基于分子动力学模拟提高嗜热磷酸三酯酶样内酯酶非特异性底物活力的理论研究

论文摘要

采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积（MM-GB/SA）方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物（对氧磷/内酯）分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶（SsoPox）野生型和突变体（W263F/W263T）结合的构象变化,分析了Loop8中重要残基Trp263的突变提高SsoPox非特异性底物活力的原因,发现其能够影响门控残基Phe229的构象变化,导致活性口袋入口变宽（Phe229与Tyr99之间的距离变大）,使对氧磷和内酯更容易结合到蛋白质的活性位点上; Asp256和Arg223形成盐桥的几率高于野生型（WT） SsoPox,在Arg223（位于Loop7）的协助下质子更加高效地从活性中心的Asp256（位于Loop8）传递到溶剂中去,因而能够提高SsoPox水解底物的效率.通过比较2个野生型复合物的结构稳定性和结合自由能差异,发现在模拟过程中SsoPox与内酯的复合物体系更加稳定并且具有更低的结合自由能,有利于SsoPox识别底物并使其埋在活性部位的疏水环境中,促进氢氧化物亲核进攻底物的亲电中心.因此,底物与酶稳定的相互作用可能是SsoPox具有天然内酯酶活性的原因之一.

论文目录

• 1 计算模拟方法
•   1.1 体系准备
•   1.2 分子对接与分子动力学模拟
•   1.3 MM-GB/SA方法
•   1.4 拉伸分子动力学模拟
• 2 结果与讨论
•   2.1 底物优化及其反应位点预测
•   2.2 分子对接及底物与Sso Pox的相互作用
•   2.3 提高Sso Pox非特异性底物活性的突变理论
•   2.4 底物与蛋白的结合自由能
•   2.5 底物和Sso Pox的解离过程
• 3 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 朱镜璇,于正飞,刘野,詹冬玲,韩佳睿,田晓翩,韩葳葳

关键词: 嗜热类磷酸三酯酶样内酯酶,分子动力学模拟,拉伸分子动力学模拟,分子力学广义玻恩表面积,结构交互指纹分析

来源: 高等学校化学学报 2019年01期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑

专业: 化学

单位: 吉林大学生命科学学院分子酶学工程教育部重点实验室,吉林农业大学食品科学与工程学院

基金: 吉林省自然科学基金(批准号:20170101068JC,20150101118JC)资助~~

分类号: O629.8

页码: 138-146

总页数: 9

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