基于COⅠ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析

论文摘要

为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634 bp COⅠ基因序列片段进行研究分析。结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量（A+T）为55.42%,显著高于（G+C）的44.58%。通过Kimura’s 2-parameter计算45个物种的种内遗传距离为0～0.023 98,平均为0.003 2;种间遗传距离为0.022 3～0.334 9,平均为0.1 637,种间平均遗传距离约为种内平均遗传距离的51.16倍;有3个物种的种内遗传距离大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0. 02,其中1个物种的种内遗传距离大于45个物种的种间最小遗传距离0.022 3。同科内不同属间及同目内不同科间的遗传距离分别为0.146 7、0.212 7,显示物种间遗传距离随着分类阶元的上升而逐步扩大。系统进化树聚类结果显示,不同个体依据亲缘关系程度不同分别聚为独立的一支,没有出现物种交叉分布,能准确反映个体间的亲缘关系。结果表明利用COⅠ基因鉴定龟鳖目物种具有可行性,但科内属间及以上分类阶元进化节点自展率不高,无法通过COⅠ基因明确其进化关系,须结合其他DNA指标加以确认。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 COⅠ基因序列分析
•   1.2 种内、种间遗传距离
•   1.3 科内属间系统进化分析
• 2 讨论
•   2.1 基于Hebert最小种间遗传距离定义鉴定不同龟鳖物种的适用性与局限性
•   2.2 基于COⅠ基因的龟鳖目、淡水龟科系统发育树对系统进化关系分析的可行性
• 3 材料与方法
•   3.1 样品采集与形态学鉴定
•   3.2 DNA提取
•   3.3 PCR扩增和测序
•   3.4 数据分析
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 叶朝阳,李伟,赵建,陈海港,朱新平

关键词: 龟鳖目,基因,物种鉴定,分类进化

来源: 基因组学与应用生物学 2019年09期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技

专业: 生物学,水产和渔业

单位: 中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,上海海洋大学水产与生命学院

基金: 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2014A11),科技基础性工作专项资助(2013FY110700)共同资助

分类号: S917.4

DOI: 10.13417/j.gab.038.003935

页码: 3935-3945

总页数: 11

文件大小: 1445K

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