导读:本文包含了染色体物理图谱论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:图谱,染色体,物理,芥菜,原位,油菜,荧光。
染色体物理图谱论文文献综述
李乐,刘芳瑛,陆赢,刘忠松[1]（2019）在《芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析》一文中研究指出以四川黄籽自交系和紫叶芥自交系多次杂交形成的F6代重组自交系(RIL)群体为材料,运用基因分析技术,构建芥菜型油菜遗传图谱。采用锚定BAC的方法,构建重迭群,最终构建了由16个重迭群共计538个BAC组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱,参考芥菜基因组,估计该物理图谱长度为46.26 Mb,与已发表的白菜、甘蓝型油菜和芥菜参考基因组进行比较,发现芥菜型油菜A9染色体均发生了倒位和缺失等结构变异。(本文来源于《湖南农业大学学报(自然科学版)》期刊2019年01期）
李乐[2]（2018）在《芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析》一文中研究指出作为芸薹属叁个异源四倍体之一的芥菜型油菜在世界上有很长的种植历史。芥菜型油菜是由白菜和黑芥杂交产生的,漫长的进化过程中染色体是否发生变异、产生了什么类型的结构变异等还不为人们所知。研究者首先利用开发的各种标记来进行变异分析,后来,随着测序技术的不断完善,人们开始探究对芥菜型油菜进行全基因组测序,期望从序列水平解答进化过程中发生的结构变异。作为芥菜型油菜A基因组最长的一条染色体,A9染色体上有很多控制植株性状的基因。因此,构建芥菜型油菜A9染色体遗传图谱和物理图谱对芥菜型油菜研究和生产具有指导意义。利用不基于参考序列基因型分析的方法开发标记,最终获得一张芥菜型油菜高密度遗传图谱。同时,基于标记定位的BAC进行BAC双末端测序,利用BAC末端序列、白菜基因组、芥菜型油菜GSS序列等设计引物来筛选BAC文库构建芥菜型油菜A9染色体物理图谱。以四川黄籽自交系和紫叶芥进行自交系多次杂交形成的172个RIL单株及2个亲本为材料,利用基因分型技术鉴定大量的SNP位点,开发高密度GBS标记。最终开发的15,543个标记定位在18条染色体上,遗传图总长为1,526.8cM,每条染色体平均有888个标记,平均标记密度为0.751cM。将遗传位置相同的标记划分为一个标记簇(bin),最后得到了2,085个bin。将A9染色体上的GBS标记锚定在白菜和甘蓝型油菜A9染色体参考基因组上进行共线性分析,发现与白菜、甘蓝型油菜A9染色体存在大小不一的结构变异。通过标记锚定BAC的方法来构建重迭群,同时在参考基因组基础上通过BES锚定BAC,最终构建了由16个重迭群共计538个BAC组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱。将BAC末端序列映射到芥菜型油菜参考基因组上,估计该物理图谱长度为46.26Mb。与已发表的白菜、甘蓝型油菜和芥菜参考基因组A9染色体比较,发现芥菜型油菜A9染色体均发生了倒位和缺失等结构变异。(本文来源于《湖南农业大学》期刊2018-06-01）
程彪[3]（2017）在《中华按蚊物理图谱构建及中华按蚊与雷氏按蚊多线染色体比较分析》一文中研究指出中华按蚊(Anophelessinensis)属于双翅目(Diptera)蚊科(Culicidae)按蚊属(Anopheles genus)按蚊亚属(Anopheles subgenus)的赫坎按蚊种团的(Anopheles hyrcanus group)是我国重要的疟疾(malaria)和丝虫病(filariasis)的传播媒介,除青海和新疆之外皆有广泛分布。按蚊高分辨率染色体图谱是鉴定近似种和复合体内小种以及地理株的重要手段,也是构建物理图谱(physicalmap)的前提条件。