葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析

论文摘要

利用生物信息学分析、预测葡萄Trihelix转录因子家族基因的特性与功能,为葡萄抗逆基因的挖掘和利用提供理论依据。以‘红地球’葡萄（Vitis vinifera）试管苗为试验材料,对葡萄Trihelix转录因子家族进行理化性质、染色体定位、二级结构预测、亚细胞定位、基因结构分析、motif以及基因芯片表达分析,并利用qRT-PCR技术分析该家族基因在400 mmol·L-1 NaCl、100 mmol·L-1 ABA和10%PEG逆境下的表达情况。结果表明,该转录因子家族在葡萄基因组中总共有27个成员,分布于11条染色体上,其中有10个成员集中分布在第14号和17号染色体上;氨基酸残基为175～880个,大多数具有疏水性。亚细胞定位分析表明,该基因家族主要存在于细胞核中。结构域分析显示,同一亚家族蛋白保守域结构高度相似。基因芯片表达结果显示,非生物胁迫下,叶片中VvTrihelix6在PEG处理24 h后与对照相比呈显著上调趋势,当用NaCl处理4h和24h后,与叶片对照相比有下调表达趋势;用ABA处理果实3d后,该基因在果实中呈下调表达,处理10d后变化不明显。叶片中VvTrihelix19转录因子经PEG、NaCl和冷胁迫处理24 h后明显下调;果实用ABA处理3 d和10 d后均有明显下调趋势。qRT-PCR分析表明该转录因子家族所有基因对逆境胁迫具有响应作用,但是,不同成员在不同逆境胁迫下的响应程度存在一定的差异。转录因子VvTrihelix6在400 mmol·L-1 NaCl和100 mmol·L-1ABA处理下表达量极显著高于对照,分别是对照的15倍和8倍;VvTrihelix19只在10%PEG胁迫处理后呈显著上调表达。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 试验材料与处理
•   1.2 Trihelix转录因子家族序列数据获得
•   1.3 葡萄Trihelix转录因子家族理化性质、基因定位和进化分析
•   1.4 葡萄Trihelix转录因子家族二级结构和亚细胞定位预测
•   1.5 葡萄Trihelix转录因子家族保守基序、基因结构、染色体定位及多序列比对分析
•   1.6 葡萄Trihelix转录因子家族基因芯片表达模式分析
•   1.7 RNA提取、cDNA合成和实时荧光定量PCR分析
• 2 结果与分析
•   2.1 葡萄Trihelix转录因子家族理化性质分析
•   2.2 葡萄Trihelix转录因子家族进化分析
•   2.3 葡萄Trihelix转录因子家族蛋白质二级结构预测和亚细胞定位分析
•   2.4 葡萄Trihelix转录因子家族保守域结构特征分析
•   2.5 葡萄Trihelix转录因子家族基因结构分析
•   2.6 葡萄Trihelix转录因子家族基因芯片表达分析
•   2.7 葡萄Trihelix基因家族q RT-PCR分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 卢世雄,王萍,何红红,梁国平,马宗桓,乔亚丽,吴玉霞,陈佰鸿,毛娟

关键词: 葡萄,非生物胁迫,基因家族,生物信息学分析,基因表达芯片

来源: 园艺学报 2019年07期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,园艺

单位: 甘肃农业大学园艺学院

基金: 甘肃省委组织部陇原青年创新团队项目（LQ2018091801）,甘肃省现代水果产业体系项目（GARS-SG-3）,甘肃省科技重大专项(18ZD2NA006)

分类号: Q943.2;S663.1

DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0885

页码: 1257-1269

总页数: 13

文件大小: 1650K

下载量: 370