导读:本文包含了时空表达谱论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:靶向捕获测序,耳聋,WFS1,斑马鱼
时空表达谱论文文献综述
黄啸博,陈智斌,曹新,魏钦俊,邢光前[1]（2019）在《WFS1突变致聋家系的鉴定及斑马鱼同源基因时空表达谱分析》一文中研究指出目的:对2个遗传性耳聋家系进行分子病因学鉴定,并应用斑马鱼对致聋基因WFS1进行初步功能分析。方法:利用靶向捕获测序技术,对2个家系进行外显子测序分析,确定候选致病基因。生物信息学预测人WFS1基因的功能以及模式生物斑马鱼与人类WFS1基因的同源性;采用整胚原位杂交和定量PCR法分析斑马鱼wfs1a和wfs1b的时空表达特征。结果:外显子测序及家系遗传共分离分析确定WFS1基因c.2036～2038delAGG(p.680delE)和c.1957C>T(p.653R>C)突变分别是2个家系的分子病因。定量PCR和全胚原位杂交结果显示斑马鱼wfs1a和wfs1b在胚胎发育不同时期呈现不同的时空表达特征。生物信息学分析提示wfs1b与人WFS1基因的进化距离更近,同源性更高。结论:2个遗传性耳聋家系均由WFS1突变所致,拓展了遗传性耳聋的基因突变谱。斑马鱼胚胎发育过程中wfs1a和wfs1b具有明显的时空表达特异性,wfs1b是人类WFS1的直系同源基因。研究结果既为耳聋分子诊断提供了支持,也为后续深入研究WFS1的突变致聋机制奠定了基础。(本文来源于《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊2019年09期）
艾新宇,赵洁,王亚美,魏原杰,刘小宁[2]（2018）在《棉铃虫类肌钙蛋白基因的克隆、原核表达纯化及其时空表达谱分析》一文中研究指出为探索棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)类肌钙蛋白基因HaCal的生理功能及其所编码蛋白的生物特性,采用PCR方法克隆了HaCal的开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,借助在线软件对其进行生物信息学分析,通过原核表达技术诱导表达和纯化其编码的蛋白,并通过实时荧光定量PCR技术分析其在棉铃虫不同发育龄期和组织中的表达量。结果显示,HaCal的ORF序列长度为564 bp,编码187个氨基酸,理论分子量为20.52 kD,理论等电点为7.64。其保守结构域与Calponin家族一致,但不含跨膜区和信号肽,系亲水性蛋白。原核表达结果显示,融合蛋白大小与理论值一致,纯化获得了纯度较高的目的蛋白。HaCal在棉铃虫幼虫不同发育阶段和不同组织中均有表达,在6龄幼虫体内表达量最高,是1龄幼虫的2.34倍;在5龄幼虫中肠中表达量最高,是头部的257.14倍。表明棉铃虫类肌钙蛋白基因HaCal可能与棉铃虫的生长发育过程密切相关。(本文来源于《植物保护学报》期刊2018年03期）
胡霞,徐维红,刘佰明,邹德玉,许静杨[3]（2017）在《小菜蛾PxALP1基因的时空表达谱分析》一文中研究指出小菜蛾是最早对Bt毒蛋白产生抗性的重要农业害虫之一,而膜结合碱性磷酸酶是小菜蛾体内疑似Bt毒蛋白的直接受体之一。我们在之前的工作中克隆了小菜蛾碱性磷酸酶编码基因PxALP1,本研究对该基因的时空表达谱进行了分析。在小菜蛾所有生命阶段中,PxALP1基因在3龄幼虫中表达水平最高;而在小菜蛾3龄幼虫不同组织中,PxALP1基因在中肠中表达水平最高,这些都可能与PxALP1基因对Bt毒蛋白产生抗性的生物学功能密切相关。(本文来源于《山东农业科学》期刊2017年04期）
