导读:本文包含了上位性论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:上位,玉米,性状,效应,大豆,基因,方法。
上位性论文文献综述
白玉哲,马钰聪,孟一泽,廉瑞娇,王莹[1]（2019）在《大豆籽粒蛋白与脂肪含量上位性QTLs分析》一文中研究指出大豆籽粒富含蛋白与脂肪,是人类植物蛋白与食用油重要来源;然而,蛋白、脂肪含量属多基因控制数量性状,尽管已有相关QTLs报道,但多是针对单个QTL进行分析,而很少有关于上位性QTLs的报道。鉴于此,利用大豆RIL群体,在4种环境条件下评价其籽粒蛋白与脂肪含量,结合SNP基因型进行上位性QTLs分析发现,定位到48对控制籽粒蛋白、55对控制籽粒脂肪含量上位性QTLs,涉及大豆所有染色体;进一步分析发现,有19对上位性QTLs同时与籽粒蛋白和脂肪含量相关,具体包括12对定位区间完全相同的QTLs、2对定位区间含共同标记的QTLs以及5对定位区间距离不超过5 c M的QTLs;同时发现,19对上位性QTLs分布在除11号染色体以外的19条染色体,其中以13号染色体分布数量最多,其次为1号染色体。上述结果不仅增添了控制大豆蛋白与脂肪含量上位性QTLs,而且为揭示二者之间的负相关关系提供了QTL间/基因间互作方面的分子证据。(本文来源于《中国农业科技导报》期刊2019年06期）
李灿东,蒋洪蔚,齐照明,李莹莹,郭泰[2]（2019）在《大豆叁粒荚数QTL定位及上位性效应分析》一文中研究指出大豆的叁粒荚数与单株荚数密切相关,是重要的产量影响因素之一。为定位大豆叁粒荚数QTL位点及分析位点间上位性互作关系,本研究利用一套高世代重组自交系群体对叁粒荚数进行连续4年表型数据调查,结合SLAF-seq高密度遗传图谱对大豆叁粒荚数进行QTL分析及位点互作效应分析。结果显示,共获得了17个QTL位点分布于GM02、17、18及19连锁群,其中位于GM02连锁群上有3个主效QTL,加性效应值为-7.02～-3.12,表型贡献率为11.03%～12.75%;GM17、GM18连锁群各有2个主效QTL、GM19连锁群有1个主效QTL;共检测到14对上位性互作QTLs,贡献率较高的互作对有QNThSP01-3和QNThSP15-1、QNThSP03-1和QNThSP05-1、QNThSP12-2和QNThSP15-1以及QNThSP15-1和QNThSP19-3,其中QNThSP15-1在所有互作对中参与互作的频率为50%,可能是影响大豆叁粒荚数的重要QTL位点。因此对大豆叁粒荚数进行QTL定位及上位性互作研究具有重要意义。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年09期）
Mita,Khatun[3]（2019）在《包含加性、显性、上位性及基因与环境互作效应的复杂性状遗传分析》一文中研究指出全基因组关联分析(GWAS)已广泛用于解析人类,植物和动物复杂性状遗传结构。GWAS提供了一种强大的工具,可以将个体的表型差异归因于潜在的遗传差异。随着新一代测序技术发展,已经为不同的生物开展了重测序,生成了高密度单核苷酸多态性(SNP)阵列。众所周知,在数量遗传学中复杂性状由多基因,上位性及基因与环境互作效应控制。大多数GWAS分析忽略了显性、上位性和基因与环境互作效应对复杂性状产生的影响。忽视这些影响是GWAS遗传率缺失的重要原因之一。本研究中,通过使用QTXNetwork中混合线性模型方法,估计了显性、上位性和环境特异性遗传力对玉米NAM种群穗部性状的影响。对于NAM群体,全模型包括加性、显性、上位性和环境特异性遗传效应。对于MESA群体,混合线性模型包括加性、显性、上位性和种族特异性遗传效应。本研究中,解析了MESA群体的体表面积(BSA)和玉米穗性状的遗传结构,提供了新的见解。