导读:本文包含了序列发育分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:金铁锁,叶绿体基因组,石竹科,系统发育
序列发育分析论文文献综述
高亚芳,刘莹莹,杨从卫,李国栋,钱子刚[1]（2019）在《金铁锁叶绿体基因组序列及其系统发育分析》一文中研究指出目的解析金铁锁叶绿体基因组结构和确定其在石竹科的系统位置。方法基于二代测序技术IlluminaHiseq平台,对金铁锁叶绿体基因组进行测序,使用生物信息学分析软件进行组装和注释,并以苋科植物千穗谷为外类群,通过RAxM L 8.2.11软件构建ML系统发育树,分析石竹科属间的亲缘关系。结果金铁锁叶绿体基因组总长为153977bp。LSC和SSC区被2个反向重复区域IRs隔开,其大小分别为84 385、17 526、26 033 bp。除去重复后,共编码109个基因,包含75个PCGs,30个tR NA和4个rR NA基因。总的CG含量为36.5%,IR区(42.4%)GC含量明显高于LSC(34.2%)和SSC(30.1%)区。在系统进化树中,金铁锁与长萼瞿麦互为姊妹类群,且各节点的支持率较高,能够清晰反映属间的亲缘关系。结论本研究对金铁锁叶绿体基因组结构进行了解析,并探讨了石竹科属间系统发育关系,为金铁锁种质资源综合评价、系统进化等研究提供有效的科学数据。(本文来源于《中草药》期刊2019年22期）
张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰[2]（2019）在《枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析》一文中研究指出【目的】从线粒体基因组水平上探讨枣食芽象甲Scythropus yasumatsui与近缘种的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq测序平台对枣食芽象甲线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析;利用贝叶斯法和最大似然法构建基于象甲科13个物种的线粒体基因组13个蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树。【结果】结果表明,枣食芽象甲线粒体基因组全长为16 472 bp(GenBank登录号:MF807224),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区,37个基因的排列顺序与祖先昆虫的线粒体基因排列顺序一致。13个蛋白质编码基因的起始密码子为ATN,其中除了cob和nad1基因的完全终止密码子为TAG外,其余11个基因的完全终止密码子为TA(A)。22个tRNA基因中除了trnS1缺少DHU臂,反密码子由GCT变为TCT外,其余均能形成典型的叁叶草结构。基于13个蛋白质编码基因序列构建的系统发育树结果显示,象甲科8个亚科系统发育关系为:(((隐喙象亚科(Cryptorhynchinae)+(象虫亚科(Curculioninae)+魔喙象亚科(Molytinae)))+长小蠹亚科(Platypodinae))+(粗喙象亚科(Entiminae)+Cyclominae亚科))+隐颏象亚科(Dryophthorinae)+小蠹亚科(Scolytinae))。【结论】在13种象甲科昆虫物种中,同属于粗喙象亚科的枣食芽象甲与南美果树象甲Naupactus xanthographus在系统发育树中聚为同一分支,表明基于线粒体基因组全序列的分子系统发育结果与传统的形态分类结果是一致的。(本文来源于《昆虫学报》期刊2019年11期）