杨小燕,何志旭,舒莉萍,金皎,黄璟[4]（2016）在《Rap1基因在斑马鱼胚胎早期发育过程中的时空表达谱研究》一文中研究指出目的选择斑马鱼作为实验动物模型,研究Rap1基因在胚胎早期发育过程中的时空表达规律。方法从斑马鱼胚胎cDNA中克隆Rap1基因片段,将Rap1基因片段和pCS2+质粒进行体外连接重组,重组质粒经双酶切、菌落聚合酶链反应(PCR)及测序鉴定正确后,经T_3RNA体外转录体系合成DIG标记的Rap1基因反义mRNA探针,采用整胚原位杂交方法检测Rap1在斑马鱼胚胎早期发育过程的表达情况。结果在斑马鱼胚胎0.75hpf的细胞分裂连接处、3.70hpf和6.00hpf的动物极、12.00~72.00hpf的脊索神经部位均可见Rap1基因的阳性杂交信号。结论 Rap1基因在斑马鱼脊索神经系统的早期发育过程中可能起到重要的调控作用。(本文来源于《重庆医学》期刊2016年20期）
魏鸿擎,蒋科技,张凤英,马凌波[5]（2015）在《拟穴青蟹HIF-1基因的克隆和时空表达谱分析》一文中研究指出缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor 1,HIF-1)是参与氧稳态失衡调节的一个核心因子,引起缺氧应答基因转录。为了研究HIF-1在拟穴青蟹中的调控机制,本实验克隆获得了拟穴青蟹HIF-1α和HIF-1β的c DNA全长分别为4061 bp和2245 bp,均含有b HLH和PAS两个保守结构域,且HIF-1α还含有关键的氧依赖性结构域ODDD和羧基端转录激活域C-TAD,在缺氧应答中起着重要的作用。对所获基因进行实时定量PCR,结果显示,在常氧环境下HIF-1α和HIF-1β均结构性表达,存在于实验的所有组织中,但表达略有差异;在缺氧环境下,HIF-1α在鳃和血液中的表达发生显著变化,而HIF-1β却一直稳定表达。综上,本实验初步探究了拟穴青蟹HIF-1基因的序列和结构特点,及常氧和低氧环境下HIF-1α和HIF-1β基因的时空表达变化,对深入了解拟穴青蟹HIF-1的调控机制奠定了基础。(本文来源于《2015年中国水产学会学术年会论文摘要集》期刊2015-11-05）
刘晶晶,王富民,刘国峰,贺志荣,杨华[6]（2014）在《茶树萜类香气物质代谢谱与相关基因表达谱时空变化的关系》一文中研究指出针对影响茶叶香气品质的关键物质在鲜叶和花中的含量和相关基因表达的关系,以茶‘农抗早’[Camellia sinensis(L.)O.Kuntze‘Nongkangzao’]不同发育阶段鲜叶和花为试材,进行气相色谱和质谱分析。结果表明,茶树叶片萜类化合物含量受叶片发育阶段影响,表现为幼叶中多、老叶中少;糖苷态多、游离态少。此外,对前期获得并初步注释的茶树转录组数据库进行挖掘,发现了编码10个萜类合成酶——芳樟醇合成酶(CsLIS)、香叶烯合成酶(CsMYS)、(E)–β–罗勒烯合成酶(CsOCS)、(R)–柠檬烯合成酶(CsLIM)、(–)–α–萜品醇合成酶(CsTES)、(+)–α–水芹烯合成酶(CsPHS)、大根香叶烯合成酶(CsGES)、(E,E)–α–法尼烯合成酶(CsFAS)、芳樟醇/橙花叔醇合成酶(CsLIS/NES)和橙花叔醇/香叶烯芳樟醇合成酶(CsNES/GLS)的基因序列(按照植物基因命名的基本原则对上述基因进行命名)。上述基因在不同发育阶段叶片和茶树花中的转录水平与萜类香气物质丰度的时空变化有明显的正相关。此外,逆境信号物质茉莉酸甲酯能显着增强芳樟醇合成酶基因等6个基因的表达。(本文来源于《园艺学报》期刊2014年10期）