对于玉米穗部性状,显性和显性相关的上位效应对估计的遗传力有显着贡献。环境特异性遗传效应也是玉米穗的遗传变异的重要组成部分。只有少数控制玉米穗性状的多效位点被鉴定出来。通过利用关联分析结果预测了优良品系和优良杂交品种。全模型有助于理解穗部性状的遗传结构,并提供特定环境下分子标记辅助选择的技术路线,为选育高产量作物提供一定的帮助。Monte-Carlo模拟研究揭示了基因与环境相互作用对分析复合体性状的重要性。忽略基因与环境互作可能导致较低的检测功效和较高的错误发现率(FDR)。此外,它可能会误导遗传效应遗传力的估计。BSA的遗传分析鉴定了与肥胖相关的几种疾病相关的基因。BSA受多个基因座和种族特异性遗传效应控制。基础和条件模型总遗传力的估计大部分相似,其中杂合基因型在表型变异中起着重要作用。不同的生活方式影响着基因座的表达以控制表型变异。生物信息学分析表明,候选基因与钙化合物或BSA相关疾病有关。本研究探讨了不同种族群体中BSA的复杂遗传机制,并评估了不同的生活方式对基因遗传水平的影响,这可能有助于个性化医疗的设计。(本文来源于《浙江大学》期刊2019-04-01）
赵小强,任斌,彭云玲,徐明霞,方鹏[4]（2019）在《8种水旱环境下2个玉米群体穗部性状QTL间的上位性及环境互作效应分析》一文中研究指出深入剖析干旱胁迫条件下玉米穗部性状的遗传机制可为玉米抗旱高产分子育种提供参考依据。以大穗型旱敏感自交系TS141为共同亲本,分别与小穗型强抗旱自交系廊黄和昌7-2杂交,构建了含有202个(LTPOP)和218个(CTPOP)家系的F2:3群体,在8种水旱环境下进行单穗重、穗轴重、穗粒重、百粒重、出籽率及穗长等6个穗部性状的表型鉴定,并采用复合区间作图法(CIM)和基于混合线性模型的复合区间作图法(MCIM)对其进行单环境和多环境联合数量性状位点(QTL)分析。结果表明,采用CIM法,单环境下在2套F2:3群体间检测到62个穗部性状QTL,其中干旱胁迫环境下检测到38个QTL,进一步在2套F2:3群体多个干旱胁迫环境下检测到10个稳定表达的QTL (sQTL),分别位于Bin 1.01–1.03、Bin 1.03–1.04、Bin 1.05、Bin 1.07、Bin 1.07–1.08、Bin 2.04、Bin 4.08、Bin 5.06–5.07、Bin6.05和Bin 9.04–9.06。采用MCIM法,联合分析定位到54个穗部性状联合QTL,其中24个表现显着的QTL与环境互作(QTL×E), 17对参与了显着的加性与加性/显性(AA/AD)上位性互作,其表型贡献率较低。这些研究结果可为系统地剖析玉米穗部性状的分子遗传机制提供理论依据;且这2套F2:3群体多个环境下检测到的sQTL可作为穗部性状改良的重要候选染色体区段,用于图位克隆或抗旱高产分子育种,但要注重环境及上位性互作效应的影响。(本文来源于《作物学报》期刊2019年06期）
王平,王东洋,王晶,姜立波,邬荣领[5]（2018）在《胡杨幼苗生长相关性状QTL上位性分析》一文中研究指出【目的】幼苗期是植物生长发育的重要阶段,幼苗生长相关性状的研究对改善农作物以及林木的生产以及提高抗逆性具有重要意义。目前尚无研究对胡杨幼苗生长阶段相关表型的上位互作机制进行解析。【方法】本研究以包含408个单株的胡杨×胡杨杂交的F1代群体为实验材料,获取茎高、主根长、总侧根长和侧根数量4种表型动态生长数据;基于该群体所构建的高密度连锁图谱,通过功能作图和2HIGWAS对基因之间的上位互作进行定位。【结果】共侦测出QTL-QTL互作83对,包含83个SNPs。其中主根长、茎高、侧根总长、侧根数量分别检验出24对、20对、24对、15对显着QTL互作;主根长、茎高以及侧根总长较大比例的上位互作分别集中分布于连锁群1、19和17。另外对4个表型显着上位互作的QTLs进行功能注释,19个QTLs注释到候选基因。【结论】影响侧根总长的显着互作具有较高的遗传力,在连锁群17集中分布,可能是重要的候选基因区域,能够为胡杨以及林木分子标记辅助育种提供重要的借鉴。(本文来源于《北京林业大学学报》期刊2018年12期）
