卡奇霉素产生菌棘孢小单胞菌ATCC 15837的全基因组测序及序列分析

论文摘要

棘孢小单胞菌(Micromonospora echinospora) ATCC 15837是一种高GC含量的革兰氏阳性稀有放线菌,能够合成烯二炔类抗肿瘤抗生素卡奇霉素(calicheamicin, CLM)。目前,还没有相关研究报道棘孢小单胞菌ATCC 15837的全基因组序列,这限制了其代谢产物合成途径和比较基因组学等研究。本研究首次通过高通量测序技术对棘孢小单胞菌ATCC 15837进行全基因组测序,使用相关生物信息学软件对数据进行组装和注释等分析。使用Velvet软件进行组装拼接得到77个Contigs,GC含量为72.36%,基因组大小约为7.69 Mb。序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库(登录号为NGNT00000000)。本研究首次报道了一株烯二炔类抗肿瘤抗生素卡奇霉素产生菌棘孢小单胞菌ATCC 15837的全基因组序列,分析了基因组基本特征,预测了该菌株的次级代谢产物生物合成基因簇,为后续的进一步代谢调控与合成生物学提供了理论基础。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 小单孢菌ATCC 15837基因组组装
•   1.2 小单孢菌ATCC 15837蛋白质COG聚类分析
•   1.3 小单孢菌ATCC 15837蛋白质GO聚类分析
•   1.4 小单孢菌ATCC 15837次级代谢产物合成基因簇分析
•   1.5 小单孢菌ATCC 15837卡奇霉素生物合成途径相关基因
• 2 讨论
•   2.1 小单孢菌全基因组测序及分析
•   2.2 小单孢菌次级代谢产物的研究
• 3 材料与方法
•   3.1 试验材料
•     3.1.1 菌株来源及培养
•     3.1.2 生化试剂
•   3.2 试验方法
•     3.2.1 小单孢菌基因组DNA提取和测序
•     3.2.2 基因组测序、组装及基因注释
•     3.2.3 分析次级代谢产物合成基因簇

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 万仁鹏,李翔,杨慧林,朱笃,颜日明,张志斌,汪涯

关键词: 棘孢小单胞菌,全基因组测序,卡奇霉素,次级代谢产物,生物合成基因簇

来源: 基因组学与应用生物学 2019年01期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室,江西科技师范大学生命科学学院江西省生物加工过程重点实验室

基金: 国家自然科学基金(No.31460021)项目,江西省自然科学基金(No.20151BAB204003)共同资助

分类号: Q933

DOI: 10.13417/j.gab.038.000165

页码: 165-172

总页数: 8

文件大小: 1302K

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