张彩霞[7]（2012）在《家蚕正反交F_1代SAGE文库的构建与分析及差异基因的时空表达谱研究》一文中研究指出家蚕（Bombyx mori）是国际无脊椎动物协会唯一确定的鳞翅目模式昆虫,并具有很高的经济价值。杂交育种是选育家蚕优良品种的重要方法，家蚕性状的遗传可以分为核遗传和细胞质遗传，相同亲本间的不同杂交形式（正交或反交）其F1代的部分实用性状的遗传表现不一。实用性状是育种工作的主要目标，也是评价蚕品种优劣的主要指标，研究正反交杂交后代性状表现差异的机制，对指导育种实践，提高育种效率具有十分重要的意义。本研究以家蚕“75新×7532”和“7532×75新”（正反交）雌雄子代为材料，利用SAGE技术构建了家蚕正反交F1子代的4个SAGE文库，筛选正反交子代间具有显着性差异的基因。通过在线芯片表达谱平台（BmMDB）、NCBI的查询以及RT-PCR等试验技术，调查了具有显着性差异的表达基因在正反交子代中的时空表达谱，比较了常温和高温下5个基因的时空表达情况。并对某些在文库中具有显着性差异而没有任何注释信息的tag标签进行了GLGI的延长，以进一步挖掘有用的信息。获得主要结果如下：1.正反交子代同性别间的SAGE文库分析比较SAGE技术除了具有调查基因表达谱的作用外，对于那些低拷贝基因特别是那些未知基因的发现起到了巨大的推动作用。对正反交F1代同性别之间的文库进行比较后，筛选出具有显着性差异的基因，并对其进行上下调分析发现：与“75新×7532”雄性比较，在“7532×75新”雄性中有298个基因上调，46个基因下调；同样，在“7532×75新”雌性中有453个基因上调，240个基因下调。通过对50个丰度极高的转录本分析发现，大部分高表达的基因是看家基因，如核糖体蛋白（ribosomal proteins）、细胞骨架（cell structure）和新陈代谢相关蛋白（proteinsresponsible for metabolism）。家蚕子代的大多数基因在反交（7532×75新）F1中表现上调，同时经过差异基因的功能分析后得到参与代谢途径（metabolic pathways）和氧化磷酸化途径（oxidative phosphorylation pathway）以及信号传导途径（signaling）的差异基因在反交（7532×75新）F1中同样表现上调。据调查“7532×75新”比“75新×7532”具有更强的生命力，推测上述基因上调现象有可能与“7532×75”（反交）F1对环境的高适应性有关；另一方面，调控茧丝性状方面起作用的丝氨酸蛋白酶抑制剂等基因，在正交“75新×7532”F1代表现显着上调现象，与正交“75新×7532”F1的茧丝量高于反交“7532×75新”F1相符，从某种程度暗示了“75新×7532”比“7532×75新”具有较好的产茧丝量性能。2.5个差异基因的时空表达谱从正反交F1代同性别间的SAGE比较文库中筛选出5个差异基因。线粒体硫氧还蛋白2（BGIBMGA012029）和谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)（BGIBMGA011438）基因在正反交雄性F1代间无明显表达差异，正交雌性F1代的表达量明显高于反交；家蚕素E-1前体（BGIBMGA000667）、抗菌肽（BGIBMGA000023）在反交雌雄F1代的表达水平显着高于同性别的正交子代；假设蛋白在反交雄性F1代的表达水平显着高于正交，但正反交雌性F1代间并无明显表达差异。为此进一步调查了这5个基因的时空表达谱。