牛NAD（+）异柠檬酸脱氢酶生物信息学分析

论文摘要

异柠檬酸脱氢酶（IDH）是三羧酸循环中的关键酶。为了进一步探索IDH的结构与功能,利用生物信息学方法对牛NAD（+）IDH进行分析。结果表明,该蛋白为亲水性蛋白,呈碱性,无跨膜区,在β亚基N端存在长度为16个氨基酸的信号肽,亚细胞定位在线粒体。二级结构预测结果显示该蛋白的三个亚基均以α螺旋为主,并且其上的螺旋和折叠均紧密有序排列,这有助于形成特定的结构域并发挥特定的生物学功能。对α和γ两个亚基采用同源建模法预测其三级结构模型,β亚基采用折叠识别法预测其三级结构模型,预测结果质量评估均较好。此外,分析了不同亚基的表面电荷分布,并预测了最可能的异柠檬酸和ADP的结合位点。通过生物信息学方法进行合理预测,为进一步研究IDH家族尤其是哺乳动物NAD（+）IDH提供了重要理论依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
• 2 结果与分析
•   2.1 牛NAD（+）IDH理化性质分析
•   2.2 牛NAD（+）IDH亲水性/疏水性分析
•   2.3 牛NAD（+）IDH跨膜区预测
•   2.4 牛NAD（+）IDH信号肽预测
•   2.5 牛NAD（+）IDH亚细胞定位预测
•   2.6 牛NAD（+）IDH二级结构预测
•   2.7 牛NAD（+）IDH三级结构预测与模型质量评估
•     2.7.1 同源建模法预测三级结构
•     2.7.2 折叠识别法预测三级结构
•     2.7.3 模型质量评估
•   2.8 三级结构预测与二级结构预测吻合度分析
•   2.9 牛NAD（+）IDH蛋白质结构表面电荷分布及辅酶结合位点分析
• 3 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张志国,王东

关键词: 生物信息学,结构预测,功能分析

来源: 生物信息学 2019年04期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 叶尔羌绿洲生态与生物资源研究高校重点实验室(喀什大学生命与地理科学学院)

基金: 新疆维吾尔自治区高校科研计划项目(No.XJEDU2018Y035),喀什大学高层次人才引进科研启动项目(No.GCC17ZK-001),新疆维吾尔自治区2017年天池博士计划项目(新教财(2018)8号),喀什大学2018年度校内科研课题重点课题(No.(18)2624)

分类号: Q55

页码: 214-226

总页数: 13

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