孙保娟,衡周,李植良,黎振兴,李涛[6]（2018）在《茄子果色上位性基因D紧密连锁的InDel分子标记及其应用》一文中研究指出在茄子育种实践中发现2对上位性效应基因控制茄子果色遗传现象。即2个纯合的白果茄子杂交后,F_1代果色为紫红色,F_2代紫红果色和白果色植株分离比为9:7,说明果皮着色受到具有上位性的2个基因位点控制,2个白果色茄子是由于控制花青素生物合成过程的2个独立而又互补的基因位点(D基因和P基因)分别失活引起的。在前期采用SLAF-Seq与BSA关联分析技术结合,将控制茄子果色上位性遗传的2个基因(D和P)分别定位到相应的两个较小的区域的基础上,基于父、母本基因组重测序结果,在关联区域所在的Scaffold附近寻找InDel标记,在关联Scaffold序列的第22522位点找到了1个插入/缺失(InDel),其在母本中比父本中多了1个29个碱基的插入,序列如下:5′-TTGCTGATTCACTC ATATGATTTTTTGGA-3′。根据22522InDel两端序列设计了一对特异性引物对,其在母本的扩增长度为469bp(基因型DD)、父本的扩增长度为440bp(dd);F1代单株的扩增带型为469和440bp(Dd);对F2代白果色单株的扩增带型分2种情况考虑:一种情况是绿茎白果色单株,其可能基因型有DDpp、Ddpp、ddpp,因此D基因分子标记InDel22522扩增结果有3种情况,即469(DD)、440(dd)、469和440bp(Dd),另一种情况是紫红茎白果色单株,其可能基因型有ddPP、ddPp,因此D基因分子标记InDel22522扩增结果为440 bp(dd)对F2代紫红果色单株的扩增带型:F_2代紫红果色单株可能基因型有DDPP、DDPp、DdPP和DdPp,因此D基因分子标记InDel22522扩增结果有2种情况,即469(DD)、469和440 bp(Dd)。InDel标记检测结果符合F_2分离世代的果色分离与基因型的对应关系,说明本方法准确性高,可应用于茄子果色上位性基因D分子标记的辅助育种。将22522InDel标记在60份不同果色的茄子材料中,发现在紫黑和紫红果色材料中扩增带型为469 bp一条带,基因型DD,或扩增带型为469和440 bp两条带,基因型Dd;15份白果色材料中有13份为仅有1条440 bp条带,基因型dd,另外2份材料为469 bp,其为母本带型,白果色是由于另一基因位点P突变引起的。本研究的InDel分子标记可以简便、快速、高通量地应用于茄子果色选育实践中,同时为克隆茄子果色上位性基因D及其功能研究奠定了良好的基础。(本文来源于《中国园艺学会2018年学术年会论文摘要集》期刊2018-10-17）
卢友敏,于述春,陈胜才,吴平[7]（2018）在《复杂疾病的上位性检测方法研究》一文中研究指出随着现代经济和社会的发展,科学技术日新月异,更新的速度十分快。从基因分型技术的发展情况来看,将其应用到复杂疾病的研究上已不再是难题。现阶段相关研究人员以影响复杂疾病的重要遗传因素之一,即上位性为依据,展开了相关方面的探讨与分析。笔者以此为切入点,在原有的研究方法的基础上针对上位性检测方法进行了详细的研究。(本文来源于《信息与电脑(理论版)》期刊2018年10期）