谷胱甘肽过氧化物酶（BGIBMGA011438）和假设蛋白（BGIBMGA003920）基因与BmMDB数据库（http://silkworm.genomics.org.cn）中得到的组织表达情况相符，说明这2个基因的表达没有品种特异性，也证明了本实验RT-PCR的正确性。关于家蚕素E-1前体（BGIBMGA000667）和抗菌肽（BGIBMGA000023）没有任何时空调查分析报道。这4个基因在正反交F1代的5L1d-5L7d期间表达都有先下降后上升的表达趋势。而线粒体硫氧还蛋白2（BGIBMGA012029）在BmMDB数据库的大造品种中几乎不表达，本实验中该基因在5L6d表达量明显升高。通过对5个基因分别在高温和常温下脂肪体、中肠和丝腺的表达调查分析发现，高温处理使这些基因在3个组织中的表达量几乎都发生了显着的升高，其中抗菌肽基因（BGIBMGA000023）和线粒体硫氧还蛋白基因（BGIBMGA012029）变化尤为显着，而抗菌肽基因与机体的免疫作用有很大联系；线粒体硫氧还蛋白（BGIBMGA012029）基因可以用来抵御高温引起的氧自由基的大量生成，以达到保护蚕体，维持其正常的生理生化活性。推测高温环境刺激机体使其做出相应的调整来适应高温恶劣环境。3. GLGI扩增无注释信息的差异性tag标签通过GLGI技术扩增，理论上可以得到较长核苷酸序列片段（200bp-1000bp），实验中序列片段长度相对短一些。该技术对于已建立的SAGE文库中未知基因的挖掘是一个非常高效的方法。本实验中选取了16个tag标签，最终得到12个标签的延伸序列，其中有6个标签的延长序列得到注释，还有6条标签的延长序列没有匹配上任何注释基因，而其他4个标签经过延长后没有得到任何扩增结果。这些延伸序列有助于进一步挖掘SAGE文库中的未知基因。(本文来源于《苏州大学》期刊2012-05-01）
周芳亮,胡翔,吴文韬,杨子剑,李莉[8]（2012）在《GAS41基因在斑马鱼胚胎发育中的时空表达谱》一文中研究指出为了深入研究GAS41在胚胎发育中的作用机理,应用生物信息学软件分析了斑马鱼GAS41基因的序列特征;采用RT-PCR、整体原位杂交和整体免疫组织化学方法检测其在斑马鱼胚胎发育中的时空表达谱.结果显示斑马鱼GAS41蛋白与人类、小鼠、大鼠同源蛋白都有91.2%的同源性,具有高度的保守性.RT-PCR结果表明GAS41在检测的成体组织中均有表达,表达丰度相当.而GAS41在胚胎受精后一直持续表达,其中受精4 h后表达量升高.整体原位杂交和免疫化学结果显示GAS41特异性表达于胚胎头部,尤其是中脑、间脑(眼部)、小脑和后脑表达明显.这些都提示GAS41是一个高度保守基因,在斑马鱼中枢神经系统发育过程中可能起重要作用,同时也为GAS41在胚胎发育调控中的作用机制提供实验基础.(本文来源于《湖南师范大学自然科学学报》期刊2012年01期）
龚萍,杨永平,杨宇,李依然,俸艳萍[9]（2011）在《鸡USP10基因的生物信息学分析及时空表达谱分析》一文中研究指出家禽的性别决定与性腺分化基本机理还不清楚,本研究利用生物信息学方法分析从早期雌、雄鸡胚性腺消减文库中筛选出来的差异表达基因USP10,获知其结构等信息,并预测可能的转录因子,推测其可能参与的转录调控过程,同时,用RT-PCR进行时空表达谱分析。结果表明USP10具有USP家族的保守结构域,在其高度候选启动子区存在ER、WT1等转录因子。在鸡胚发育的不同时期,USP10在雄性中的表达量高于雌性,在性成熟雌、雄个体不同组织中,USP10在大部分组织中雄性高于雌性,在雄性的睾丸中表达量最高,这证实了USP10在雌、雄鸡胚中存在差异表达。我们推测USP10可能通过泛素-蛋白酶体途径与ER等核受体相互作用,调控ER信号通路,从而参与性别决定与性腺分化调控网络。(本文来源于《安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集》期刊2011-11-01）
