RACE法克隆黑曲霉NCU-317中α-L-鼠李糖苷酶基因与生物信息学分析

论文摘要

实验室前期筛选得到一株能够产α-L-鼠李糖苷酶的黑曲霉NCU-317,但由于其完整产酶序列未知,通过逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）技术和改良cDNA末端快速扩增（RACE）法,以克隆得到的黑曲霉NCU-317 cDNA为模板,成功克隆得到其α-L-鼠李糖苷酶基因全长。克隆得到α-L-鼠李糖苷酶基因共3 018 bp,其中含有2 748 bp的完整开放阅读框,5’非编码区长为216 bp,3’非编码区长为54 bp。经过对序列的生物信息学分析显示:编码蛋白由915个氨基酸组成,预测理论分子量为103.94 kD,等电点为5.59;蛋白质二级结构以无规则卷曲为主;将氨基酸序列输入UniProt比对后发现,黑曲霉NCU-317的产酶序列与黑曲霉A0A254UAG7同源性最高,达到了99.6%。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料与试剂
•     1.1.1 菌株和质粒
•     1.1.2 试剂
•   1.2 实验方法
•     1.2.1 培养基的配制
•     1.2.2 菌株的培养
•     1.2.3 RNA的提取
•     1.2.4 引物合成
•     1.2.5 5’RACE
•     1.2.6 3’RACE
•     1.2.7 α-L-鼠李糖苷酶基因的CDS序列拼接及测序
•     1.2.8 序列生物信息学分析
• 2 实验结果与分析
•   2.1 总RNA的提取
•   2.2 黑曲霉NCU-317 α-L-鼠李糖苷酶基因的5’RACE
•   2.3 黑曲霉NCU-317 α-L-鼠李糖苷酶基因的3’RACE
•   2.4 黑曲霉NCU-317 α-L-鼠李糖苷酶基因的CDS序列扩增
•   2.5 黑曲霉NCU-317 α-L-鼠李糖苷酶基因序列分析
•   2.6 黑曲霉NCU-317 α-L-鼠李糖苷酶的氨基酸序列分析
•   2.7 黑曲霉NCU-317 α-L-鼠李糖苷酶的二级和三级结构预测
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 陈东启,余勃,陆豫

关键词: 黑曲霉,鼠李糖苷酶,生物信息学分析

来源: 南昌大学学报(理科版) 2019年05期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 江西省核工业地质局测试研究中心,南昌大学中德联合研究院

基金: 江西省科技厅重点研发基金资助项目(20171BBF60005)

分类号: Q55;Q78

DOI: 10.13764/j.cnki.ncdl.2019.05.013

页码: 489-496

总页数: 8

文件大小: 4618K

下载量: 118