导读:本文包含了亚种识别论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:水稻,转录组,新转录本,新编码基因
亚种识别论文文献综述
安玥[1]（2017）在《基于高通量RNA-seq数据的水稻亚种特异性编码基因鉴定及长非编码RNA识别》一文中研究指出水稻是世界上最重要的粮食作物之一,同时也是禾本科植物研究的重要模式物种。RNA-seq技术可以得到生物体在特定时期特定组织中全部的转录本,这使得我们可以从转录组的分析中挖掘出新转录本以及新基因。本文试图从不同品种、不同组织的水稻转录组数据中挖掘粳稻日本晴和籼稻MH63、ZS97参考基因组上不存在的新转录本和新基因,尽可能全面地补充水稻的注释信息。本文采用先组装后比对的策略,通过对NCBI数据库中2012年1月-2016年4月发表的共960个样本的亚洲栽培水稻(Oryza sativa)RNA-seq数据,分籼稻(indica)、粳稻(japonica)两个亚种进行de novo组装,得到28,352条籼稻及50,648条粳稻转录本。其中籼稻有6,939条新转录本、粳稻有11,875条新转录本均未比对到水稻日本晴、MH63以及ZS97参考基因组。通过对籼、粳转录本进行相互比对,发现仅有5.1%的籼稻转录本与3%的粳稻转录本相互间有大于60%的重迭区域,这说明绝大多数的新转录本具有亚种特异性。通过开放阅读框预测及与蛋白质非冗余数据库(nr库)进行同源序列比对,从新转录本中分别预测得到3,794条籼稻及6,181条粳稻高可信度蛋白编码序列。通过对其进行功能注释,3,380条(89.1%)籼稻及5,314条(86%)粳稻蛋白编码序列可在Pfam数据库中得到比对注释,1,648条(43.4%)籼稻及2,494条(40.3%)粳稻蛋白编码序列可通过KOG注释到23个蛋白功能分类中。2,489(65.6%)条籼稻及3,795条(61.4%)粳稻蛋白编码序列有GO注释结果。715条(18.8%)籼稻及1,046条(17.0%)粳稻蛋白编码序列在KEGG代谢途径分析中得到注释。并且发现大量基因参与水稻抗病及非生物胁迫响应过程。进一步分析籼、粳稻蛋白编码基因的同源基因家族发现,2,057条(54.2%)籼稻及4,404条(71.3%)粳稻蛋白编码基因是亚种特有的。另一方面,通过对籼、粳转录本组装结果进行编码能力预测及蛋白质同源序列比对的综合策略,预测得到16,600条长非编码RNA,为水稻长非编码RNA的分析提供基础。(本文来源于《华中农业大学》期刊2017-06-01）
蔡斌[2]（2008）在《欧亚种葡萄转录因子、SSR数据库的构建及miRNA的计算识别》一文中研究指出欧亚种葡萄(Vitis vinifera L.)既可生食,又可制干、酿酒、制汁,具有很高的营养价值和经济价值。欧亚种葡萄是迄今为止基因组被完整测序的第一种水果作物和第四种开花植物。葡萄全基因组测序工作的完成,使得人们对这古老植物的认识有了新的起点和视角。研究者可以根据公布的基因组序列,利用分子生物学和生物信息学的方法和手段,对葡萄的生物学现象作前所未有的分析和了解。本研究利用葡萄全基因组序列,运用生物信息学的方法和手段,在基因组的水平上提取葡萄的转录因子、SSR和miRNA,利用计算机网络和数据库技术构建了葡萄转录因子数据库、葡萄SSR数据库。为了尽可能多地收集欧亚种葡萄转录因子,本研究利用转录因子DNA结合域的隐马尔科夫模型(HMM)在整个基因组中搜索匹配的转录因子。HMM的搜索结果中包含了所有具有相应结构域的转录因子,用Perl语言编写程序—Class.p1,将这些转录因子分类到不同的家族中。最后,为了对葡萄转录因子进行有效的储存、查找,本研究利用相关的生物信息学软件和数据库对这些转录因子进行注释,然后运用Perl、 PHP、MySQL等技术开发了葡萄转录因子数据库。本研究鉴定了1625个葡萄转录因子,属于67个家族。提取这些转录因子的相关信息,构建了葡萄转录因子数据库(DGTF)。该数据库对预测到的转录因子进行详细注释,对每个转录因子基因家族作了简单介绍,每个转录因子条目均有基本信息、基因结构、功能域注释和数据库交叉链接。此外,预测了每个转录因子在其它物种中可能的直系同源基因(Orthologues)。数据库具有统一的界面,用户可方便地进行浏览、检索、BLAST搜索和数据下载。网址为：http://www.yaolab.sh.cn/dgtf/。为了从基因组中快速搜索出SSR,本研究利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序—SSRFinder。利用SSRFinder,从欧亚种葡萄基因组序列中检索到114520个SSR。在各类SSR中,不同碱基组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含AT重复单元的SSR频率最高,而富含GC重复单元的SSR频率最低。SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小。叁核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布频度明显高于其他类型的SSR。