导读:本文包含了功能基因组学论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:功能,基因组,宏基,基因,基因组学,乳酸,曲霉。
功能基因组学论文文献综述
梅磊,肖钦之,陈进红,祝水金[1]（2019）在《3个棉属中植物络合素合酶的比较基因组学鉴定与功能预测》一文中研究指出【研究背景】重金属胁迫对植物的生长发育有不良影响,植物络合素合酶(Phytochelatin Synthase,PCS)在植物主动防御金属毒害过程中起关键作用,棉花对多种重金属有着较好的耐性,且种属数量多,属间差异大,是挖掘优质PCS功能基因的潜在对象;【材料与方法】为了更好的了解棉花中PCS基因的数量、分布及可能特性,以完成全基因组测序的3个代表性棉属陆地棉(Gossypium hirsutum,(AD)1)、雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii,D5)和亚洲棉(Gossypium arboreum,A2)为研究对象,结合双子叶模式植物拟南芥PCS蛋白特征域结构,鉴定3个棉花品系中PCS基因家族成员,并对其进行蛋白特征鉴定、同源类别分析、基因结构预测、酶作用位点比对以及半胱氨酸(Cys,Cysteine)分布分析;【结果与分析】主要结果表明:(1)在雷蒙德氏棉、亚洲棉和陆地棉中分别鉴定出2、2和4个PCS基因,棉花中所有PCS蛋白家族成员均含有2个特有的结构域,与催化中心相关的氨基酸位点完全保守;(2)PCS蛋白家族在进化上分属两个不同亚组,亚组(Ⅰ)与亚组(Ⅱ)在亲缘关系上分别更接近双子叶植物和线虫,两个亚组内PCS家族在基因结构,Cys分布的表现上也出现差异化,依据这些推测亚组(Ⅰ)相较亚组(Ⅱ)可能会表现出更强的植物络合素合酶活性;(3)雷蒙德氏棉中的两个旁系同源基因外显子完整性不及亚洲棉和陆地棉,可能对重金属更敏感;【结论】棉属PCS基因功能分化程度要高于其他植物,对棉属PCS进行深入研究意义重大。(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）
罗芳,鲁伦慧,李哲,付川,闫彬[2]（2019）在《基于宏基因组学的叁峡库区重庆主城段水体浮游微生物群落的组成和功能分析》一文中研究指出叁峡水库建成以来,水生环境发生了显着的变化,水库浮游微生物在关键生源要素循环中发挥关键驱动作用。为了分析叁峡库区重庆段水体浮游微生物的功能及多样性,于2015年5月对叁峡库区重庆主城段(北碚、朱沱、木洞)表层水环境总DNA样本进行了提取。调查水域总磷(total phosphorus,TP)、总氮(total nitrogen,TN)已分别达到IV、V类水标准,水体污染主要是由TN,TP造成的,各调查水域均处于中营养至重富营养状态。基于宏基因组学技术在Illumina HiSeq4000平台上对总的浮游微生物进行了序列测定,分析了重庆主城段水环境浮游微生物的物种以及功能结构特征。结果显示,朱沱和木洞点位水体优势门为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。北碚点位水体优势门为放线菌门、变形菌门、拟杆菌门和蓝细菌门(Cyanobacteria)。在属水平上,颤藻属(Oscillatoria)和微鞘藻属(Microcoleus)只出现在北碚点位的嘉陵江表层水体,其余两处几乎没有。在对3组样本一共99 472条基因进行通路分析时,有54 340条有功能注释结果。由直系同源聚类(cluster of orthologous group,COG)注释结果得知,浮游微生物物种基因的主要功能为翻译、核糖体结构和生物合成、氨基酸转运和代谢。Pearson相关分析结果显示:水温(T)、总碳(total carbon,TC)、溶解有机碳(dissolved organic carbon,DOC)是影响叁峡库区重庆段浮游微生物群落结构的重要环境因子。(本文来源于《叁峡生态环境监测》期刊2019年03期）
常亚军,廖永林,蒋兴川,王桂荣,杨斌[3]（2019）在《草地贪夜蛾及其功能基因组学的研究进展》一文中研究指出草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda是一种原产于美洲热带和亚热带地区的重要入侵害虫,已经入侵了全球100多个国家,2019年1月在我国云南省被发现后迅速蔓延至其他地区,并对农业生产造成了重大危害。本文对草地贪夜蛾的形态与生物学特性、害虫防控方法、功能基因组学研究、特别是害虫的化学感受相关基因家族进行了综述,为开发并优化草地贪夜蛾的预警和绿色防控技术提供参考。(本文来源于《植物保护》期刊2019年05期）