冯鉴童[3]（2019）在《蛋螺属（腹足纲：蛋螺亚纲：蛋螺科）线粒体全基因组序列比较及系统发育分析》一文中研究指出为了更好地了解蛋螺的线粒体基因组,我们对中国的4种蛋螺渔舟蛋螺(15427 bp)、齿纹蛋螺(15552 bp)、黑线蛋螺(15571 bp)、波纹蛋螺(15583 bp)的线粒体全基因组进行了比较分析研究。为了确定蛋螺属海生腹足类在系统发育中的地位,我们构建了基于13个蛋白质编码基因的系统发育树。这项研究有助于了解比较蛋螺科的线粒体基因组和蛋螺科的系统发育关系。(本文来源于《第叁届现代海洋（淡水）牧场学术研讨会摘要集》期刊2019-10-17）
郝桂英,易利,潘用清,何学谦[4]（2019）在《枝睾阔盘吸虫凉山州分离株nad4基因部分序列测定与种系发育分析》一文中研究指出为探究山羊源枝睾阔盘吸虫的种内遗传变异和系统发育关系,对采集自四川省凉山州的5个吸虫样品nad4基因部分序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并构建种系发育树。测序结果显示,所测得的5个山羊源枝睾阔盘吸虫nad4基因部分序列长度均为789 bp,核苷酸同源性为99.5%～100.0%,共检测到4个单倍型、4个变异位点。系统发育树显示,5个山羊源枝睾阔盘吸虫凉山州分离株聚在同一小支上,未与胰阔盘吸虫聚类在一支上,能与其他吸虫相鉴别。本研究结果为枝睾阔盘吸虫的分子分类和种群遗传的进一步研究奠定了基础。(本文来源于《现代农业科技》期刊2019年12期）
黄卫东,梁馨月,谢秀凤,王兴民,陈晓胜[5]（2019）在《基于12S,16S和28S rRNA基因序列的中国小毛瓢虫属系统发育分析》一文中研究指出【目的】小毛瓢虫属Scymnus Kugelann昆虫主要捕食蚜虫、蚧虫等害虫,是一类经济上重要的天敌昆虫。目前针对小毛瓢虫属的系统发育研究尚属空白,亚属之间的系统演化关系尚不明确,为了建立合理的分类系统,亟需对小毛瓢虫属的亲缘关系进行研究和探讨。【方法】以华南农业大学馆藏的小毛瓢虫属5亚属共44种为研究对象,采用PCR技术对12S, 16S和28S rRNA基因的部分序列进行扩增;运用MEGA 7.0分析了小毛瓢虫属内12S, 16S和28S rRNA基因的碱基组成,基于K2P模型计算了小毛瓢虫属44种的种间遗传距离;采用最大似然法(maximum-likelihood, ML)和贝叶斯推断法(Bayesian-inference, BI)构建该属的系统发育树。【结果】扩增获得小毛瓢虫属44种的12S rRNA基因序列平均长度为356 bp, 16S rRNA基因序列平均长度为351 bp, 28S rRNA基因序列平均长度为315 bp;序列分析表明,12S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为38.8%, 43.5%, 11.9%和5.8%, 16S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为37.6%, 40.3%, 14.4%和7.7%, 28S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为26.7%, 18.3%, 31.4%和23.5%;基于联合序列分析的种间遗传距离为0.004～0.276,平均遗传距离为0.115。系统发育分析结果表明,小毛瓢虫属为单系起源,而小毛瓢虫亚属Scymnus(Scymnus) Kugelann、毛瓢虫亚属Scymnus(Neopullus) Sasaji、小瓢虫亚属Scymnus(Pullus) Mulsant和拟小瓢虫亚属Scymnus(Parapullus) Yang均为并系起源。【结论】基于12S, 16S和28S rRNA基因序列的小毛瓢虫属系统发育分析显示传统的形态学分类体系与基于分子数据分析的结果部分不一致,这表明应该对该属内各亚属的鉴别特征进行全面检视,筛选并确立各亚属的形态指标,同时也表明该属内的亚属分类单元需重新厘定。(本文来源于《昆虫学报》期刊2019年02期）