近年来,中华按蚊全基因组序列的相继发表为其生态习性和传疟能力的研究打下了坚实的基础,但是中华按蚊物理图谱的缺乏严重阻碍了中华按蚊进化分析以及相关的研究。本研究中,通过分析已经发表的中华按蚊全基因组数据,我们选择52个Scaffold来进行物理图谱的构建。根据每个Scaffold首尾两端的特异序列分别设计两个DNA荧光探针进行标记,利用荧光原位杂交技术将其定位到中华按蚊的多线染色体上。本项目总共将104个DNA荧光探针定位到染色体上,构建的中华按蚊物理图谱包含有52个中华按蚊大片段Scaffold的染色体位置,总长度为83.43 Mb,占总组装的全基因组序列(220.8Mb)的38%,其中有48个Scaffold已经确定了方向,其余的Scaffold因为其片段太小而无法确定方向。在3R染色体臂上共定位14个Scaffold是中华按蚊染色体臂中定位最多的一条,而其总基因组长度仅为11.01Mb,是所有染色体臂基因组总长度最短的。2R染色体臂定位Scaffold数量适中,是所有染色体臂中基因组总长度最长的,占中华按蚊总基因组长度的10%。AS2_scf7180000696055是所有Scaffold中最长的,其大小为5,918,260 bp,占总基因组的2.68%,被定位在3L染色体臂的38C-39C之间的区域。这是到目前为止完成的第一幅中华按蚊物理图谱,为中华按蚊的比较基因组学(comparativegenomics)以及染色体进化分析(chromosomeevolution analysis)等研究提供巨大的便利。雷氏按蚊(Anopheleslesteri)也是赫坎按蚊种团的一员,是中华按蚊的近缘种。二者在形态上十分相似,利用传统的鉴定方法很难将两者区分开来。雷氏按蚊同样具有高品质的唾液腺多线染色体,其染色体带纹与中华按蚊的染色体大体相似,但在某些染色体片段上存在显着差异,因此可以用来作为两个物种鉴定的细胞遗传学标志。对两者染色体差异的研究对揭示传疟能力的不同具有重要的研究意义。本研究中,我们构建了一副雷氏按蚊的高分辨多线染色体图谱,并将其与发表的中华按蚊染色体图谱进行了比较分析,并详细描述了染色体带纹的差异,为鉴别雷氏按蚊和中华按蚊提供了一种有效的方法。利用荧光原位杂交技术,将31个保守的中华按蚊和冈比亚按蚊的DNA探针定位在雷氏按蚊的多线染色体上。经过比较发现两种蚊虫的染色体臂具有高度的同源性,即中华按蚊的X、2R、2L、3R、3L染色体臂分别对应雷氏按蚊的X、2R、2L、3R、3L染色体臂。此结果进一步证实了两个蚊种进化上的亲缘关系。本研究构建的雷氏按蚊的高分辨染色体图谱及与中华按蚊染色体的比较分析为两个蚊种的分类鉴定以及传病能力差异等的研究奠定了理论基础。(本文来源于《南京农业大学》期刊2017-06-01）
刘芳瑛,陆赢,王卓,刘显军,胡学芳[4]（2016）在《芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱构建及比较基因组分析》一文中研究指出为获得高精确度的芥菜型油菜A9染色体物理图,本研究利用定位在A9染色体上的标记对芥菜型油菜BAC文库进行叁维混合PCR筛选,共得到阳性BAC 3200个;构建了由16个重迭群、5个单拷贝组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱。根据最小路径原则挑选代表整个物理图的种子BAC 435个,并进行双末端测序,得到质量良好的序列862条;按照BAC平均插入片段为126 kb,可知所有重迭群累积达52.08 M,覆盖A9染色体的1.37倍。利用BLAST软件(按参数值E<1e-10)将种子BAC末端序列比对到白菜和甘蓝型油菜A9染色体假分子上,结果显示该物理图谱分别覆盖了36.4、31.0 Mb的物理距离,相当于全基因组组装长度的93.9%、91.8%;在862条BESs中,分别有702条(81.40%)定位在白菜A9染色体上,646条(74.9%)定位在甘蓝型油菜A9染色体上,表明芥菜型油菜A9染色体同白菜A9染色体同源性高于甘蓝型油菜A9染色体;芥菜型油菜A9染色体同甘蓝型油菜A9染色体,相对白菜A9染色体6413031~7827177、14856710~18458808的位置发生了两处相同的分别长为1.4、3.6 Mb的倒位,白菜和芥菜型油菜A9染色体相对于甘蓝型油菜15676847~16064302的区域存在长为0.98 Mb的插入片段,该区域位于前述的倒位区域,而且与预测但未组装出的甘蓝型油菜着丝粒位置一致。(本文来源于《作物研究》期刊2016年04期）
