黄河口与长江口近江牡蛎的比较转录组分析

论文摘要

为进一步开发近江牡蛎Crassostreaariakensis的基因资源,探究黄河口与长江口近江牡蛎的遗传差异,采用Illumina HiSeq 4000测序平台对东营垦利和南通海门的近江牡蛎进行高通量转录组测序。对测序数据进行拼接后分别得到83680条和71269条unigene,并对unigene进行了基因功能注释和正选择基因的富集分析。结果表明,同源基因经筛选得到正选择基因259个,GO(Gene Ontology)功能分析中共涉及到967个相关功能类别,其中有关到生物学过程的分类条目占比最多,为590项。总体上看,与细胞器、代谢过程、结合以及催化活性相关的类别占主导地位。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析表明,共涉及48个代谢通路,其中与核糖体、细胞凋亡相关的通路占比最大。上述结果不仅加深了对黄河口以及长江口近江牡蛎基因表达水平差异的认识,同时也为今后进行近江牡蛎各类遗传学分析和一些关键基因的克隆以及具体功能分析提供了基础数据。

论文目录

• 引 言
• 1 材料与方法
•   1.1 样品采集
•   1.2 样品鉴定
•   1.3 总RNA的提取与处理
•   1.4 转录组文库制备
•   1.5 数据处理与分析
•   1.6 基因功能注释
•   1.7 直系同源基因分析
•   1.8 正选择基因分析
• 2 结果
•   2.1 转录组数据拼接与注释
•   2.2 同源基因分析
•   2.3 GO功能分类与KEGG富集分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 涂康,于红,孔令锋,李琪

关键词: 近江牡蛎,黄河口,长江口,转录组,正选择基因

来源: 海洋湖沼通报 2019年04期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,水产和渔业

单位: 中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室

基金: 中央高校基本科研业务费专项(201762014),山东省科技发展计划项目(2016ZDJS06A06),青岛市产业培育计划项目(17-3-3-64-nsh)资助

分类号: S917.4

DOI: 10.13984/j.cnki.cn37-1141.2019.04.011

页码: 91-97

总页数: 7

文件大小: 612K

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