詹忠根[4]（2019）在《铁皮石斛基因组学、转录组学与功能基因研究进展》一文中研究指出铁皮石斛Dendrobium officinale是兰科石斛属药用植物中最为珍稀名贵的物种,内含多糖、茋类、联苄类、生物碱类等化学成分,具有抗氧化、抗肿瘤、增强免疫力、减轻肝损伤、降血糖等功效。其巨大的药用价值、科学价值和商业价值掀起了相关研究热潮,尤其是近5年,铁皮石斛在核酸分子生物学方面的研究取得了越来越多的成果。从铁皮石斛基因组学研究、转录组学研究和功能基因克隆等方面的研究进展进行综述,以期为铁皮石斛功能基因的进一步深入研究提供参考。(本文来源于《中草药》期刊2019年16期）
周美辰,郑萍[5]（2019）在《利用药物基因组学指导1例房颤合并肾功能不全患者的华法林个体化治疗》一文中研究指出目的 :通过对1例非瓣膜病房颤合并肾功能不全患者服用华法林后INR异常升高及波动的分析和干预,探讨临床药师在特殊人群应用华法林抗凝治疗中的个体化药学监护。方法 :评估药物相互作用、华法林用药基因检测和疾病状态对华法林抗凝作用的影响。结果 :日夜百服咛中的对乙酰氨基酚、苯溴马隆、艾司奥美拉唑、螺内酯、NSAIDs及其他抗栓药物(肝素、依诺肝素、氯吡格雷)都可以影响华法林的抗凝效果,华法林VKORC1 1639G> A基因多态性、肝肾功不全等疾病状态亦可解释该患者对华法林所需维持剂量较低的现象。临床药师对患者的治疗方案进行了个体化药学监护,并对患者进行了华法林用药教育。结论 :相互作用、华法林基因多态性和疾病状态多因素综合影响华法林的药动学和药效学。临床药师参与华法林抗凝治疗的个体化药学服务,有助于加强应用华法林的房颤合并肾功能不全患者的抗凝管理。(本文来源于《上海医药》期刊2019年13期）
何荣,原珂,林里,杨颖,邹世春[6]（2019）在《功能宏基因组学在新型抗生素耐药基因研究中的应用进展》一文中研究指出抗生素耐药性是二十一世纪人类面对的最严峻的环境健康问题之一.抗生素耐药基因(Antibiotics resistance genes, ARGs)被认为是一类新型环境污染物.当前针对ARGs的主要研究方法有细菌分离和培养法、聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)法、和宏基因组法.然而,仅有功能宏基因组方法能发现新型的ARGs.功能宏基因组方法利用新一代测序技术的高通量的特性,结合分子生物学技术和功能筛选构建有关抗生素耐药性的基因库,通过生物信息学分析高效地发现新型ARGs.本文综述了近来利用功能宏基因组技术筛选新型ARGs的相关研究进展,总结了功能宏基因学相关的技术和方法的优势和限制,并展望了功能宏基因学方法进一步发展的方向.(本文来源于《环境化学》期刊2019年07期）
李伟程[7]（2019）在《自然发酵乳中乳酸乳球菌乳酸亚种群体遗传学和功能基因组学研究》一文中研究指出乳酸乳球菌乳酸亚种(Lactococcus lactissubsp.lactis,L.lactissubsp.lactis)是乳球菌属的模式种,既是自然发酵乳中常见乳酸菌,也是生产奶酪和低温发酵乳等发酵乳制品常用的发酵剂菌种之一。L.lactis subsp.lactis具有广泛的应用前景和较高的经济价值。系统解析L.lactis subsp.lactis的遗传背景、进化历程和功能特征对开发利用L.lactis subsp.lactis有着极为重要的意义。但从群体基因组水平解析L.lactis subsp.lactis遗传背景和功能特征的研究鲜有报道。本研究采用Illumina Hiseq高通量测序平台完成了 227株分离自自然发酵乳制品中的L.lactis subsp.lactis基因组重测序技术,结合NCBI已公布的89株全基因组序列,利用群体遗传学手段解析了L.lactis subsp.lactis群体的遗传背景、系统发育关系和种群结构,揭示了不同遗传谱系菌株的功能特征,利用全基因关联分析(genome-wide association analysis,GWAS)在基因组中对与关键表型相关的基因和位点进行了定位。主要研究结果如下:(1)完成了 227株L..lactis subsp.lactis基因组草图的绘制,从全基因组水平对L.lactis subsp.lactis的遗传多样性进行分析,结合ANI值和TNI值,阐明L.lactis subsp.lactis遗传多样性极其丰富,高于传统细菌分类学定义中的亚种水平。