植入(l,d)模体发现若干算法的实现与比较

论文摘要

模体发现是生物信息学的核心问题之一,对于研究基因表达的调控机制有着极为重要的生物意义。植入（l,d）模体发现（Planted （l,d） motif search,PMS）是模体发现领域中一个广为接受的问题模型。本文主要研究了4个基础的算法解决模体发现问题,这些算法可以帮助人们理解模体发现问题。4个精确算法主要包括:（1）实现基于候选模体实例字符串深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PMS问题。（2）实现基于候选模体字符深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PM S问题。（3）实现基于候选模体字符广度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PM S问题。（4）实现PM SP算法。

论文目录

• 0 引言
• 1 方法描述
•   1.1 基于候选模体实例字符串深度优先搜索的PMS算法
•   1.2基于候选模体字符深度优先搜索PMS算法
•   1.3 基于候选模体字符广度优先搜索PMS算法
•   1.4 PMSP算法
• 2 实验比较
• 3 结束语

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 胡宏涛,龚逸文

关键词: 模体发现,生物信息学,算法

来源: 智能计算机与应用 2019年01期

年度: 2019

分类: 信息科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 西安石油大学计算机学院

分类号: Q811.4

页码: 211-213

总页数: 3

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