RNA-Seq定量分析盐肤木对铅胁迫的响应

论文摘要

为探究重金属污染地生态修复先锋植物——盐肤木对重金属胁迫的分子响应机制,设置3个铅胁迫水平(0、250、1000mg·kg-1),应用Illumina HiSeqTM2000进行盐肤木根系的转录组测序,并通过Gene Ontology（GO）与Pathway功能显著富集分析方法,分析说明盐肤木响应不同铅胁迫水平下的差异表达基因。结果表明,盐肤木在遭受轻度铅胁迫时,主要有4类水解酶与2类磷酸酶相关基因显著富集,说明盐肤木主要通过调节细胞内水解酶与磷酸酶相关基因来抵御胁迫,而在重度铅胁迫下,主要有6类氧化还原酶相关基因出现显著富集,此时氧化还原酶相关基因起到主要调节作用;盐肤木在铅胁迫下细胞受损,在轻、重度铅胁迫下,分别有24、16类细胞相关基因显著富集,但其自身可通过调节细胞内细胞器、细胞质等相关的细胞运动以应对逆境;核糖体代谢通路是盐肤木适应铅胁迫的主要代谢通路。研究表明,核糖体相关基因是盐肤木响应铅胁迫的主要应答与调节基因。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料的种植与处理
•   1.2 RNA提取与测序
•   1.3 基因功能表达、注释及富集分析
•     1.3.1 Unigene注释
•     1.3.2 GO功能显著性富集分析
•     1.3.3 Pathway功能显著性富集分析
• 2 结果与分析
•   2.1 样品测序质量与组装结果
•   2.2 Unigene基本注释统计
•     2.2.1 数据库注释统计
•     2.2.2 物种分布统计
•   2.3 差异基因数量统计
•   2.4 差异基因的GO分析
•   2.5 差异基因的KEGG分析
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 夏丽丹,张虹,胡华英,曹升,周垂帆

关键词: 盐肤木,铅胁迫,核糖体

来源: 农业环境科学学报 2019年07期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑,农业科技

专业: 环境科学与资源利用

单位: 福建农林大学林学院,海峡两岸水土保持协同创新中心,福建长汀红壤丘陵生态系统国家定位观测研究站

基金: 福建省环保科技计划项目(2018R012),福建农林大学科技创新专项基金项目(CXZX2018137,CXZX2018132)~~

分类号: X173;X53

页码: 1459-1467

总页数: 9

文件大小: 3466K

下载量: 128