导读:本文包含了基因置换论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,基因组,克鲁,大肠杆菌,内切,柑橘,酵母。
基因置换论文文献综述
袁嘉庆[1]（2019）在《柑橘古多倍体基因组形成及基因置换研究》一文中研究指出柑橘植物因果实富含营养而具有重要经济价值。多个柑橘植物全基因组测序相继的完成,同时,柑橘所属的芸香科中的近源植物酒饼勒基因组也完成了测序,丰富的基因组数据为柑橘植物乃至整个芸香科植物提供了研究机会。本课题通过对多个基因组比对分析,鉴定柑橘基因组中存在的由多倍化产生的重复基因,以及不同物种之间的直系同源关系,构建了多个柑橘植物基因组与多倍化和物种分化相关联的同源共线性基因列表,为柑橘植物基因组进化和基因功能演化提供了重要的比较基因组学数据资源;通过与外类群葡萄保留的同源染色体区域进行比较,发现柑橘基因组在多倍化之后同源染色体间的同源共线性遭到了严重破坏,这种破坏可能是由于大量的基因丢失和转位造成。研究中,对于柑橘植物基因保留的统计发现,组装较好的叁个柑橘植物的基因保留率达65%~82%,比其他真双子叶植物中保留更高;发现柑橘中的重复基因丢失属于随机发生的进化事件,并且共线性区域基因连续丢失的长度近似服从几何分布。课题推断了柑橘植物基因组发生加倍的时间,并对各个柑橘植物的进化时间进行了校正,发现甜橙在所研究的柑橘植物中进化速率最快。同时,推断出了各个物种之间的分化时间节点,葡萄同柑橘植物分化的时间约在81~91个百万年前(mya),其中柑橘植物间的分化时间是在10个百万年前。同时,课题通过鉴定与柑橘植物中维生素C(VC)合成相关的基因家族,发现同ECH事件相关联的基因约占柑橘植物中VC合成相关基因的一半。最后,课题构建了葡萄同柑橘各植物之间的同源基因“四联子”模型,对于柑橘植物基因组内的基因置换进行了探索,发现了柑橘中存在少量的基因置换,基因置换发生的位置大多偏向于染色体末端,且GC含量较其他基因无显着差异。本研究对理解柑橘乃至芸香科植物的进化以及基因功能的创新提供了重要的比较基因组学的基础。图19幅;表9个;参52篇。(本文来源于《华北理工大学》期刊2019-05-23）
杨静芬,乔战龙,魏志伟,刘涛[2]（2018）在《基因置换发展研究综述》一文中研究指出基因置换,又称基因替代作用,它指的是遗传信息单向的从一个序列向其同源序列传递的过程。近年来,人们对遗传重组的发生机制、功能及影响有了新的认识,尤其是发现"重组"造成的基因置换远超过以前认识。与遗传重组不同,基因置换有可能改变等位基因频率,搅乱等位基因的组合,降低连锁不平衡的程度,影响核苷酸多样性的即时效应和长期的效应。这些发现有助于去理解基因置换的机制,去探索基因置换对物种进化及遗传多样性更深远的影响,如基因置换对染色体基因结构和功能有哪些影响及基因置换对更深层次的生物进化起什么样的作用等。本文对基因置换进行了综合论述,重点介绍了基因置换的当前发展趋势,并以基因四联子为模型,总结了基因置换事件的推断,并对基因置换的研究前景进行了讨论。(本文来源于《生物信息学》期刊2018年03期）
郑昌林[3]（2016）在《花生基因组中重复基因间基因置换的比较分析》一文中研究指出花生是主要的油料和经济作物,由于其重要的经济价值,因此深入研究花生基因组结构进化与演变,具有重要的科研价值和经济意义。花生两个二倍体祖先野生种(A.duranensis和A.ipaensis)的基因测序工作完成,为花生重复基因间基因置换研究提供了基因组数据材料。