毛启萌,李廷景,付文博,闫振天,陈斌[6]（2019）在《林氏按蚊线粒体全基因组序列的测定及基于线粒体基因组的按蚊属系统发育分析（英文）》一文中研究指出【目的】对林氏按蚊Anopheles lindesayi完整的线粒体基因组进行测序及分析,依据已知的线粒体基因组构建并讨论按蚊属蚊虫的分子系统发育关系。【方法】对林氏按蚊线粒体基因组进行测序、注释,并对其基本特征和基本组成进行分析。基于串联的13个蛋白质编码基因的核苷酸序列和氨基酸序列,用ML法和贝叶斯法构建林氏按蚊和按蚊属其他32种蚊虫的系统发育树,据此探讨按蚊属蚊虫的系统发育关系和系统分类。【结果】林氏按蚊线粒体基因组全长为15 366 bp,包含13个蛋白质编码基因,22个tR NA基因,2个rR NA基因和一段控制区。林氏按蚊线粒体基因组呈现明显的AT偏斜和GC偏斜,AT偏斜为正,GC偏斜为负。除了COX1使用TCG和ND5使用GTG作为起始密码子以外,其他蛋白质编码基因的起始密码子均遵循ATN原则;终止密码子为TAA或者T。除了tR NASer(AGN)以外,其他的tR NA基因均呈现典型的叁叶草二级结构。控制区AT含量最高,为94. 54%。滑窗分析显示蛋白质编码基因是用于构建亚属或属水平系统发育关系的最佳分子标记。系统发育树强烈支持塞蚊亚属Cellia、按蚊亚属Anopheles、徕蚊亚属Nyssorhynchus和柯特蚊亚属Kerteszia均为单系群。小五斑按蚊An. atroparvus和四斑按蚊An. quadrimaculatus A这两个种聚到一起,从传统的形态分类上讲,它们和林氏按蚊均属于按蚊亚属按蚊系蚊虫。但本研究构建的4个系统发育树均显示,(小五斑按蚊An. atroparvus+四斑按蚊An. quadrimaculatus A)和林氏按蚊被属于迈蚊系的中华按蚊分开,这为两个系的分类提供了新的论点。【结论】本研究获得了林氏按蚊的完整的线粒体基因组,探析了按蚊属的线粒体基因组特征和系统发育关系,为进一步研究蚊科线粒体基因组和系统发育关系提供了依据。(本文来源于《昆虫学报》期刊2019年01期）
任晓晓,贺兴江,龚雪阳,赵文正,刘意秋[7]（2018）在《基于COⅠ基因序列的蜜蜂属系统发育分析及其舞蹈和筑巢行为进化分析》一文中研究指出【目的】分析蜜蜂属Apis的系统发育关系,并在此基础上探讨蜜蜂属舞蹈方向、舞蹈声音、营巢环境、巢脾结构的祖先状态和演变过程。【方法】PCR扩增并测定中国分布的蜜蜂属内东方蜜蜂A.cerana、西方蜜蜂A.mellifera、大蜜蜂A.dorsata、黑大蜜蜂A.laboriosa、小蜜蜂A.florea和黑小蜜蜂A.andreniformis的线粒体COⅠ基因序列,并从NCBI数据库中下载分布于其他国家或地区的上述6种蜜蜂以及绿努蜂A.nulunsis、苏拉威西蜂A.nigrocinta、沙巴蜂A.koschevnikovi、炳式大蜜蜂A.dorsata binghami的COⅠ同源序列。分别利用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯分析(BI)依据这些序列数据构建蜜蜂属系统发育关系。对蜜蜂属上述种的舞蹈语言和筑巢行为进行编码并作为性状特征标记到系统发育树中,利用简约法对祖先状态进行追溯。【结果】系统发育分析结果表明,蜜蜂属可划分为3大类群,即穴居蜜蜂类群(东方蜜蜂、西方蜜蜂、苏拉威西蜂、绿努蜂、沙巴蜂)、大蜜蜂类群(大蜜蜂、黑大蜜蜂)和小蜜蜂类群(小蜜蜂、黑小蜜蜂);小蜜蜂类群更加接近于祖型,大蜜蜂类群和穴居蜜蜂类群是两支单系;炳式大蜜蜂是独立于大蜜蜂和黑大蜜蜂的蜂种,且与黑大蜜蜂的亲缘关系更近。祖先状态重建结果显示:蜜蜂属祖先在露天环境下筑造垂直的单脾,且在传播食物或巢址信息时跳水平方向的无声摆尾舞,有嗡嗡声的舞蹈及筑造复脾是后来形成的。【结论】COⅠ基因可作为分子标记用于分析蜜蜂属的舞蹈和筑巢行为的祖先状态及进化过程;蜜蜂筑造复脾、跳有嗡嗡声的舞蹈是后期的适应性进化行为。(本文来源于《昆虫学报》期刊2018年12期）
