系统发育基因组学方法研究进展

论文摘要

系统发育基因组学是系统发育学与基因组学融合产生的一个交叉学科,主要通过分析基因组水平的大规模分子数据来解析生物之间的系统进化关系.本文简述了5种常用的基于高通量测序技术的系统发育基因组学数据获取方法:扩增子测序（targeted amplicon sequencing）、转录组测序（transcriptome sequencing）、简化基因组测序（reduced-representation sequencing）、目标序列捕获（target sequence capture）和低覆盖度的全基因组测序（low coverage whole-genome shotgun sequencing）,归纳比较了每种方法的特点、适用范围、成本花费等.此外,本文还简述了系统发育基因组学数据分析中的5个基本步骤:数据预处理与组装、直系同源基因的鉴定、序列比对、数据质量控制和系统发育树的构建,并对这5个步骤的分析要点与常用软件的特点做了归纳.虽然系统发育基因组学分析是重建生命之树的一条必由之路,当前它也面临着一系列的问题:如大量数据的分析导致计算量与时间花费大幅增加、系统误差的影响会随着数据量增大而变得更为明显、不同数据集可能会给出高支持率但不一致的结果.最后,本文综合国内外学者的最新研究成果,对这些问题进行了讨论并给出了相应的建议.

论文目录

• 1 基于高通量测序技术的系统发育基因组学数据获取方法
•   1.1 扩增子测序
•   1.2 转录组测序
•   1.3 简化基因组测序
•   1.4 目标序列捕获技术
•   1.5 低覆盖度的全基因组测序
•   1.6 总结
• 2 系统发育基因组学数据处理流程
•   2.1 数据预处理与组装
•   2.2 直系同源基因的鉴定
•   2.3 序列比对
•   2.4 数据质量控制
•   2.5 系统发育树的构建
• 3 当前系统发育基因组学研究面临的挑战
•   3.1 计算量与时间花费
•   3.2 系统误差问题
•   3.3 结论不一致问题
• 4 总结与展望

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李佳璇,梁丹,张鹏

关键词: 高通量测序,系统发育基因组学,系统发育分析,系统误差,系统发育信号

来源: 中国科学:生命科学 2019年04期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 中山大学生命科学学院

分类号: Q811.4

页码: 456-471

总页数: 16

文件大小: 1350K

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