课题研究以重要豆科模式植物苜蓿为外类群,对花生的两个祖先物种进行了系统的全基因组比较分析,基于同源染色体片段的基因同源共线性,统计推断了花生基因组内由多倍化事件所产生重复基因的规模,其中苜蓿12.2%(7286),花生A14.4%(5167),花生B 12.5%(5202);同时研究中对基因组间的同源关系进行了细致的相似性结构分析,构建了以苜蓿为参考,与多倍化相关的多次级基因比对列表。研究发现,加倍后物种基因内重复基因丢失是一个随机的过程,近似服从几何分布。突出地,课题研究中结合系统发育和非参数bootstrap方法建立了推断重复基因置换算法,并利用Perl、Bioperl语言集成Clustalw和PAML,实现了物种全基因组重复基因间的基因置换推断。推断结果显示,花生A基因组中有2.8%(135个),花生B基因组中有2.6%(147个)重复基因在进化过程中发生了基因置换。统计分析发现,靠近染色体端粒位置的重复基因对间更容易发生基因置换;基因置换可能更偏向于某些功能基因。课题中所建立的方法和流程能够使用于对其它物种基因组多倍化过程,及同源染色体片段间的遗传重组的探索研究,具有良好的推广性;研究产生的结果对花生基因组相关领域研究具有理论支撑作用。(本文来源于《华北理工大学》期刊2016-11-30）
龚英,黄乙涓,刘泽龙,成凉,彭晋[4]（2015）在《Dual-RMCE介导的T细胞受体基因置换系统的建立》一文中研究指出抗肿瘤T细胞受体(T cell receptor,TCR)基因治疗在临床上已获得了巨大进展,但仍然存在一些技术瓶颈。例如,内外源性TCR链随机组合形成自身反应性TCR分子、外源基因随机插入导致抑癌基因灭活等。为解决这些问题,作者提出建立低/单拷贝TCR基因置换技术:即结合逆转录病毒和重组酶介导的盒式交换(recombinase mediated cassette exchange,RMCE)技术,实现TCR基因定点置换以构建TCR稳定表达系统。首先,通过逆转录病毒转导在16.113和Jurkat76细胞引入了含有lox P和FRT位点的EGFP(enhanced green fl uorescent protein)基因;然后,利用RMCE方法将EGFP置换成MAGE-A1的TCRαβ基因,置换效率高达5%。在Jurkat76细胞表面检测到了TCR和CD3分子,并能与MAGE-A1特异性HLA-A2多聚体结合。预计利用这一TCR基因置换系统结合干细胞技术可快速产生抗原特异性的T细胞,为TCR-T细胞治疗的安全应用提供一个新策略。(本文来源于《中国细胞生物学学报》期刊2015年11期）
王金朋,聂林曼,王振怡,马雪莲,张琼[5]（2014）在《谷子、玉米重复基因间基因置换的系统发育分析》一文中研究指出以谷子和玉米为研究对象,利用系统发育分析和比较基因组学推断了重复基因间可能的基因置换,旨在对其基因组中由全基因组加倍产生的重复基因的相互作用机制进行研究。结果表明,谷子中有192对(18.9%)、玉米中有121对(11.9%)的重复基因在其进化过程中发生了基因置换,且重复基因对之间的置换常常是以部分基因置换为主,谷子发生置换的基因对中有88.4%、玉米中有76.5%是部分基因置换;基于动态规划和系统发育相结合的方法,确定了谷子、玉米多个重复基因对间发生过不止1个片段的基因置换;对基因置换与重复基因在染色体上物理位置的相关性分析发现,基因置换与基因在染色体上的位置显着相关,对不同染色体区域重复基因发生置换的频率进行统计分析表明,靠近染色体末端的重复基因对更易发生置换。(本文来源于《河南农业科学》期刊2014年12期）