王会涛,柳华峰,郑耀刚,赵帅帅,刘浩浩[8]（2018）在《玉米叶型相关性状QTL定位及上位性效应分析》一文中研究指出为了研究玉米叶型性状的QTL以及它们的上位性效应,本研究以豫82为母本、豫87-1为父本发展而成的一套重组自交系群体为材料,通过一年3点的表型鉴定,利用遍布玉米全基因组的SNP标记,对玉米叶向值、叶夹角、叶长、叶高点长和叶宽5个性状进行QTL定位及上位性效应分析。定位结果表明,5个性状共定位到24个QTL,贡献率6.89%~13.43%,所有主效QTL均与环境没有显着的互作效应。其中,q LA1-1、q LA8-1、q Lf2-1、q Lf5-1、q LOV3-1、q LL2-1、q LL4-1、q LW1-1和q LW3-1的贡献率均在10%以上,说明这些位点对叶型的影响较为重要。上位性效应分析结果表明,共检测有15对上位性互作位点表现出显着性,并且所有的互作位点对都发生在不同染色体之间;多数互作位点对,均发生在未显着性效应的位点之间;所有的上位性互作位点对间的互作效应与环境也无显着的互作效应,这表明叶型相关性状的加性效应和上位性效应,均不受地点间环境条件的影响。本研究为进一步图位克隆相关关键基因及分子标记辅助育种改良玉米株型提供了重要的参考价值。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年15期）
任照彬,王会涛,豆丹丹,任真真,柳华峰[9]（2018）在《玉米叶高点长等叶型性状QTL定位及上位性效应分析》一文中研究指出以由综3×豫87-1衍生的一套包含223个家系的RIL群体为材料,通过3个地点的表型鉴定,借助由1 243个SNP标记构建的遗传连锁图谱对玉米叶高点长、叶长、叶宽和叶面积进行QTL定位及上位性效应分析。结果表明,4个叶型性状共检测到10个显着的QTL,这些QTL与环境的互作均未达到显着水平。在这些QTL中,调控叶高点长的q Lf5-1,q Lf8-1和调控叶长的q LL8-1,分别解释表型变异的7.20%,6.06%和6.39%,说明这3个主效QTL是调控叶型性状的重要位点。上位性效应分析共检测到6对位点间互作,互作效应为2.30%~7.39%,属于非显着QTL位点对互作,其中2对位点互作的上位性效应与环境互作效应显着,说明上位性互作效应在叶型性状的遗传中占有一定的比例,同时也受环境的影响。(本文来源于《河南农业大学学报》期刊2018年02期）
吴迪[10]（2018）在《基于蚁群算法和随机森林的上位性识别研究》一文中研究指出上世纪90年代以来,随着生物技术的发展,特别是基因测序技术的发展,生物学的发展进入到一个全新的阶段,其中的标志性事件是人类基因组计划的启动,截止到2003年,人类基因组计划的测序工作已经全部完成。随着计算机科学与生物学的迅猛发展,二者组合产生了生物信息学这一交叉学科。生物信息学利用计算机技术来对生物数据进行处理来探究生物学的研究问题。全基因组关联分析,通常是指在人类基因组范围找出与疾病或者性状相关的单核苷酸多态性。虽然GWAS(Genome-wide association study)已经取得了很多的成果,但是对于大多数疾病,GWAS只能解释一部分遗传可能性。许多人类疾病和特征背后的遗传因素并没有被找到,这一现象被称为“遗传性缺失”。遗传性缺失的一个可能原因是:标准的GWAS分析中使用的可加性模型并不能很好的拟合基因型间的交互作用。遗传的可加性模型假设每一个遗传变异对疾病的作用是与其他遗传变异独立的。在实际中,这个假设可能是不成立的,基因之间可能存在上位性效应。本文在总结之前的研究方法的基础之上,提出了一种基于蚁群算法和随机森林的snp上位性探测方法。本文利用随机森林obb score作为对snp集合的评价标准,其基于的理论在于:对于存在上位性的snp集合应该比不存在上位性的集合能更好的实现对疾病人群和正常人群的分类。随机森林在上位性的检测中获得了较为广泛的应用,获得了一些成果,但也有学者对其的局限性提出了质疑。本文将随机森林整合到蚁群算法的框架中,希望在避免其局限性的情况下发挥其优势。