利用这些SSR序列共设计出80065(69.9%)对SSR引物。.另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库(DGSSR),收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面。DGSSR的网址为http://www.yaolab.sh.cn/ssr/。本研究利用生物信息学方法,根据已知植物miRNA的特征,设计miRNA预测程序(?)-MirFinder,从欧亚种葡萄全基因组中预测miRNA。MirFinder利用miRNA在植物中的保守性和miRNA前体的特征设计算法。本研究利用MirFinder搜索整个葡萄基因组,共识别出146条miRNA,然后利用葡萄中已知的miRNA对其进行同源检索,发现其中98条与已知的miRNA完全相同,另外48个为新发现的miRNA。这些新发现的miRNA基因属于21个家族。其中,8个家族为葡萄中新发现的(?)miRNA家族,共有20个miRNA成员。根据植物miRNA和其靶基因问存在较高的序列互补性,对新发现的miRNA家族预测其靶基因,结果表明其中6个miRNA家族存在靶基因。(本文来源于《南京农业大学》期刊2008-12-01）
张焱,汤强,冯世强,潘大志[3]（2005）在《川金丝猴亚种的模式识别模型研究》一文中研究指出综合论述了模式识别的基本数学模型和方法,建立了川金丝猴亚种的模式识别模型,得出了与川金丝猴亚种的实际模式完全吻合的结论,为样本的模式识别提供了一个很有价值的方法和范例.(本文来源于《西南师范大学学报(自然科学版)》期刊2005年05期）
张晓璐[4]（2005）在《虎亚种识别的分子遗传学技术的研究》一文中研究指出虎的亚种识别一直是虎的分类学、系统学、保护遗传学所关注的问题。虎的亚种识别已经有了形态学、地理分布、同工酶多态性等方面的证据,但是至今一直没有一个能够准确鉴定给定个体所属亚种的方法。本论文用微卫星位点Ple46片段长度多态性、mtDNA的NADH基因序列和11个微卫星位点亚种特异性等位基因开展了一系列虎亚种鉴别方法的研究。研究发现,微卫星位点Ple46对豹猫、虎、非洲狮、豹等物种是有效的,但不能将豹猫与家猫分开;同时不能区分猞猁、云豹、雪豹、金钱豹和美洲虎等物种。Ple46也不具有虎亚种的鉴别力。在mtDNA的NADH基因上设计了华南虎、东北虎和孟加拉虎3对亚种特异性引物Al-1/Al-2、Am-1/Am-2、Ti-1/Ti-2,通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测,在3个亚种可分别得到405bp、422bp和145bp的片段。经过多个亚种、多个物种的有效性测试,证明上述3对引物可以把虎亚种的鉴别简化为0/1的判别,可以准确地识别所属亚种。通过对华南虎、东北虎和孟加拉虎11个微卫星位点群体数据的分析,找到华南虎特有等位基因16个、东北虎特有等位基因5个、孟加拉虎特有等位基因6个。以这11个位点作为判别因子进行所属亚种的判别分析,正确回判率为96.2%,其中东北虎和华南虎的正确判断率为100%。因此,利用这些特有等位基因可以有效的进行虎的亚种鉴别。(本文来源于《东北林业大学》期刊2005-06-01）
王晓明[5]（2003）在《虎mtDNA cyt b 和D-loop区序列特点及其在亚种识别中意义的研究》一文中研究指出本文克隆并测定了13只东北虎mtDNA D-loop区381bp的序列，并对这些序列和GenBank中注册的2个东北虎D-loop区序列和32个虎cyt b基因全序列(包含4个亚种)进行了分析，研究了cyt b基因和D-loop区序列的特点及其在亚种识别中的价值。研究发现，测得的东北虎D-Loop区381bp的序列中共发现79个变异位点，共有(?)个单倍型；D-Loop区中存在着两种序列：一是与其他物种同源性很高的“正常序列”，称为“短序列”；二是带有22bp的插入片断的“非正常序列”，称为“长序列”。11个“短序列”间同源性在99.5％～100％；4个“长序列”间的同源性在98.5％～99.2％；“短序列”和“长序列”间的同源性为75.5-81.6％。上述发现表明，在选择亚种识别遗传标记时，应区别对待D-loop区的两种序列；本文所研究的区域因为两种序列间的差异很大，所以不适合用作系统进化的分析。在32个虎mtDNA cyt b 1140bp的序列中，共发现14个位点存在变异，占总序列的1.23％，个体间序列的同源性在99.3～100％，平均为99.6％，没有发现缺失或插入。在cyt b基因上共检出10种单倍型，各亚种均有特有的标志性碱基，亚种间无共享单倍型。这表明mtDNA cyt b基因非常适合虎亚种识别；本文提出了cyt b基因上识别东北虎、孟加拉虎、印支虎、苏门答腊虎4个亚种的特异性单倍型。(本文来源于《东北林业大学》期刊2003-05-01）