刘芳瑛[5]（2016）在《芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱的构建及比较基因组分析》一文中研究指出芸薹属叁个种(白菜、芥菜型油菜、甘蓝型油菜)中都含有共同的A基因组,在A基因组的10条染色体中,A9最长。不同的遗传背景下,A9染色体发生哪些结构变化缺乏研究。新一代测序技术产生的白菜和甘蓝型油菜全基因组序列为本研究提供了基础。另外A9染色体携带有控制种子大小、种皮颜色、硫苷合成、油脂合成等重要农艺性状的基因,因此,A9染色体物理图谱的构建不仅具有理论意义,更具实用价值。为获得一张高精确度的芥菜型油菜A9染色体物理图谱,本研究利用定位在白菜或油菜A9染色体上的标记设计引物,作为出发点对BAC文库进行筛选,利用白菜基因组序列、BAC末端序列、芥菜型油菜四川黄籽种皮的非冗余转录本(unigene)序列和芥菜型油菜(Survey)序列设计STS引物对重迭群进行延伸。本试验共设计了引物1728对,共筛出BAC 3200个。构建了由16个重迭群、5个单拷贝组成芥菜型油菜A9染色体物理图谱。根据最小路径原则挑选代表整个物理图的种子BAC 435个,经测序得到质量良好的末端序列862条；按照BAC平均插入片段为126 kb,可知所有重迭群累积达52.08 M,覆盖A9染色体的1.37倍。利用BLAST软件将种子BAC末端序列比对到白菜和甘蓝型油菜A9染色体假分子上,结果显示该物理图谱分别覆盖了36.4 Mb、31.0 Mb的物理距离。芥菜型油菜A9染色体同白菜A9染色体同源性高于甘蓝型油菜A9染色体；芥菜型油菜A9染色体同甘蓝型油菜A9染色体,相对白菜A9染色体发生了两处相同的分别长为1.4 Mb、3.6 Mb的倒位,甘蓝型油菜相对于白菜和芥菜型油菜A9染色体存在长为0.98 Mb的缺失片段,该区域位于前述的倒位区域,而且与预测但未组装出的甘蓝型油菜着丝粒位置一致。(本文来源于《湖南农业大学》期刊2016-06-01）
王乐[6]（2016）在《小麦7DL染色体BAC重迭群物理图谱的构建》一文中研究指出普通小麦是全世界重要的粮食作物之一。作为全球分布范围最广,种植面积最大的粮食作物,小麦的持续增产稳产对保障世界粮食安全具有举足轻重的影响。21世纪,面对粮食需求的日益增长,全球气候的改变等困难,一个完整的,可供育种工作使用的小麦基因组更有助于解决以上困难。然而普通小麦是一个异源六倍体物种,拥有A,B,D叁个亚基因组。基因组大小达到了17个Gb,其中90%的序列为重复序列。这些困难使得利用全基因组测序的方法完成小麦基因组测序和组装变的难以实现。为克服小麦基因组自身多倍体,高重复的特点对全基因测序和组装的影响,国际小麦测序协作组织提出了利用流式细胞仪分离小麦染色体或染色体臂,对每一条染色体或染色体臂采用BACby BAC的方式构建物理图谱,然后测序组装,从而完成整个小麦基因组的测序工作。作为国际小麦测序协作组织成员,首先通过小麦遗传材料分离了普通六倍体小麦7DL染色体臂,并提取大分子DNA构建了的BAC文库,为小麦功能基因图位克隆提供了材料资源。其次对BAC克隆DNA提取的方法进行了比较和改进,建立了普通碱裂解法BAC克隆DNA提取体系。高质量的BAC克隆DNA获得为后续的DNA酶切反应分析奠定了基础。采用SNaPshot-HICF技术对整个小麦7DL臂染色体BAC文库50304个BAC克隆做了指纹印迹分析,其中有43486个BAC克隆产生高质量的指纹印迹可以用于后续的BAC组装。利用FPC组装软件将37361个BAC克隆组装为1614个BAC重迭群,剩余的6125个BAC克隆作为单体。