本文以蚁群算法作为整体的算法框架,在蚂蚁的路径选择和对选取路径的评价上以及信息素更新上采用了符合数据特点的选择和创新。另外,好的启发式信息对蚁群算法的提升有着较为重要的作用。因此,本文提出了一种启发式信息生成算法SNPRANK。其结果可以用于特征选择,也可以用于指导蚁群算法的蚂蚁路径选择。实验证明,本文提出的组合算法有着较好的效果,融合算法的效果比单独算法的效果要优异。为了获得更好的时间效率和更高的探测精度,本文首先利用SNPRANK对snp做一个筛选,去掉一些噪声snp,防止其在后续处理中干扰算法的运行结果。之后再将SNPRANK中生成的启发式信息融合到蚁群算法的框架中去。实验证明,本文提出的算法比以往基于蚁群算法的方法具有更好的效果和对不同模型的鲁棒性。在未来的工作中,我们将通过研究更好的启发式信息和局部搜索算法来增强算法的效果和鲁棒性。(本文来源于《吉林大学》期刊2018-04-01）
上位性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
大豆的叁粒荚数与单株荚数密切相关,是重要的产量影响因素之一。为定位大豆叁粒荚数QTL位点及分析位点间上位性互作关系,本研究利用一套高世代重组自交系群体对叁粒荚数进行连续4年表型数据调查,结合SLAF-seq高密度遗传图谱对大豆叁粒荚数进行QTL分析及位点互作效应分析。结果显示,共获得了17个QTL位点分布于GM02、17、18及19连锁群,其中位于GM02连锁群上有3个主效QTL,加性效应值为-7.02～-3.12,表型贡献率为11.03%～12.75%;GM17、GM18连锁群各有2个主效QTL、GM19连锁群有1个主效QTL;共检测到14对上位性互作QTLs,贡献率较高的互作对有QNThSP01-3和QNThSP15-1、QNThSP03-1和QNThSP05-1、QNThSP12-2和QNThSP15-1以及QNThSP15-1和QNThSP19-3,其中QNThSP15-1在所有互作对中参与互作的频率为50%,可能是影响大豆叁粒荚数的重要QTL位点。因此对大豆叁粒荚数进行QTL定位及上位性互作研究具有重要意义。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
上位性论文参考文献
[1].白玉哲,马钰聪,孟一泽,廉瑞娇,王莹.大豆籽粒蛋白与脂肪含量上位性QTLs分析[J].中国农业科技导报.2019
[2].李灿东,蒋洪蔚,齐照明,李莹莹,郭泰.大豆叁粒荚数QTL定位及上位性效应分析[J].分子植物育种.2019
[3].Mita,Khatun.包含加性、显性、上位性及基因与环境互作效应的复杂性状遗传分析[D].浙江大学.2019
[4].赵小强,任斌,彭云玲,徐明霞,方鹏.8种水旱环境下2个玉米群体穗部性状QTL间的上位性及环境互作效应分析[J].作物学报.2019
[5].王平,王东洋,王晶,姜立波,邬荣领.胡杨幼苗生长相关性状QTL上位性分析[J].北京林业大学学报.2018
[6].孙保娟,衡周,李植良,黎振兴,李涛.茄子果色上位性基因D紧密连锁的InDel分子标记及其应用[C].中国园艺学会2018年学术年会论文摘要集.2018
[7].卢友敏,于述春,陈胜才,吴平.复杂疾病的上位性检测方法研究[J].信息与电脑(理论版).2018
[8].王会涛,柳华峰,郑耀刚,赵帅帅,刘浩浩.玉米叶型相关性状QTL定位及上位性效应分析[J].分子植物育种.2018
[9].任照彬,王会涛,豆丹丹,任真真,柳华峰.玉米叶高点长等叶型性状QTL定位及上位性效应分析[J].河南农业大学学报.2018
[10].吴迪.基于蚁群算法和随机森林的上位性识别研究[D].吉林大学.2018
论文知识图
