乳杆菌属（Lactobacillus）内13个新种的分类

论文摘要

东北酸菜是我国传统的发酵制品,主要分布在我国东北地区,酿造和食用历史悠久,以自酿酸菜为采集菌种的来源。西藏地区的自然发酵酸奶已经有几千年的历史,具有独特的营养价值,它们中都蕴藏着丰富的乳酸菌资源。本研究的目的是通过多相分类手段对从东北酸菜中分离得到的12个潜在乳酸菌新种和从西藏酸奶中分离得到的1个潜在乳酸菌新种进行鉴定,确定它们的分类学地位。采用多相方法进行鉴定,包括16S rRNA基因序列分析,phe S基因序列分析,rpo A基因序列分析,DNA G+C mol%测定,平均核苷酸一致性分析（ANI）,脂肪酸甲酯（FAME）分析和表型特征分析。菌株54-2T与Lactobacillus composti、Lactobacillus floricola、Lactobacillus selangorensis、Lactobacillus perolens、Lactobacillus harbinensis和Lactobacillus shenzhenensis处于一个系统发育分支,16S rRNA基因序列相似性在90.4-96.5%之间;phe S基因序列相似性在56.7-74.6%之间;rpo A基因序列相似性在57.2-81.6%之间;ANI计算结果分别在66.26-72.50%之间。菌株54-5T、143-6T、247-4T、17-4T和143-1T与Lactobacillus dextrinicus和Lactobacillus concavus处于一个系统发育分支,16S rRNA基因序列相似性为94.9-99.9%;phe S基因序列相似性在70.1-83.1%之间;rpo A基因序列相似性在81.0-98.3%之间;ANI计算结果在70.34-81.73%之间。菌株33-7T、116-2T、184-8T、204-8T、8-1（1）T,256-3T和M1575T与Lactobacillus tucceti、Lactobacillus nodensis、Lactobacillus insicii、Lactobacillus allii、Lactobacillus metriopterae、Lactobacillus terrae、Lactobacillus versmoldensis和Lactobacillus furfuricola处于一个系统发育分支,16S rRNA基因序列相似性在95.6-100%之间;phe S基因序列相似性在73.1-91.6%之间;rpo A基因序列相似性在78.9-98.2%之间;ANI计算结果在70.97-89.40%之间。菌株54-2T、54-5T、143-6T、247-4T、17-4T、143-1T、33-7T、116-2T、184-8T、204-8T、8-1（1）T、256-3T和M1575T的DNA G+C mol%分别为39.96%、40.41%、42.48%、49.01%、41.47%、40.81%、35.56%、36.16%、34.57%、36.52%、36.71%、36.62%、39.36%。菌株54-2T、54-5T、143-6T、17-4T和33-7T的主要脂肪酸为C16:0和C18:1ω9c,菌株247-4T、143-1T、116-2T、8-1（1）T和M1575T的主要脂肪酸C16:0,C18:1ω9c和C18:1ω6c/C18:1ω7c,菌株184-8T、204-8T和256-3T的主要脂肪酸为C16:0、C18:1ω9c、C19:1ω6c/C19:0 cycloω10c和C18:1ω6c/C18:1ω7c。本研究采用多项分类方法对13个乳酸菌新种进行鉴定,确定他们的分类学地位,并对13个乳酸菌新种进行命名,命名如下54-2T（Lactobacillus yilanensis sp.nov.）、54-5T（Lactobacillus bayanensis sp.nov.）、143-6T（Lactobacillus mulanensis sp.nov.）、247-4T（Lactobacillus achengensis sp.nov.）、17-4T（Lactobacillus wuchangensis sp.nov.）、143-1T（Lactobacillus gannanensis sp.nov.）、33-7T（Lactobacillus keshanensis sp.nov.）、116-2T（Lactobacillus kedongensis sp.nov.）、184-8T（Lactobacillus baiquanensis sp.nov.）、204-8T（Lactobacillus jidongensis sp.nov.）、8-1（1）T（Lactobacillus hulinensis sp.nov.）、256-3T（Lactobacillus mishanensis sp.nov.）、M1575T（Lactobacillus zhongbaensis sp.nov.）。

论文目录

• 摘要
• 英文摘要
• 1 前言
•   1.1 乳酸菌简介
•   1.2 乳酸菌在食品工业的应用
•   1.3 乳杆菌属分类系统
•   1.4 乳酸菌新种的鉴定方法
•     1.4.1 遗传方法
•     1.4.2 化学分类鉴定
•     1.4.3 基于表型特征的分类方法
•   1.5 研究的目的与意义
• 2 实验材料
•   2.1 实验材料
•     2.1.1 样品采集
•   2.2 试剂与仪器
•     2.2.1 试剂
•     2.2.2 仪器
•   2.3 主要培养基和试剂的配制方法
•     2.3.1 基础培养基的配制
•     2.3.2 生理生化实验培养基的配制
•     2.3.3 缓冲液配制
• 3 实验方法
•   3.1 菌种分离纯化及保藏
•   3.2 基于分子遗传学的分类方法
•     3.2.1 基因组DNA的提取
•     3.2.2 16S rRNA、pheS和rpoA基因扩增测序与分析
•     3.2.3 全基因组测序方法和ANI值分析
•   3.3 表型特征鉴定方法
•     3.3.1 化学特征鉴定方法
•     3.3.2 生理生化特征鉴定方法
•     3.3.3 形态学特征观察
• 4 结果与分析
•   4.1 基于遗传信息的实验结果
•     4.1.1 16S rRNA、pheS和rpoA基因序列分析
•     4.1.2 基于全基因组序列的平均核苷酸一致性（ANI）分析
•   4.2 基于表型的鉴定结果
•     4.2.1 细胞形态及运动性
•     4.2.2 生理生化特性
•     4.2.3 脂肪酸甲酯结果分析
• 5 讨论
•   5.1 酸泡菜中乳酸菌新种的多样性
•   5.2 乳酸菌新种的鉴定策略
•   5.3 乳酸菌新种的乳酸构型
• 6 结论
• 致谢
• 参考文献
• 攻读硕士学位期间发表的学术论文

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 魏宇欣

导师: 谷春涛,曹利民

关键词: 乳酸菌,新种,多样性,多相分类

来源: 东北农业大学

年度: 2019

分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑

专业: 生物学,生物学,轻工业手工业

单位: 东北农业大学

分类号: TS201.3;Q939.117

总页数: 81

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