郝桂英,王赵伟[8]（2018）在《羊毛尾线虫凉山州分离株的线粒体cox1和Cyt b基因的序列测定及种系发育分析》一文中研究指出应用PCR技术对分离自四川省凉山州12个山羊源羊毛尾线虫分离株的线粒体cox1基因部分序列(pcox1)和Cyt b基因部分序列(pCyt b)进行扩增和分析。结果显示,所获得的羊毛尾线虫pcox1和pCyt b序列长度分别为843bp和909bp,种内变异分别为0.0%～0.5%(7个变异位点)和0.0%～0.1%(1个变异位点),分别检测到7个单倍型和2个单倍型,平均单倍型多样性分别为0.773和0.409,核苷酸多样性分别为0.001 74和0.000 45。构建的种系发育树均显示,12个山羊源羊毛尾线虫凉山州分离株聚在同一小分支,能与其他毛尾线虫相鉴别;不同宿主来源的羊毛尾线虫中国株均聚在同一分支,而羊毛尾线虫西班牙株单独聚为一支,推测不同地方羊毛尾线虫分离株可能存在隐藏种或不同的基因型。结果表明,羊毛尾线虫cox1和Cyt b基因序列种内变异小,种间差异较大,故可作为分子标记用于羊毛尾线虫的种间鉴定;羊毛尾线虫凉山州分离株存在一定的遗传变异和遗传多样性,且cox1基因的多样性水平高于Cyt b基因。本研究结果为羊毛尾线虫的分子分类、群体遗传结构和分子流行病学调查等的进一步研究奠定基础。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2018年12期）
刘志娥,王春晖,刘玮琦,汪小凡[9]（2018）在《基于核基因和叶绿体基因序列的杏属系统发育分析——探讨洪平杏的起源和亲缘关系》一文中研究指出洪平杏(Armeniaca hongpingensis C. L. Li)是杏属的一个狭域分布种,基于形态观察被推测为杏(A.vulgaris Lam.)和梅(A. mume Sieb.)的天然杂交种,但目前尚无该种与杏、梅亲缘关系的分子系统学研究。本文以洪平杏的成株和实生苗以及包括杏、梅在内的6种(含1变种)杏属植物为研究材料,分别采用核基因(ITS和SBEI)和叶绿体基因(mat K和ycf1b)序列构建系统发育树,并采用mat K、ycf1b和SBEI基因序列构建单倍型网络图,探讨该物种与杏、梅及杏梅(A. mume Sieb. var. bungo Makino)之间的亲缘关系。基于核基因和叶绿体基因序列分别构建的系统发育树均显示,洪平杏的成株及其全部实生苗个体单独聚为一支,且具有较高的支持率(分别为99/79、71/81),独立于杏属其他种之外。而基于核基因ITS序列的系统发育分析结果表明,洪平杏除极少数成株与杏、杏梅聚为一支外,其余所有成株与实生苗聚为2大支(支持率分别为0.82和0.97),而没有克隆的与梅聚在一起。单倍型分析结果表明,该物种的成株与实生苗在SBEI和ycf1b基因序列中均未检测到杏或梅的单倍型,仅有少数(2/9)的实生苗个体在叶绿体mat K基因序列中检测到杏的单倍型。研究结果不支持将洪平杏定为杏和梅的天然杂交种的观点,推测洪平杏应为一个独立的物种,与杏之间的亲缘关系更近并且存在可检测到的基因流。(本文来源于《植物科学学报》期刊2018年05期）
李向勇,靳元春,聂瑜,粟玉刚,唐春华[10]（2018）在《猎豹狮弓蛔虫线粒体cox1基因的序列测定及系统发育分析》一文中研究指出以来源于湖南省长沙生态动物园猎豹体内的狮弓蛔虫为研究对象,利用保守引物,通过聚合酶链反应(PCR),扩增猎豹狮弓蛔虫线粒体细胞色素c氧化酶I亚基基因(cox1)部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建与其他相关蛔虫的进化关系。将获得的序列,用Clustal X 1.83程序进行比对,用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。结果显示:样品pcox1序列长度均为367 bp,种内相对保守(1.4%～6.8%),种间变异显着(9.7%～21.4%);种系发育关系指示,猫科动物狮弓蛔虫分离株位于同一分支,犬科动物狮弓蛔虫分离株位于另一分支。由于狮弓蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为狮弓蛔虫种间遗传变异研究的标记。(本文来源于《中国动物检疫》期刊2018年08期）