洪玉[6]（2014）在《利用随机整合和基因置换策略在瑞氏木霉中异源表达栓菌漆酶的研究》一文中研究指出漆酶(laccase)是一类能够氧化酚类和芳香胺底物的多铜氧化酶,可用于纸浆脱木素、废水处理及生物传感器等,在工业和生物技术领域应用广泛。栓菌Trametes sp. AH28-2是白腐真菌的一种,能分泌laccase A (LacA)、LacB、LacC叁种漆酶同工酶,其中LacA为主要酶组分,在降解稻草秸杆的木质素成分、降低制浆废水处理耗氧量方面效果十分明显。LacA编码基因被克隆后,在毕赤酵母(Pichia pastoris)和瑞氏木霉(Trichoderma reesei}中均已实现表达。但是,毕赤酵母所分泌重组漆酶的热稳定性较差,最适催化pH降低,pH耐受性范围缩小,而瑞氏木霉所分泌的重组漆酶的酶学特性更接近其原始菌株Trametes sp.AH28-2。瑞氏木霉能够大量分泌纤维素酶,是目前研究纤维素降解的重要模式真菌。因为具有强大的蛋白分泌能力和真核生物的蛋白加工修饰特点,瑞氏木霉也是极具潜力的异源蛋白表达真核宿主。瑞氏木霉纤维二糖水解酶CBHI (Cel7a)可占总蛋白分泌量的60%左右,而且该编码基因cbh1为单拷贝,所以cbh1启动子Pcbh1是异源蛋白表达时常采用的强启动子。另外,鉴于真核生物染色体的转录具有位置效应,cbh1基因位点也可能是潜在的高效基因转录表达的位点。因此,本研究一方面采用cbh1基因强启动子Pcbh1控制下的LacA编码基因(lacA)直接随机整合入瑞氏木霉染色体中进行异源表达；另一方面,利用cbh1基因位点作为靶位点将lacA基因整合入染色体来研究LacA的异源表达情况。本研究利用上述两种表达策略探索了瑞氏木霉高效表达异源漆酶的潜力,同时,也分析了非折迭蛋白响应及内质网相关蛋白降解途径的诱发情况。第一部分工作利用随机插入策略表达异源漆酶研究。首先,采用Double-jointPCR及分子克隆技术构建了Pcbh1控制的lacA基因表达载体pCGTLacA。该载体包括瑞氏木霉Vcbh1为启动子控制的含有cbh1信号肽序列的lacA表达盒(Pcbh1-lacA)、乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶基因表达盒(pyrG,作为筛选标记)以及瑞氏木霉cbh1基因下游序列(Tcbh1)。以pCGTLacA为模板,PCR扩增lacA表达盒和pyrG表达盒片段Pcbh1-lacA-pyrG用于随机整合,片段纯化后转化瑞氏木霉原生质体,在无尿嘧啶平板中筛选转化子126株,通过ABTS平板显色法直接筛选表达漆酶菌株,然后进行PCR分析及Southern blot等分子水平的验证,最终确认7株分别含有lacA基因1或2个拷贝数的重组菌株。采用多种培养基进行发酵条件优化,但菌株生长状况一直不佳,胞外蛋白分泌量较低,且未检测到漆酶活力。为了深入分析异源漆酶LacA基因的转录和表达分泌情况,随后利用菌体转接诱导方法检测了Tulac118转化子在乳糖诱导条件下的漆酶基因lacA表达水平,以及非折迭蛋白压力响应(UPR)和内质网相关降解途径(ERAD)相关因子的表达水平。结果显示Tulac118中lacA基因成功转录,并在12h时表达量最高；UPR相关因子分子伴侣bip1略有上调但明显低于DTT处理菌株,然而ERAD相关因子上调程度十分明显,其中,识别错误折迭蛋白底物的泛素化连接酶E3编码基因hrd1在诱导8h时上调幅度为DTT处理的菌株的5.46倍。这说明在液体发酵条件下,Tulac118菌株中异源漆酶LacA在折迭和分泌过程中遇到了障碍,这可能是本实验条件下漆酶LacA没有分泌到胞外的原因。第二部分工作利用基因定位置换策略表达异源漆酶。以pCGTLacA为模板扩增可以置换cbhl基因位点的含有lacA表达盒的片段Pcbhl-lacA-pyrG-Tcbh1。该片段中Pcbhl既是lacA基因表达的启动子元件,又与Tcbhl共同作为置换瑞氏木霉cbh1基因位点的上游和下游同源臂。