关于12属相动物染色体DNA序列的变值投影

论文摘要

随着自然科学的快速发展,人类在生物基因的研究方面,出现了丰富的多学科交叉科研成果,DNA序列可视化便是一个结合了生物学与计算机科学的研究方向。DNA序列可视化因其直观、简捷等优势帮助研究人员快速观察和分析,已成为当前基因序列研究中不可缺少的一部分,因此形成一套完整、简捷、可利用价值较高的可视化模型是当前DNA序列可视化领域的重中之重。然而目前的DNA序列可视化研究成果较少,并且已有的可视化模型仍然存在以下问题:1)信息退化和信息丢失;2)受序列大小限制;3)可视化效果差;4)模型晦涩难懂;5)可视化结果难以分析。本文针对目前研究中出现的问题,提出一种新型的变值投影模型。变值投影模型是针对DNA序列的碱基数目进行统计研究的一种变值体系,本文最终选取“12属相”动物的染色体DNA作为变值投影模型的例子,验证了变值投影模型在解决上述问题方面的有效性,并且在生物种类的相似度分析和差异性比较方面表现优异。变值投影模型引入参数的概念,利用参数对DNA序列进行分段,统计多段DNA序列中四种碱基数目,选取合适的碱基组合并借助计算机图形处理技术进行二维图像投影,最后通过调整参数得到最佳投影图示进行观察分析。变值投影模型的可视化结果图像清晰、图案明显、直观性强、易于分析,在生物种类的相似度分析和差异性比较方面表现出巨大优势,并且可视化结果能反映生物碱基数目分布与代表生物种类的特殊投影图案存在关系。变值投影模型是一套健全完整、简单易懂、功能强大的DNA序列可视化模型,对基因序列的相关研究有一定贡献。

论文目录

• 中文摘要
• Abstract
• 第一章 绪论
•   1.1 研究背景和意义
•   1.2 研究现状
•   1.3 论文的主要研究工作和创新点
•     1.3.1 论文的主要研究工作
•     1.3.2 论文的创新点
•   1.4 论文的文章结构
• 第二章 二维可视化模型
•   2.1 DNA序列可视化模型评价指标
•   2.2 相关术语介绍
•   2.3 基于灰度图像的DNA序列可视化模型
•     2.3.1 相关术语介绍
•     2.3.2 模型介绍
•     2.3.3 实验验证及结果展示
•     2.3.4 模型优缺点分析
•   2.4 基于混沌游戏表示的DNA序列分形特征表示模型
•     2.4.1 相关术语介绍
•     2.4.2 模型介绍
•     2.4.3 实验验证及结果展示
•     2.4.4 模型优缺点分析
•   2.5 基于GC含量测量的GCDT模型
•     2.5.1 相关术语介绍
•     2.5.2 GCDT模型介绍
•     2.5.3 实验验证及结果展示
•     2.5.4 模型优缺点分析
•   2.6 本章小结
• 第三章 变值投影模型
•   3.1 模型参数介绍
•   3.2 变值投影模型概述
•   3.3 模型介绍
•     3.3.1 处理模块
•     3.3.2 测量模块
•     3.3.3 投影模块
•   3.4 模型演示
• 第四章 结果展示和分析
•   4.1 实验数据说明
•   4.2 结果展示
•   4.3 结果分析
•     4.3.1 可视化特征分析
•     4.3.2 模型评价分析
•   4.4 模型对比
• 第五章 总结和展望
•   5.1 总结
•   5.2 展望
• 参考文献
• 攻读硕士学位期间完成的科研成果
• 致谢

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 毛钰源

导师: 郑智捷

关键词: 属相动物染色体,序列可视化,可视化模型,变值投影

来源: 云南大学

年度: 2019

分类: 基础科学,信息科技

专业: 生物学,计算机软件及计算机应用

单位: 云南大学

分类号: TP391.41;Q523

总页数: 55

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