序列发育分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【目的】从线粒体基因组水平上探讨枣食芽象甲Scythropus yasumatsui与近缘种的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq测序平台对枣食芽象甲线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析;利用贝叶斯法和最大似然法构建基于象甲科13个物种的线粒体基因组13个蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树。【结果】结果表明,枣食芽象甲线粒体基因组全长为16 472 bp(GenBank登录号:MF807224),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区,37个基因的排列顺序与祖先昆虫的线粒体基因排列顺序一致。13个蛋白质编码基因的起始密码子为ATN,其中除了cob和nad1基因的完全终止密码子为TAG外,其余11个基因的完全终止密码子为TA(A)。22个tRNA基因中除了trnS1缺少DHU臂,反密码子由GCT变为TCT外,其余均能形成典型的叁叶草结构。基于13个蛋白质编码基因序列构建的系统发育树结果显示,象甲科8个亚科系统发育关系为:(((隐喙象亚科(Cryptorhynchinae)+(象虫亚科(Curculioninae)+魔喙象亚科(Molytinae)))+长小蠹亚科(Platypodinae))+(粗喙象亚科(Entiminae)+Cyclominae亚科))+隐颏象亚科(Dryophthorinae)+小蠹亚科(Scolytinae))。【结论】在13种象甲科昆虫物种中,同属于粗喙象亚科的枣食芽象甲与南美果树象甲Naupactus xanthographus在系统发育树中聚为同一分支,表明基于线粒体基因组全序列的分子系统发育结果与传统的形态分类结果是一致的。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
序列发育分析论文参考文献
[1].高亚芳,刘莹莹,杨从卫,李国栋,钱子刚.金铁锁叶绿体基因组序列及其系统发育分析[J].中草药.2019
[2].张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰.枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析[J].昆虫学报.2019
[3].冯鉴童.蛋螺属（腹足纲：蛋螺亚纲：蛋螺科）线粒体全基因组序列比较及系统发育分析[C].第叁届现代海洋（淡水）牧场学术研讨会摘要集.2019
[4].郝桂英,易利,潘用清,何学谦.枝睾阔盘吸虫凉山州分离株nad4基因部分序列测定与种系发育分析[J].现代农业科技.2019
[5].黄卫东,梁馨月,谢秀凤,王兴民,陈晓胜.基于12S,16S和28SrRNA基因序列的中国小毛瓢虫属系统发育分析[J].昆虫学报.2019
[6].毛启萌,李廷景,付文博,闫振天,陈斌.林氏按蚊线粒体全基因组序列的测定及基于线粒体基因组的按蚊属系统发育分析（英文）[J].昆虫学报.2019
[7].任晓晓,贺兴江,龚雪阳,赵文正,刘意秋.基于COⅠ基因序列的蜜蜂属系统发育分析及其舞蹈和筑巢行为进化分析[J].昆虫学报.2018
[8].郝桂英,王赵伟.羊毛尾线虫凉山州分离株的线粒体cox1和Cytb基因的序列测定及种系发育分析[J].中国兽医学报.2018
[9].刘志娥,王春晖,刘玮琦,汪小凡.基于核基因和叶绿体基因序列的杏属系统发育分析——探讨洪平杏的起源和亲缘关系[J].植物科学学报.2018
[10].李向勇,靳元春,聂瑜,粟玉刚,唐春华.猎豹狮弓蛔虫线粒体cox1基因的序列测定及系统发育分析[J].中国动物检疫.2018