将该片段转化瑞氏木霉原生质体,在无尿嘧啶平板上筛选转化子,然后进行PCR验证、平板显色鉴定,筛选到实现cbh1位点被lacA定点整合的目的菌株TLac3。利用菌体转接诱导方法检测了TLac3菌株lacA基因表达情况。与对照菌株cbh1基因表达水平相比,lacA基因的诱导约晚10h,但其最高表达量与cbh1相当。同时,在TLac3菌株中检测到UPR相关因子bip1和pdi1转录大幅上调,且在诱导9h时均高于DTT处理菌株；ERAD相关因子也明显上调,但与DTT处理菌株相当。这说明,TLac3菌株中异源LacA的表达诱发了显着的UPR响应,并在一定程度上激活了ERAD途径,但ERAD上调程度不如TuLac118显着。在随后的发酵培养中,成功检测到漆酶活力,最高活力为168.32U/L。重组漆酶最适催化温度35℃,最适催化pH为4.0,pH耐受范围为2.4-8.0。上述结果显示,lacA基因通过置换cbh1基因位点成功表达,重组蛋白分泌到胞外,酶学性质稳定。(本文来源于《山东大学》期刊2014-05-18）
李杰,曹宇婷,徐欣,张旭,李璐[7]（2013）在《脆壁克鲁维酵母基因置换技术的建立》一文中研究指出以中性乳糖酶生产菌脆壁克鲁维酵母为材料,构建以kan基因为筛选标记、以脆壁克鲁维酵母乳糖酶基因上游调控区为同源臂的质粒pPkan。将质粒pPkan电击转化脆壁克鲁维酵母,对受体菌生长时期、电场强度、电击后培养时间等条件进行优化。结果表明,以OD600为0.8的脆壁克鲁维酵母为受体、电压1.5 kV、电场强度为7.5 kV.cm-1、电击后培养时间为90 min,可获得较高的转化率,最高转化效率为2.37×102转化子.μgDNA。在电击转化的同时加入限制性内切酶10μL,对电击转化的转化率无显着影响。经PCR筛选证实87.5%的转化子为同源重组,从而建立一套有效的脆壁克鲁维酵母基因置换技术。(本文来源于《东北农业大学学报》期刊2013年02期）
郑小平,丁信伟,冯恩民,唐碧玉[8]（2011）在《一种基于基因置换技术的优化算法及其收敛性》一文中研究指出针对实际工程应用中的定精度优化问题,基于基因置换育种技术提出一种局部优化算法。该算法以二进制编码个体作为育种目标,采用基因置换技术完成目标个体进化而实现精确局部搜索。通过对算法的收敛特性进行分析证明,获得优化计算代价的理论上限和经验估计,建立实现定精度优化的算法参数与计算代价的关系。实验结果表明,该算法能够在预定的计算代价内比较可靠地实现局部定精度优化,对函数性状和变量形式无特殊要求,是一种简单有效的通用函数优化方法。(本文来源于《广西大学学报(自然科学版)》期刊2011年06期）
黎刚,曹明媚,王文博,任浩,戚中田[9]（2010）在《丙型肝炎病毒核心基因置换对病毒复制和感染影响的初步研究》一文中研究指出本文旨在探讨丙型肝炎病毒(HCV)核心(core)蛋白在病毒复制和感染中的作用,采取基因置换的方法,用HCV1b型J4株的核心基因平行置换2a型J6JFH1株的核心区,构建了FL-J6JFH/J4core嵌合复制子。体外制备RNA转录体,以脂质体介导转染Huh7.5.1肝癌细胞。转染后第5天,用荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测细胞内HCVRNA水平。第8天,以丙型肝炎患者血清为一抗,免疫荧光法(IFA)检测转染细胞内HCV蛋白表达。同时收集转染后第8天的细胞上清液,感染naveHuh7.5.1肝癌细胞,72h后IFA检测HCV蛋白表达。结果显示,FL-J6JFH/J4core转染组第5天细胞内RNA水平与野生型FL-J6JFH1接近,无显着差异(n=4,P>0.05)。免疫荧光检测显示,FL-J6JFH/J4core转染细胞后第8天及其上清液感染的naveHuh7.5.1细胞的HCV阳性细胞数都低于野生型。本研究结果初步表明,HCV各株间核心基因的替换会影响HCV的蛋白翻译和感染性病毒颗粒的产生与释放。(本文来源于《微生物与感染》期刊2010年03期）
