茶树TCP家族的全基因组鉴定及其表达分析

论文摘要

以拟南芥TCP蛋白序列和TCP蛋白保守结构域种子文件(Pfam:03634)检索‘舒茶早’茶树(Camellia sinensis L.)基因组数据库,对茶树TCP基因(CsTCP)进行鉴定,共得到37个基因,分别编码150～607个氨基酸。蛋白质分子量介于16.8～67.6 kD,等电点介于5.10～10.52,内含子数为0～5,其中35个Cs TCP定位于细胞核,1个定位于叶绿体,1个在细胞核和叶绿体都有定位。系统发育分析显示,37个CsTCP中,21个属于PCF亚家族,11个属于CIN亚家族,5个属于CYC/TB1亚家族,表明Cs TCP家族成员间出现了功能分化。保守基序分析发现,Cs TCP蛋白序列中至少存在20个保守基序,同源关系较近的Cs TCP成员常具有相似的保守基序构成。亚细胞定位结果显示,Cs TCP32定位于细胞核,CsTCP24在细胞核和细胞质都有定位,表明CsTCP蛋白具有转录因子的核定位特征。启动子元件分析发现,Cs TCP基因启动子区富含干旱、盐、低温和病原菌侵染胁迫响应元件。基于转录组数据以及半定量和定量PCR分析结果显示,CsTCP基因家族成员在茶树不同组织和胁迫处理后存在差异表达。其中,CsTCP14主要在茎和花中表达,CsTCP32主要在芽和叶中表达;CsTCP19、CsTCP20、CsTCP12和CsTCP32分别在高盐、低温和MeJA处理后上调表达,CsTCP18和CsTCP30在低温和MeJA处理后下调表达。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 茶树TCP转录因子家族成员的鉴定和序列分析
•   1.2 茶树TCP基因结构分析
•   1.3 基于转录组的CsTCP表达量分析
•   1.4 茶树材料与处理
•   1.5 CsTCP表达分析与亚细胞定位
• 2 结果与分析
•   2.1 茶树TCP家族基因的鉴定
•   2.2 茶树TCP家族基因的分类，基因结构及系统进化分析
•   2.3 Cs TCP保守结构域与基序分析
•   2.4 CsTCP启动子元件分析
•   2.5 Cs TCP蛋白亚细胞定位分析
•   2.6 CsTCP基因的表达分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 周棋赢,韩月华,祝悦,陈赛,李先文,彭波,袁红雨

关键词: 茶树,基因家族,表达分析

来源: 园艺学报 2019年10期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农作物

单位: 信阳师范学院生命科学学院河南省茶树生物学重点实验室大别山农业生物资源保护与利用研究院,信阳师范学院商学院

基金: 国家自然科学基金项目(U1404319,31270727,U1604110),河南省科技计划项目(182102110449,152102110100),安徽省研究人员科研基金项目(2017B190),南湖青年学者奖励计划项目(2016060),河南省教育厅高等教育教学改革研究与实践项目(2017SJGLX092)

分类号: S571.1;Q943.2

DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0389

页码: 2021-2036

总页数: 16

文件大小: 2727K

下载量: 326