生物信息分析胶质瘤相关mRNA表达及信号通路

论文摘要

目的探讨人脑胶质瘤差异表达基因及其功能和信号通路。方法在基因表达数据库（GEO）中筛选人脑胶质瘤差异表达基因芯片数据。采用在线分析软件GEO2R根据表达倍数（log2FC=1, P <0.05）筛选在胶质瘤细胞与人脑组织中差异表达的基因（mRNA）。对筛选的基因进行功能富集（包括细胞成分、分子功能、生物学过程）和信号通路分析。应用在线分析数据库（STRING）绘制差异表达基因的蛋白相互作用网络图,并采用Cytohubba软件筛选信号通路关键基因（hub基因）。结果在GEO数据库中我们选取了GSE50021数据集为研究对象,根据差异表达筛选条件,筛选出了10个差异表达基因（TMX1, CCDC50, SETD5, HEY1, ANTXR1,PHLDA1,GRM1, HTR2A, GRM7和GRM2基因）。其中上调表达9个下调表达1个。10个差异表达基因主要富集于Notch信号通路的调控,RNA聚合酶Ⅱ对转录的正调控及癌症相关通路。其细胞定位主要为细胞核及细胞内细胞器。STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,整个蛋白相互作用网络共28个节点,159个相互作用链接,平均节点连接度为14.1,平均聚集指数为0.68。Cytohubba筛选蛋白相互作用网络中的关键基因,显示HEY1基因在整个胶质瘤相互作用蛋白网络中发挥重要作用。结论 TMX1, CCDC50, SETD5, HEY1, ANTXR1和PHLDA1基因在胶质瘤中表达上调,其主要参与Notch信号通路的调控和癌症的发生,HEY1为整个胶质瘤信号通路中的关键基因,可能在胶质瘤的发生发展中发挥重要作用。

论文目录

• 1 资料与方法
•   1.1 差异表达基因筛选
•   1.2 功能富集
•   1.3 蛋白-蛋白相互作用网络构建
•   1.4 统计学分析
• 2 结果
•   2.1 差异表达基因的筛选
•   2.2 功能富集
•   2.3 差异表达基因编码蛋白-蛋白相互作用网络及hub基于筛选
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 关树峰

关键词: 数据库,胶质瘤,信号通路,生物信息学分析

来源: 中国处方药 2019年08期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,神经病学,肿瘤学

单位: 天津市静海区医院急诊科

分类号: R739.4;Q811.4

页码: 10-12

总页数: 3

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