王文生[10]（2010）在《水稻盐胁迫全基因组表达谱及抗逆DNA甲基化时空变化分析》一文中研究指出盐害和干旱是影响水稻生长发育及产量的两个主要的非生物胁迫,因此通过水稻芯片研究在盐胁迫条件下全基因组的表达谱的变化,了解具有不同耐盐性的基因型在全基因组表达谱水平上的基因变化差异,对于发掘耐盐相关基因,了解基因之间的相互作用及遗传网络,了解耐盐相关的分子机理,并最终应用到实际水稻生产中提供了理论基础。DNA甲基化能够通过对基因组DNA上的胞嘧啶的共价修饰,从而对生物遗传信息进行表观遗传水平上的调控,其在植物体响应外界环境胁迫、调控基因的表达、稳定基因组等方面发挥重要作用。本研究利用本课题组培育的耐盐聚合系177-103以及其轮回亲本IR64为材料,从表型和全基因组的表达谱方面对耐盐聚合系的耐盐机理进行剖析。应用甲基化敏感性扩增多态性(MSAP)技术研究了具有不同抗旱性和耐盐性的水稻品种在不同发育时期和不同组织中干旱和盐胁迫对基因组DNA甲基化水平的影响,探讨了DNA甲基化在水稻响应干旱和盐胁迫过程中的作用。通过对聚合系群体进行耐盐筛选和重复的表型验证后,筛选出了一批耐盐性得到明显增强的耐盐聚合系,这些耐盐聚合系同轮回亲本IR64具有较高的遗传相似性,并且主要农艺性状和产量性状没有发生明显改变；通过对耐盐聚合系的耐盐相关表型及生理分析后得出,我们筛选出的耐盐聚合系,大部分是通过保持较低的叶片钠离子浓度和较低的钠离子转运等来降低盐害对水稻生长的抑制和毒害作用而提高其耐盐性。我们选择其中一个耐盐聚合系177-103以及其轮回亲本IR64进行了盐和盐+ABA处理,以了解盐胁迫以及ABA对具有不同耐盐性的基因型的表型和基因表达谱的影响。我们得出：盐胁迫时外施激素ABA能够通过提高叶片的相对含水量,降低地上部钠离子浓度以及保持较高的钾钠离子浓度比等来降低盐对水稻生长的抑制和毒害作用,能够同时提高轮回亲本IR64和耐盐聚合系177-103的耐盐性；通过全基因组表达谱分析可知：盐胁迫条件下,耐盐聚合系177-103中的差异表达基因多于轮回亲本IR64,177-103中特异上调表达的基因都是以胁迫相关的基因为主,IR64中的上调表达基因以转录相关基因为主；盐胁迫条件下差异表达基因具有很强的组织特异性,在叶片中差异表达的基因多于在根中差异表达基因,并且这些组织特异表达的基因的功能有较大差异；盐胁迫条件下,外施ABA能够引起很多基因表达的变化,其中叶片衰老相关蛋白,脱氧木酮糖磷酸盐激酶和DUF26结构域蛋白受ABA诱导并对于水稻耐盐性的提高有很大的贡献作用；在导入的DNA区段内发现了3个与植物耐盐性相关的重要基因,这些基因为透胁迫和钙离子依赖的ABA信号传导中起到重要作用的膜联蛋白Annexin,在拟南芥中被证明在葡萄糖信号传导和ABA生物合成中起重要作用的短链脱氢酶/还原酶SDR(Short-chain dehydrogenase/Reductase)和植物脂质转运蛋白等；通过比较发现,该实验所得到的差异表达基因能够与已经定位的效应较大的耐盐QTL有很好的对应,在前人定位的耐盐相关QTL区域发现了与耐盐相关的基因。干旱和盐害都能够诱导水稻全基因组范围的DNA甲基化状态的改变。