基于生物信息学分析的结肠癌枢纽基因筛选及调控网络构建

论文摘要

目的:联合多种生物信息学分析方法筛选结肠癌枢纽基因,进一步对枢纽基因进行分析并构建调控网络,以期探索结肠癌的发病机制。方法:从GEO基因芯片数据库筛选结肠癌组织的基因表达数据集,利用在线工具GEO2R筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEG),对差异基因进行Gene Ontolog(GO)分析、KEGG通路分析、蛋白相互作用网络构建等。结果:共纳入2个结肠癌GEO数据集(GSE41258和GSE44076),筛选出在这2个数据集中有交集的差异表达2倍以上的基因120个,其中表达上调的基因29个,表达下调的基因91个。对上述120个差异表达基因进行KEGG通路分析发现近端小管碳酸氢钠回收、氮素代谢、胰液分泌、PPAR信号通路等与结肠癌的发生密切相关。利用STRING及Cytoscape软件筛选得到包括趋化因子1(CXCL1)、基质金属蛋白酶1 (MMP1)、MMP7等在内的10个调控结肠癌发生的枢纽基因,进一步在TCGA数据库中验证这些基因的表达。结论:通过生物信息学方法有效地筛选出与结肠癌发生密切相关的枢纽基因,为进一步研究其机制提供了理论依据。

论文目录

• 1 数据来源与研究方法
•   1.1 数据来源
•   1.2 研究方法
• 2 结果
•   2.1 芯片数据
•   2.2 差异基因筛选
•   2.3 GO富集分析
•   2.4 KEGG通路分析
•   2.5 编码蛋白相互作用网络分析
•   2.6 枢纽基因表达验证
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 赵昕辉,刘俊,贺奋飞,余彦平,王珂,张翔,张瑞,李纪鹏

关键词: 结肠癌,数据库,生物信息学,差异基因,信号通路

来源: 现代肿瘤医学 2019年13期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 肿瘤生物学国家重点实验室空军军医大学西京消化病医院,肿瘤生物学国家重点实验室空军军医大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室

基金: 国家自然科学基金资助项目(编号:81672751)

分类号: R735.35;Q811.4

页码: 2227-2231

总页数: 5

文件大小: 680K

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