组装的重迭群总长达到了468.4Mb,重迭群N50为348kb,重迭群L50为310。根据重迭群组装结果,利用FPC软件中MTP模块挑选出最短路径(MTP)BAC克隆4457个,为后续的测序提供候选的BAC克隆。重迭群定位采用了一种新的定位策略,根据小麦D组祖先供体粗山羊草(Aegilop tauschii)和小麦D组之前的同源性,以及粗山羊草的物理图谱的信息,采用了BAC克隆指纹印迹比对的方式,对7DL染色体臂重迭群进行了校正和定位,根据BAC克隆指纹印迹的比对,对7DL的BAC重迭群做手工校正后,获得1642个BAC重迭群,重迭群总长度为470.1Mb,重迭群N50为341kb,重迭群L50为374。定位的重迭群的个数为845个,定位总长为318Mb,占总的重迭群总长的67.6%。初步完了物理图谱中重迭群的锚定的工作。本研究完成的小麦7DL染色体臂的物理图谱,为随后的小麦7DL染色体臂的BACby BAC测序提供了可靠的数据和有用的信息。同时为以后普通六倍体小麦全基因组序列图的完成奠定了基础。小麦7DL染色体臂重迭群锚定采用的方法,相对于以前物理图谱重迭群锚定方法更加简洁高效,省去了大量费时费力的实验工作。此策略可以用于整个小麦D组染色体的物理图谱重迭群锚定。同时也适用于利用研究物种已有同源物种的物理图谱信息,锚定该研究物种的物理图谱BAC重迭群。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2016-05-01）
刘冰,刘仁泽,郝梦琪,郭长虹,郭东林[7]（2016）在《小麦染色体物理图谱的发展及应用》一文中研究指出介绍了小麦染色体物理图谱的绘制及发展,并综述了小麦染色体物理图谱的作用,在此基础上对其应用前景进行了展望。(本文来源于《安徽农业科学》期刊2016年03期）
梁江涛[8]（2015）在《中华按蚊高分辨率染色体图谱及物理图谱的构建》一文中研究指出中华按蚊(Anophelessinensis Wiedemann,1828)属于按蚊属(Anophelesgenus)按蚊亚属(Anopheles subgenus)的赫坎按蚊种团(An.hyrcanus group),是我国广大平原地区传播间日疟原虫(Plasmodium vivax)的重要媒介之一,也是马来丝虫病的重要传播载体。在细胞遗传学上,中华按蚊还是研究多线染色体(polytene chromosome)的模式昆虫,高品质的多线染色体多见于幼虫的唾液腺中。前期发表的中华按蚊染色体图谱多被应用于种团内近似种的鉴定以及作为不同地理区域蚊虫生态习性和疟疾传播能力差异相关探讨的遗传基础。但由于发表的染色体图谱分辨率较低,未能体现出种下分类的优势。近年来,随着国内外基因组测序工作的启动,韩国品系和中国品系中华按蚊基因组数据的相继发表,使得中华按蚊物理图谱的构建也显得愈加重要。雷氏按蚊(An.Lesteri Baisas&Hu,1936)是中华按蚊的姊妹近缘种,同属于赫坎按蚊种团,形态上高度相似,而且常在同一区域范围内滋生繁衍,这给传统的形态学分类鉴定带来了困难。虽然雷氏按蚊和中华按蚊形态特征相似,但这两个蚊种在生态习性和疟疾传播能力方面却存在着显着差异。中华按蚊广泛分布于我国除青海和新疆以外的广大地区,而雷氏按蚊则主要局限在中国中部和东南部地区。雷氏按蚊的传疟能力显着高于中华按蚊,凡有雷氏按蚊存在的地区疟疾发病就高,往往造成局部暴发。本研究论文中,我们制作完成了一副中华按蚊高分辨率的唾液腺多线染色体图谱,将其分为39个区、116个亚区。为了促进中华按蚊群体遗传学的研究,我们描述了一个中华按蚊种内多态性倒位3Ra,并通过比较倒位纯合子的染色体带型差异,将倒位位点定位在染色体28A和31A亚区上。为了促进中华按蚊基因组的染色体定位和组装,我们同时利用荧光原位杂交技术,将52个DNA探针定位到中华按蚊的染色体图谱上,初步构建了第一副物理图谱。最后,通过比较分析保守DNA探针在不同染色体上的分布,我们确定了中华按蚊与冈比亚按蚊(An.gambiae)染色体进化关系。