由于干旱诱导的DNA去甲基化位点可以依据它们的可逆性分为两类,一类包括了大约70%的位点,这些位点只受到干旱胁迫诱导出现,胁迫去除后又恢复到胁迫前的甲基化状态,另一类包括了大约29%的位点,这些位点受到干旱胁迫诱导出现,即使在胁迫去除之后甲基化状态不发生改变；在水稻苗期根部组织中,盐胁迫会引起DNA甲基化水平的显着下降,而且在盐敏感品种IR29中DNA甲基化水平下降的程度比耐盐品种FL478更大;干旱和盐诱导的DNA甲基化/去甲基化具有很强的组织特异性和发育时期特异性。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2010-12-01）
时空表达谱论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为探索棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)类肌钙蛋白基因HaCal的生理功能及其所编码蛋白的生物特性,采用PCR方法克隆了HaCal的开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,借助在线软件对其进行生物信息学分析,通过原核表达技术诱导表达和纯化其编码的蛋白,并通过实时荧光定量PCR技术分析其在棉铃虫不同发育龄期和组织中的表达量。结果显示,HaCal的ORF序列长度为564 bp,编码187个氨基酸,理论分子量为20.52 kD,理论等电点为7.64。其保守结构域与Calponin家族一致,但不含跨膜区和信号肽,系亲水性蛋白。原核表达结果显示,融合蛋白大小与理论值一致,纯化获得了纯度较高的目的蛋白。HaCal在棉铃虫幼虫不同发育阶段和不同组织中均有表达,在6龄幼虫体内表达量最高,是1龄幼虫的2.34倍;在5龄幼虫中肠中表达量最高,是头部的257.14倍。表明棉铃虫类肌钙蛋白基因HaCal可能与棉铃虫的生长发育过程密切相关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
时空表达谱论文参考文献
[1].黄啸博,陈智斌,曹新,魏钦俊,邢光前.WFS1突变致聋家系的鉴定及斑马鱼同源基因时空表达谱分析[J].南京医科大学学报(自然科学版).2019
[2].艾新宇,赵洁,王亚美,魏原杰,刘小宁.棉铃虫类肌钙蛋白基因的克隆、原核表达纯化及其时空表达谱分析[J].植物保护学报.2018
[3].胡霞,徐维红,刘佰明,邹德玉,许静杨.小菜蛾PxALP1基因的时空表达谱分析[J].山东农业科学.2017
[4].杨小燕,何志旭,舒莉萍,金皎,黄璟.Rap1基因在斑马鱼胚胎早期发育过程中的时空表达谱研究[J].重庆医学.2016
[5].魏鸿擎,蒋科技,张凤英,马凌波.拟穴青蟹HIF-1基因的克隆和时空表达谱分析[C].2015年中国水产学会学术年会论文摘要集.2015
[6].刘晶晶,王富民,刘国峰,贺志荣,杨华.茶树萜类香气物质代谢谱与相关基因表达谱时空变化的关系[J].园艺学报.2014
[7].张彩霞.家蚕正反交F_1代SAGE文库的构建与分析及差异基因的时空表达谱研究[D].苏州大学.2012
[8].周芳亮,胡翔,吴文韬,杨子剑,李莉.GAS41基因在斑马鱼胚胎发育中的时空表达谱[J].湖南师范大学自然科学学报.2012
[9].龚萍,杨永平,杨宇,李依然,俸艳萍.鸡USP10基因的生物信息学分析及时空表达谱分析[C].安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集.2011
[10].王文生.水稻盐胁迫全基因组表达谱及抗逆DNA甲基化时空变化分析[D].中国农业科学院.2010