吴波[6]（1997）在《无症状或活动期内脏利什曼病病犬血清识别杜氏利什曼原虫婴儿亚种部分纯化抗原的组分分析》一文中研究指出地中海沿岸地区由杜氏利什曼原虫婴儿亚种引起的犬内脏利什曼病(CVL)因地域和季节而不同,发病率在1％—42％间。犬与野生犬科动物(狐狸等)是主要保虫宿主,在 人与犬内脏利什曼病的流行中起重要作用。以往通过临床检查、镜检、活组织检查、原虫培养以及血清学试验诊断该病。一般用血清学方法如ELISA、直接血凝试验作初步诊(本文来源于《国外医学(寄生虫病分册)》期刊1997年06期）
亚种识别论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
欧亚种葡萄(Vitis vinifera L.)既可生食,又可制干、酿酒、制汁,具有很高的营养价值和经济价值。欧亚种葡萄是迄今为止基因组被完整测序的第一种水果作物和第四种开花植物。葡萄全基因组测序工作的完成,使得人们对这古老植物的认识有了新的起点和视角。研究者可以根据公布的基因组序列,利用分子生物学和生物信息学的方法和手段,对葡萄的生物学现象作前所未有的分析和了解。本研究利用葡萄全基因组序列,运用生物信息学的方法和手段,在基因组的水平上提取葡萄的转录因子、SSR和miRNA,利用计算机网络和数据库技术构建了葡萄转录因子数据库、葡萄SSR数据库。为了尽可能多地收集欧亚种葡萄转录因子,本研究利用转录因子DNA结合域的隐马尔科夫模型(HMM)在整个基因组中搜索匹配的转录因子。HMM的搜索结果中包含了所有具有相应结构域的转录因子,用Perl语言编写程序—Class.p1,将这些转录因子分类到不同的家族中。最后,为了对葡萄转录因子进行有效的储存、查找,本研究利用相关的生物信息学软件和数据库对这些转录因子进行注释,然后运用Perl、 PHP、MySQL等技术开发了葡萄转录因子数据库。本研究鉴定了1625个葡萄转录因子,属于67个家族。提取这些转录因子的相关信息,构建了葡萄转录因子数据库(DGTF)。该数据库对预测到的转录因子进行详细注释,对每个转录因子基因家族作了简单介绍,每个转录因子条目均有基本信息、基因结构、功能域注释和数据库交叉链接。此外,预测了每个转录因子在其它物种中可能的直系同源基因(Orthologues)。数据库具有统一的界面,用户可方便地进行浏览、检索、BLAST搜索和数据下载。网址为：http://www.yaolab.sh.cn/dgtf/。为了从基因组中快速搜索出SSR,本研究利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序—SSRFinder。利用SSRFinder,从欧亚种葡萄基因组序列中检索到114520个SSR。在各类SSR中,不同碱基组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含AT重复单元的SSR频率最高,而富含GC重复单元的SSR频率最低。SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小。叁核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布频度明显高于其他类型的SSR。利用这些SSR序列共设计出80065(69.9%)对SSR引物。.另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库(DGSSR),收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面。DGSSR的网址为http://www.yaolab.sh.cn/ssr/。本研究利用生物信息学方法,根据已知植物miRNA的特征,设计miRNA预测程序(?)-MirFinder,从欧亚种葡萄全基因组中预测miRNA。MirFinder利用miRNA在植物中的保守性和miRNA前体的特征设计算法。本研究利用MirFinder搜索整个葡萄基因组,共识别出146条miRNA,然后利用葡萄中已知的miRNA对其进行同源检索,发现其中98条与已知的miRNA完全相同,另外48个为新发现的miRNA。这些新发现的miRNA基因属于21个家族。其中,8个家族为葡萄中新发现的(?)miRNA家族,共有20个miRNA成员。根据植物miRNA和其靶基因问存在较高的序列互补性,对新发现的miRNA家族预测其靶基因,结果表明其中6个miRNA家族存在靶基因。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
亚种识别论文参考文献
[1].安玥.基于高通量RNA-seq数据的水稻亚种特异性编码基因鉴定及长非编码RNA识别[D].华中农业大学.2017
[2].蔡斌.欧亚种葡萄转录因子、SSR数据库的构建及miRNA的计算识别[D].南京农业大学.2008
[3].张焱,汤强,冯世强,潘大志.川金丝猴亚种的模式识别模型研究[J].西南师范大学学报(自然科学版).2005
[4].张晓璐.虎亚种识别的分子遗传学技术的研究[D].东北林业大学.2005
[5].王晓明.虎mtDNAcytb和D-loop区序列特点及其在亚种识别中意义的研究[D].东北林业大学.2003
[6].吴波.无症状或活动期内脏利什曼病病犬血清识别杜氏利什曼原虫婴儿亚种部分纯化抗原的组分分析[J].国外医学(寄生虫病分册).1997