研究发现,中华按蚊和冈比亚按蚊间染色体臂2R和3R发生了互换,而其它染色体臂(X、2L和3L)同源性一致。中华按蚊染色体图谱和物理图谱的构建完成将为按蚊系统分类学、群体遗传学、生态遗传学和遗传进化等的研究打下了坚实的基础。为了寻求鉴定中华按蚊和雷氏按蚊有效和必要的细胞遗传学手段,以及阐明两个蚊种间生态习性和疟疾传播能力差异的遗传基础,我们构建了一副雷氏按蚊高分辨率的多线染色体图谱,并根据中华按蚊的染色体图谱,将其划分为相应的39个区和116个亚区。同时利用荧光原位杂交技术,将24个保守的中华按探针定位于雷氏按蚊染色体上。通过对染色体带型和DNA探针在两个蚊种上的位置比较分析发现,中华按蚊和雷氏按蚊染色体带型极为相似,且在进化上各条染色体臂高度同源。另外,我们对雷氏按蚊中发现的两个种内多态性倒位2La和3Ra进行了描述,并将倒位位点确定在染色体图谱上。本研究不但能提供有价值的细胞遗传学鉴定资料,还能为进一步阐明雷氏按蚊和中华按蚊生态习性和传病能力差异的分子机制打下坚实的基础。(本文来源于《南京农业大学》期刊2015-06-01）
崔兴雷[9]（2015）在《草棉1号染色体物理图谱的构建及CCICR转座子家族的发现与分析》一文中研究指出荧光原位杂交是一种利用碱基互补配对原则,可以在染色体、间期细胞核和DNA纤维上进行特定DNA序列精确物理定位的技术。随着该技术的不断改进和完善,如今被广泛地应用在染色体的识别与鉴定、物理图谱的构建、基因定位、基因组亲源性分析等研究上。本实验通过荧光原位杂交技术构建了草棉1号染色体的物理图谱,同时发现了棉属特有的转座子CCICR。CCICR是一个转座子家族(family),属于Ty3-Gypsy超家族(super-family),在棉属A基因组棉种的全序列中占36.2%,在D基因组棉种整个序列中所占的比例几乎为零。这些结果对构建草棉1号染色体图谱以及棉属的进化研究有重要的作用。主要内容如下:1.从5张棉花遗传图谱中的1号染色体上选择了16个SSR分子标记,用其筛选海岛棉Pima 90-53 BAC文库,得到了47个阳性BAC克隆。用这些阳性克隆作探针,草棉的有丝分裂中期染色体为靶DNA,经过荧光原位杂交,从中鉴定出有清晰荧光杂交信号的BAC克隆10个。通过测量杂交信号在多个伸展较好的染色体上的相对距离,确定了每个BAC克隆在草棉1号染色体上的位置,构建了草棉1号染色体含有10个对应SSR分子标记的物理图谱。2.把构建的草棉1号染色体物理图谱与5个棉花1号染色体的遗传连锁图谱进行了比较分析。发现大部分共有分子标记的顺序在两类图谱中是相同的,其中3个分子标记在顺序上有差别,表示草棉在进化过程中1号染色体可能发生了局部的倒位易位。3.通过引入RMP(Relative Map Position)单位,对草棉1号染色体物理图谱与4个棉花1号染色体的遗传连锁图谱上共有分子标记的位置关系进行了比较。发现大部分分子标记的位置信息在不同图谱中是有差异的。原因可能是遗传图谱的构建是由交换率得出的,而染色体不同位置的交换率是不同的,因此分子标记在遗传图谱中的位置可能不是其在染色体上的真实位置。4.分别用所构建的草棉1号染色体物理图谱中的BAC克隆作探针,对D基因组的雷蒙德氏棉有丝分裂中期染色体进行荧光原位杂交。发现其中的两个BAC克隆305A19和216B15在雷蒙德氏棉1号染色体上显示出清晰的荧光杂交信号。这两个BAC克隆对应的分子标记NAU2015和NAU4891是首次被定位到D501染色体上。这两个分子标记在D501染色体上的定位,为该染色体图谱的加密以及该染色体上重要基因的图位克隆奠定了基础。5.BAC克隆305A19和216B15被成功定位到异源四倍体棉种陆地棉A和D两个亚组的一号染色体上(Ah01和Dh01),两者在染色体上的位置并得到了确定。这两个BAC克隆在D501和Dh01染色体上的位置几乎相同,在A101和Ah01染色体上的位置也几乎相同,表明染色体D501和Dh01、A101和Ah01的同源性可能很高。