基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析

论文摘要

[目的]温带臭虫（Cimex lectularius）是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征。[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171unigene序列中。其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74%,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个（20.68%）和764个（16.06%）,四核苷酸重复有195个（4.10%）,而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次（0.42%）。在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有2 757个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个。在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型46 634个,占60.91%,颠换类型29 928个,占39.09%。碱基转换类型比例高于颠换类型。6种单碱基变异类型中,C-T发生频率最高,比例为30.69%,其次为A-G,比例为30.22%。[结论]温带臭虫转录组中SSR和SNP位点数量多,出现频率高,且类型丰富。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 转录组数据的获取
•   1.2 温带臭虫转录组数据中SSR与SNP位点的发掘
• 2 结果与分析
•   2.1 温带臭虫转录组SSR数量及分布特征
•   2.2 温带臭虫SSR重复基元的种类及分布特征
•   2.3 温带臭虫SNP特征分析
• 3 讨论与结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李敏,王青,陈晨,付艺杰,石太瑞

关键词: 温带臭虫,转录组,微卫星,单核苷酸多态性

来源: 山西农业大学学报(自然科学版) 2019年04期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,基础医学

单位: 太原师范学院生物系,山西农业大学农学院

基金: 国家自然科学基金(31501840),山西农业大学博士后科学基金(134845),山西省高等学校科技创新项目(2017169),国家级大学生创新创业项目(2017361)

分类号: R384.3

DOI: 10.13842/j.cnki.issn1671-8151.201812031

页码: 52-57

总页数: 6

文件大小: 153K

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