沈林,方宏清,戴红梅,李树龙,周长林[10]（2009）在《通过一种新方法使T7基因Ⅰ置换araBAD基因簇》一文中研究指出目的:用T7RNA聚合酶基因T7基因Ⅰ置换大肠杆菌基因组中的araBAD基因簇。方法:通过分析大肠杆菌基因组中araBAD基因序列,设计两侧同源臂,构建高拷贝数的打靶质粒,并且在这个质粒上的打靶片段两侧各加上一个归巢内切酶位点;将辅助质粒和打靶质粒同时转化到宿主体内,在L-阿拉伯糖的诱导下表达归巢内切酶和Red重组酶,实现体内重组,使T7基因I置换araBAD基因簇。结果:在4株不同的大肠杆菌中用T7基因I置换了araBAD基因簇。结论:成功地将T7基因Ⅰ整合到araBAD基因位置,为构建PAra-PT7表达系统奠定了基础。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2009年05期）
基因置换论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
基因置换,又称基因替代作用,它指的是遗传信息单向的从一个序列向其同源序列传递的过程。近年来,人们对遗传重组的发生机制、功能及影响有了新的认识,尤其是发现"重组"造成的基因置换远超过以前认识。与遗传重组不同,基因置换有可能改变等位基因频率,搅乱等位基因的组合,降低连锁不平衡的程度,影响核苷酸多样性的即时效应和长期的效应。这些发现有助于去理解基因置换的机制,去探索基因置换对物种进化及遗传多样性更深远的影响,如基因置换对染色体基因结构和功能有哪些影响及基因置换对更深层次的生物进化起什么样的作用等。本文对基因置换进行了综合论述,重点介绍了基因置换的当前发展趋势,并以基因四联子为模型,总结了基因置换事件的推断,并对基因置换的研究前景进行了讨论。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因置换论文参考文献
[1].袁嘉庆.柑橘古多倍体基因组形成及基因置换研究[D].华北理工大学.2019
[2].杨静芬,乔战龙,魏志伟,刘涛.基因置换发展研究综述[J].生物信息学.2018
[3].郑昌林.花生基因组中重复基因间基因置换的比较分析[D].华北理工大学.2016
[4].龚英,黄乙涓,刘泽龙,成凉,彭晋.Dual-RMCE介导的T细胞受体基因置换系统的建立[J].中国细胞生物学学报.2015
[5].王金朋,聂林曼,王振怡,马雪莲,张琼.谷子、玉米重复基因间基因置换的系统发育分析[J].河南农业科学.2014
[6].洪玉.利用随机整合和基因置换策略在瑞氏木霉中异源表达栓菌漆酶的研究[D].山东大学.2014
[7].李杰,曹宇婷,徐欣,张旭,李璐.脆壁克鲁维酵母基因置换技术的建立[J].东北农业大学学报.2013
[8].郑小平,丁信伟,冯恩民,唐碧玉.一种基于基因置换技术的优化算法及其收敛性[J].广西大学学报(自然科学版).2011
[9].黎刚,曹明媚,王文博,任浩,戚中田.丙型肝炎病毒核心基因置换对病毒复制和感染影响的初步研究[J].微生物与感染.2010
[10].沈林,方宏清,戴红梅,李树龙,周长林.通过一种新方法使T7基因Ⅰ置换araBAD基因簇[J].生物技术通讯.2009
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