另外,通过大量观察染色体伸展较好的细胞,进一步确定了四个染色体(A101、D501、Ah01和Dh01)着丝粒的位置。着丝粒是染色体上的重要组成部分,着丝粒位置的确定对了解着丝粒的结构和染色体的组成有重要的意义。6.在构建草棉1号染色体物理图谱的过程中,鉴定出一个棉属特有的转座子家族,我们命名为CCICR(Chinese Central Institute of Cotton Research,意即“中国棉花研究所”)。该转座子家族是Ty3-Gypsy超家族(super family)的一个家族(family),在棉花A基因组棉种的全序列中占的比例为36.2%,在D基因组棉种整个序列中占的比例几乎为零。该转座子家族在A基因组中大约为800M,占A基因组和D基因组大小差异的70%,表明该转座子家族是造成棉花A基因组和D基因组大小差异的主要原因。7.通过荧光原位杂交鉴定,CCICR家族成员仅在A(亚)组基因组和B组基因组中有分布,重复次数巨大,在C、D、E、F和G等其它二倍体组棉种基因组中无分布(因K组棉种材料稀少,未验证)。该转座子诞生并扩增于3.5-4百万年以前,活跃于2-3百万年前,沉默于1-1.5百万年前。结合上述在棉属不同基因组棉种上的分布情况,我们推测:A基因组棉种与B基因组棉种的亲缘关系最近,两者的分化时间应该晚于2-3百万年前;E基因组和F基因组棉种与A基因组棉种的分化时间应该早于3.5-4百万年前;该转座子家族在D亚组上的缺失可能表明,新世界的异源四倍体棉种应该形成于该转座子家族沉默后,即1-1.5百万年前以后。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2015-06-01）
赵雪雅[10]（2015）在《黄鳝基因组物理图谱的构建及染色体范围内的基因表达分析》一文中研究指出黄鳝是一种具有重要经济价值的淡水鱼,在其生命过程中经历天然性逆转,即幼年黄鳝多为雌性,经过排卵后转变为间性,进而分化为雄性。这种特殊的性别分化模式为我们提供了研究脊椎动物性别发育的宝贵材料。黄鳝基因组核型为2n=24,是硬骨鱼中染色体数目最少的物种,因此,黄鳝在脊椎动物全基因组进化的过程中具有重要的地位。在黄鳝全基因组测序草图完成的基础上,本研究利用荧光原位杂交技术,对基因组草图序列进行了全基因组范围的拼装,构建了全基因组精细物理图谱,进一步利用黄鳝性腺转录组数据寻找到性别发育相关基因的染色体分布模式,取得的主要结果如下：1.利用双色和叁色荧光原位杂交技术,以黄鳝基因组BAC克隆和PCR合成片段作为探针,确定了186个Scaffolds在染色体上的位置,完成了草图中550Mb序列的拼装和定位,约占测序序列的80%。确定了12条连锁群,对应12条染色体,并按照拼装长度从大到小的顺序,定名为黄鳝1到12号染色体,长度依次为75.9 Mb、65.1Mb、51.6 Mb、51.2 Mb、50.1Mb、48.1Mb、42.4 Mb、42.0 Mb、41.9 Mb、35.0 Mb、29.3 Mb、22.8 Mb。整合测序信息,总共定位了18,660个编码基因,每条染色体上的基因数与染色体长度正相关。2.采用RNA-seq对叁种性腺组织转录组进行了测序,对差异表达基因的分析表明,在性逆转过程中,基因表达发生了大范围变化,总体表达基因数和表达量呈现上升的趋势。对性逆转过程的两个发育时期,即雌性到间性和间性到雄性发育阶段,表达上调基因和下调基因分别进行了染色体间的对比分析,没有发现某一条染色体的表达在性腺的转变过程中占有主要作用。进一步分析差异表达基因在染色体不同区域的分布情况,发现其在不同染色体区段中所占总基因的比例不同,形成不同程度的聚集区域。对这些聚集区域的差异表达基因进行GO分类富集分析,基因功能显着富集在信号传导、组织细胞的发育分化以及物质代谢等过程中,提示了这些聚集区的差异基因可能参与了性别转化。黄鳝全基因组精细物理图谱的构建,对于从DNA水平和染色体水平研究黄鳝性逆转机制,以及研究脊椎动物的全基因组进化过程具有重要意义。黄鳝性别发育相关基因的染色体分布模式,为脊椎动物性染色体的进化及性逆转机制的研究提供了重要的参考。(本文来源于《武汉大学》期刊2015-04-01）
