基于多重PCR靶向二代测序的近交系小鼠遗传质量监测方法建立

论文摘要

目的建立基于多重PCR靶向二代测序的小鼠遗传质量监测方案。方法从小鼠单核苷酸多态性(SNP)数据库筛选出相对均匀分布在20条染色体上的112个SNP位点,然后对SNP位点附近片段进行多重PCR扩增,建库后进行Illumina高通量测序,对原始测序数据进行生物信息学分析获得SNP信息。结果测序结果显示,多重PCR的扩增子均一性好,各片段成功率高达90%以上,特异性高,高深度测序条件下, SNP位点的等位基因比例趋近于1或0,符合纯合子条件;分析4批近交系小鼠样本,表明SNP位点成功鉴定的比例分别为99.82%, 92.00%, 99.10%和90.35%,且所有小鼠品系个体的SNP位点均为纯合,并被成功确定为目标品系;品系间两两比较,最大差异数为73个,最小差异数为3个,差异位点平均数为53个,差异中位数为60个,显示出本方案对常见近交系小鼠品系分辨率较高。结论多重PCR靶向二代测序方案的SNP分型方案是一种准确、快速、高效的基因分型方案,可用于遗传质量检测和品系鉴定。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 实验动物
•   1.2 主要仪器和试剂
•   1.3 SNP位点筛选
•   1.4 小鼠全基因组DNA抽提
•   1.5 引物设计
•   1.6 多重PCR建库
•   1.7 测序数据分析和SNP鉴定
• 2 结果
•   2.1 扩增子均一性
•   2.2 Hi-SNP特异性
•   2.3 遗传质量检测的有效性
•   2.4 SNP位点在品系间的的差异分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 钱强,徐园,王亚恒,周宇荀,肖君华,韩琳,鲍世民,李凯

关键词: 多重,单核苷酸多态性,近交系小鼠,靶向二代测序,遗传质量监测

来源: 实验动物与比较医学 2019年02期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 东华大学化学化工与生物工程学院,上海市第十人民医院,中国科学院上海生命科学院

基金: 上海市创新行动计划课题(编号:17140903100)

分类号: Q95-33

页码: 111-117

总页数: 7

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