布鲁菌Rev.1疫苗株全基因组序列测定及分析

论文摘要

为了解布鲁菌Rev.1疫苗株基因组的基本信息,本研究利用PacBio平台对布鲁菌Rev.1疫苗株进行测序分析,结果表明,其基因组全长约3,299,187bp,GC含量约57.23%,其中染色体1的基因组全长约2,121,370,GC含量约57.15%;染色体2的基因组全长约1,177,817,GC含量约57.34%。预测编码基因个数为3,318个,总长度为2,857,932bp,平均长度861bp,GC含量约58.34%,占基因组全长的86.63%,共预测37个散在重复序列、89个串联重复序列、71个小卫星DNA、54个tRNA、9个rRNA、2个sRNA及10个基因岛序列。布鲁菌Rev.1疫苗株预测基因与各功能数据库比对结果显示,GO数据库注释基因数量为2,148个,KEGG数据库3,253个,COG数据库2,703个,NR数据库3,274个,TCDB数据库390个,PHI数据库223个,VFDB数据库228个,ARDB数据库1个,CARD数据库21个,共预测分泌蛋白158个,T3SS效应蛋白78个。将布鲁菌 Rev.1 疫苗株的 BLS、gmd、L7/L12、OMP25、OMP28、P39、VirB10、wboA和Ery基因序列与Genbank上发表的8株布鲁菌参考菌株的进行比对分析,其同源性均在97.5%以上。其中Rev.1疫苗株的VrB10基因与16M株、M28株和M5-90参考菌株的比对存在18bp的插入,与2308株、RB51株、S19株和A19参考菌株的比对存在一段24bp缺失和两段9bp的插入,与S2参考菌株比对存在一段24bp的缺失和一段9bp的插入;Rev.1疫苗株的Ery基因与S19参考菌株比对发生了一段705bp的插入,与S2参考菌株比对存在一段16bp的缺失。Rev.1疫苗株的BLS、gmd、L7/L12、OMP25、OMP28 P39和wboA基因与其他8株参考菌株的序列差异不大,且不存在缺失和插入。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 缩略语表
• 1 前言
•   1.1 布鲁菌的病原学研究
•     1.1.1 布鲁菌的形态及染色特性
•     1.1.2 布鲁菌的培养及生化特性
•     1.1.3 布鲁菌的致病力及抵抗力
•   1.2 布鲁菌的分子生物学研究
•     1.2.1 布鲁菌相关毒力因子的研究
•     1.2.2 布鲁菌免疫相关蛋白的研究
•   1.3 布鲁菌病的流行病学研究
•   1.4 布鲁菌病的临床症状及病理变化
•   1.5 布鲁菌病诊断方法的研究
•     1.5.1 血清学诊断方法
•     1.5.2 分子生物学诊断方法
•   1.6 布鲁菌病的防制
•   1.7 布鲁菌病疫苗的研究
•     1.7.1 弱毒活菌疫苗
•     1.7.2 基因工程疫苗
•   1.8 本研究的目的与意义
• 2 材料与方法
•   2.1 材料
•     2.1.1 菌株
•     2.1.2 主要试剂与仪器
•   2.2 方法
•     2.2.1 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组测序
•     2.2.2 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组的基因预测及其功能注释
•     2.2.3 布鲁菌Rev.1疫苗株基因比对分析方法
• 3 结果
•   3.1 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组测序结果
•     3.1.1 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组的提取结果
•     3.1.2 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组测序及组装结果
•   3.2 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组的基因预测及其功能注释结果
•     3.2.1 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组的基因预测结果
•     3.2.2 布鲁菌Rev.1疫苗株基因组功能基因的注释结果
•   3.3 布鲁菌Rev.1疫苗株基因比对分析结果
•     3.3.1 BLS基因比对分析结果
•     3.3.2 gmd基因比对分析结果
•     3.3.3 L7/L12基因比对分析结果
•     3.3.4 OMP25基因比对分析结果
•     3.3.5 OMP28基因比对分析结果
•     3.3.6 P39基因比对分析结果
•     3.3.7 VirB10基因比对分析结果
•     3.3.8 wboA基因比对分析结果
•     3.3.9 Ery基因比对分析结果
• 4 讨论
• 5 结论
• 致谢
• 参考文献
• 作者简介

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 于环宇

导师: 张七斤

关键词: 布鲁菌,布鲁菌疫苗株,全基因组测序,基因组功能注释,基因比对分析

来源: 内蒙古农业大学

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 内蒙古农业大学

基金: 内蒙古自治区科技计划项目“布鲁氏菌病免疫方法及新型可鉴别疫苗的开发”(No:201702156)

分类号: S852.61

DOI: 10.27229/d.cnki.gnmnu.2019.000574

总页数: 75

文件大小: 10954K

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