染色体物理图谱论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
作为芸薹属叁个异源四倍体之一的芥菜型油菜在世界上有很长的种植历史。芥菜型油菜是由白菜和黑芥杂交产生的,漫长的进化过程中染色体是否发生变异、产生了什么类型的结构变异等还不为人们所知。研究者首先利用开发的各种标记来进行变异分析,后来,随着测序技术的不断完善,人们开始探究对芥菜型油菜进行全基因组测序,期望从序列水平解答进化过程中发生的结构变异。作为芥菜型油菜A基因组最长的一条染色体,A9染色体上有很多控制植株性状的基因。因此,构建芥菜型油菜A9染色体遗传图谱和物理图谱对芥菜型油菜研究和生产具有指导意义。利用不基于参考序列基因型分析的方法开发标记,最终获得一张芥菜型油菜高密度遗传图谱。同时,基于标记定位的BAC进行BAC双末端测序,利用BAC末端序列、白菜基因组、芥菜型油菜GSS序列等设计引物来筛选BAC文库构建芥菜型油菜A9染色体物理图谱。以四川黄籽自交系和紫叶芥进行自交系多次杂交形成的172个RIL单株及2个亲本为材料,利用基因分型技术鉴定大量的SNP位点,开发高密度GBS标记。最终开发的15,543个标记定位在18条染色体上,遗传图总长为1,526.8cM,每条染色体平均有888个标记,平均标记密度为0.751cM。将遗传位置相同的标记划分为一个标记簇(bin),最后得到了2,085个bin。将A9染色体上的GBS标记锚定在白菜和甘蓝型油菜A9染色体参考基因组上进行共线性分析,发现与白菜、甘蓝型油菜A9染色体存在大小不一的结构变异。通过标记锚定BAC的方法来构建重迭群,同时在参考基因组基础上通过BES锚定BAC,最终构建了由16个重迭群共计538个BAC组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱。将BAC末端序列映射到芥菜型油菜参考基因组上,估计该物理图谱长度为46.26Mb。与已发表的白菜、甘蓝型油菜和芥菜参考基因组A9染色体比较,发现芥菜型油菜A9染色体均发生了倒位和缺失等结构变异。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
染色体物理图谱论文参考文献
[1].李乐,刘芳瑛,陆赢,刘忠松.芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析[J].湖南农业大学学报(自然科学版).2019
[2].李乐.芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析[D].湖南农业大学.2018
[3].程彪.中华按蚊物理图谱构建及中华按蚊与雷氏按蚊多线染色体比较分析[D].南京农业大学.2017
[4].刘芳瑛,陆赢,王卓,刘显军,胡学芳.芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱构建及比较基因组分析[J].作物研究.2016
[5].刘芳瑛.芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱的构建及比较基因组分析[D].湖南农业大学.2016
[6].王乐.小麦7DL染色体BAC重迭群物理图谱的构建[D].西北农林科技大学.2016
[7].刘冰,刘仁泽,郝梦琪,郭长虹,郭东林.小麦染色体物理图谱的发展及应用[J].安徽农业科学.2016
[8].梁江涛.中华按蚊高分辨率染色体图谱及物理图谱的构建[D].南京农业大学.2015
[9].崔兴雷.草棉1号染色体物理图谱的构建及CCICR转座子家族的发现与分析[D].中国农业科学院.2015
[10].赵雪雅.黄鳝基因组物理图谱的构建及染色体范围内的基因表达分析[D].武汉大学.2015
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