蛋白Alpha5之间的结合机理进行了研究。(1)埃博拉病毒核蛋白与VP35蛋白结合机制的研究NP-VP35复合物中的VP35肽段的移除会导致NP蛋白的自身寡聚化现象从而改变EBOV基因组的复制/转录状态。研究埃博拉病毒NP蛋白与VP35蛋白的结合机制可以为研究埃博拉病毒生活史提供数据支持,也为后期研究控制埃博拉病毒生活史或者治疗埃博拉病毒病的抑制剂提供理论基础。本文应用分子动力学模拟方法以及RMSD、RMSF、结合口袋内残基间距离、主成分分析、丙氨酸扫描、MM-GB/SA等分析方法研究埃博拉病毒free NPNTD 体系和NPNTD-VP35复合物体系。结果表明VP35的结合可以稳定NPNTD蛋白并减小结合口袋区域氨基酸残基的柔性残基的运动幅度。VP35的结合可能会通过触动NPNTD蛋白位于β发夹处的开关从而改变EBOV的转录/复制状态。另外NPNTD氨基酸残基R240,K248和R260以及VP35氨基酸残基E24,E31和R37所提供的静电能对于NPNTD-VP35复合物体系的结合具有最为显着的作用。(2)埃博拉病毒核蛋白与VP35蛋白突变体结合机制的研究由于病毒基因组极易变异,因此对EBOVNP与VP35蛋白突变体(I29D,L33D和M34P)的研究也为设计和合成EBOV抑制剂提供了有价值的数据。采用MD模拟方法结合MM-GB/SA,氢键网络分析、聚类分簇、主成分分析等方法研究了 EBOV NP与VP35的结合机制。结果表明突变体系的稳定性比野生型(WT)差。主成分分析结果显示WT和L33D体系比I29D和M34P体系更紧凑,M34P头部片区的亲水区域的运动趋势很混乱,说明M34P在所有体系中可能稳定性最差。结合能分析证实M34P体系的结合力在各体系中最低,因此该体系最不稳定。另外,各突变体系结合能的降低主要与突变残基的静电能贡献有关。VP35残基R37在各体系中均十分突出,对体系结合至关重要。(3)埃博拉病毒VP24蛋白与宿主核转运蛋白Alpha5的结合机制研究埃博拉病毒的VP24蛋白能够与核转运蛋白(KPNA)结合,从而抑制PY-STAT1的核转运,进而使得细胞不产生干扰素(IFNs)。本研究发现埃博拉病毒VP24蛋白与宿主核转运蛋白KPNA5的结合会稳定其结合表面,降低结合表面氨基酸残基的波动幅度。在发生相互作用后,两个蛋白体系的紧实度均增加,蛋白整体的构象变化幅度降低。通过对8个突变体系(MUT1,MUT2,MUT3,MUT4,R398A,F484A,Y477A和double mutant)的研究我们发现各突变体系的结构松散程度均大于野生型体系。能量分析结果表明MUT3体系对VP24-KPNA5复合物的结合有最显着的影响,而MUT4,R398A和double mutant体系对复合物的结合有第二显着的影响。另外VP24氨基酸残基R137,T138和KPNA5氨基酸残基R396,D480,F484对两个蛋白的结合起最主要的稳定作用。(本文来源于《中国科学技术大学》期刊2017-05-25）
模拟病毒论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
近些年以来,由于病毒感染引起的疾病越来越常见,并且流行广,不易控制,严重危害了人们的生命健康。但是由于抗病毒类药物的发展较慢,对抗病毒类药物的认识还不充分,病毒对抗病毒药也容易产生耐药性,所以加强对抗病毒类药物的研究是非常必要的。因此本文选取了叁种抗病毒类药物(法匹拉韦、维帕他韦、伯克匹韦)对它们进行了研究。人血清白蛋白是人体血浆中主要的转运蛋白,胰蛋白酶相当于是伯克匹韦的靶蛋白,所以研究这叁种药物与人血清白蛋白的相互作用,伯克匹韦与胰蛋白酶的相互作用,在临床、药效和药物设计等方面都具有非常重要的意义。同时结合了叁维定量构效关系(3D-QSAR)为伯克匹韦系列抗丙型肝炎病毒类药物的设计合成提供参考。研究内容分为叁部分:(1)用多种光谱法和分子对接技术对法匹拉韦和维帕他韦与人血清白蛋白的相互作用机理进行了研究。结果表明,它们与人血清白蛋白是形成了复合物的静态猝灭。都存在着单一的结合位点。维帕他韦与人血清白蛋白之间是以氢键和疏水作用力结合在HSA的IIB区域,法匹拉韦与人血清白蛋白之间是以氢键与范德华力结合在HSA中siteI的IIA里。(2)用多种光谱法和分子对接技术研究了伯克匹韦与人血清白蛋白和胰蛋白酶之间的相互作用并进行了比较。结果表明:伯克匹韦与人血清白蛋白以及与胰蛋白酶都是生成复合物的静态猝灭,都存在单一的结合位点,作用力类型也相同,结合在HSA中siteI的IIA里。且伯克匹韦与它的靶蛋白类似物胰蛋白酶的结合要比与人血清白蛋白的结合更紧密。(3)采用与伯克匹韦具相同母核的一系列丝氨酸蛋白酶抑制剂进行3D-QSAR研究,寻找抑制剂化合物的结构信息与抑制受体蛋白活性之间的关系,设计出了11个新的结构的化合物,它们对丝氨酸蛋白酶具有更高抑制活性,可以为抗丙型肝炎病毒新药的设计提供参考。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
模拟病毒论文参考文献
[1].苏奇.新城疫弱毒疫苗中禽腺病毒和鸡传染性贫血病毒混合污染的鉴定及人工模拟致病性分析[D].山东农业大学.2019
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[10].丁兢娜.基于分子动力学模拟方法对埃博拉病毒蛋白间相互作用的研究[D].中国科学技术大学.2017
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