距离和疏水模型辅助的蛋白质结构预测方法

论文摘要

预测蛋白质结构对药物设计和疾病诊断有着重要的科学意义.针对蛋白质结构从头预测问题,在进化算法框架下,提出一种距离和疏水模型辅助的蛋白质结构预测方法（Distance and Hydrophobic Model-assisted Protein Structure Prediction Method,DHM A）.首先根据亲疏水性构建氨基酸的回转半径来指导构象空间采样,达到提高搜索效率的目的;然后,利用距离谱构建距离分布估计模型和疏水概率模型,指导种群更新,缓解能量函数不精确带来的误差.在10个测试蛋白的预测结果表明,DHM A具有良好的搜索性能和预测精度,是一种有效的蛋白质结构预测方法.

论文目录

• 1 引言
• 2 DHMA算法设计
•   2.1 亲疏水氨基酸的回转半径差
•   2.2 距离分布模型
•   2.3 疏水概率模型
•   2.4 算法描述
• 3 实验和结果
•   3.1 实验材料
•   3.2 结果分析
•   3.3 采样能力分析
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王小奇,周晓根,胡俊,张贵军

关键词: 蛋白质结构预测,从头预测,进化算法,距离分布模型,疏水概率模型

来源: 小型微型计算机系统 2019年12期

年度: 2019

分类: 信息科技,基础科学

专业: 生物学,自动化技术

单位: 浙江工业大学信息工程学院,密歇根大学计算医学与生物信息学系

基金: 国家自然科学基金面上项目(61773346)资助

分类号: Q51;TP18

页码: 2494-2499

总页数: 6

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