(2)以L.lactis subsp.lactis IL1403为参考序列对单核苷酸多态性进行分析,共鉴定78,624个SNP位点和4,517个InDel。在全基因水平对群体的进化推动力进行了分析,整个重组带来的SNP多于突变,有效种群大,且受到较强的纯化选择压力。(3)结合NCBI已公布89株基因组数据,构建了 435个核心基因和18,719个泛基因集。深入的系统发育分析和群体结构分析发现,L.lactis subsp.lactis群体可以划分为四个分支,其中包含一个环境谱系和叁个驯化谱系。四个谱系之间存在至少两个以上的独立的驯化事件。环境谱系菌株先出现驯化谱系后出现,且环境谱系菌株为整个群体遗传多样性的提供者。(4)功能基因组学研究发现,不同遗传谱系菌株之间在碳水化合物活性酶、冷热应激蛋白等功能基因拷贝数上存在显着差异,且这些差异大多是由插入序列及质粒等可移动遗传元件导致。结果表明,可移动遗传元件可能帮助不同谱系的菌株适应环境。(5)不同驯化谱系菌株之间,发酵能力存在差异。通过GWAS将菌株基因组与发酵表型数据进行关联,定位影响关键表型的基因位点。GWAS共定位到76个位点和152个基因与34个表型存在关联,关联的基因主要集中于蛋白水解酶pepF、pepO、寡肽转运酶oppC、oppD和竞争蛋白CoiA五个基因上。上述基因可能影响菌株的生长,故影响大多数表型。基于上述位点构建随机森林模型以区分菌株发酵速度快慢,模型准确度AUC高达82.19%。本研究从基因组水平,基于群体遗传学和功能基因组学方法解析L.lactis subsp.lactis群体遗传背景和功能特征,定位影响表型差异的关键功能基因位点,为优良生产特性菌株的挖掘提供科学的指导,具有重要的实际生产意义。(本文来源于《内蒙古农业大学》期刊2019-06-01）
吴琴琴,孙敏,陈雨,付雅琴,曾斌[8]（2019）在《米曲霉功能基因组研究策略和进展》一文中研究指出丝状真菌米曲霉是发酵工业中的重要菌种,常用于酱油、豆豉、次级代谢产物及酶类产品的生产。近年来,随着米曲霉全基因组序列的破译,米曲霉的功能基因组研究成为一个热点。由于米曲霉转化体系的不成熟和多核现象的存在,导致了米曲霉功能基因组研究的进展缓慢。综述了米曲霉目前所用的几种遗传转化策略,并比较了它们之间的优缺点;介绍了近几年米曲霉的功能基因组研究进展,重点阐述了米曲霉蛋白质分泌、分生孢子形成和次级代谢产物合成等重要的功能基因研究结果 ;最后对米曲霉在传统酿造和工业用酶及其次级代谢产物生产的应用上进行了展望。(本文来源于《生物技术通报》期刊2019年08期）
[9]（2019）在《“七大农作物育种”重点专项“水稻功能基因组研究与应用”项目召开2019年工作推进会》一文中研究指出2019年3月21日～22日,华中农业大学承担的国家重点研发计划"七大农作物育种"重点专项(以下简称"育种专项")"水稻功能基因组研究与应用"项目在海南省陵水县召开2019年工作推进会。中国科学院林鸿宣院士、韩斌院士、曹晓风院士、种康院士作为特邀专家和该项目参与人员共70余人参加会议。科技部农村技术开发中心育种专项管理团队应邀参加会议。(本文来源于《中国农业科技导报》期刊2019年05期）
李虹艾[10]（2019）在《系统性红斑狼疮患者功能基因组的分析与验证》一文中研究指出目的:利用已发表的基因表达综合数据库查找系统性红斑狼疮(Systemic Lupus Erythematosus,SLE)相关的基因表达标记,下载基因芯片表达数据并进行meta分析,寻找SLE基因表达标记特征的交集,分析并总结出SLE关键基因表达标记组群,并进行验证。从而为确定SLE的关键基因以及疾病预防、早期诊断和药物靶点治疗等提供参考与理论依据。方法:从NCBI(National Center for Biotechnology Information)GEO(Gene Expression Omnibus)数据库和PubMed数据库下载DNA微阵列基因表达标记数据,找出15个与SLE表型相关的的DNA微阵列数据集,然后将它们分成训练数据集(13个数据集)和验证数据集(2个数据集),分别包括1,869和1,171个样本(见S1表)。使用EXALT(Expression Analysis Tool)软件行meta分析,我们从训练数据组的13个数据集中提取关键基因表达标记组群,然后用验证数据组中2个数据集的样本对所分析出来的关键基因表达标记组群进行回顾性和前瞻性验证。将验证数据集中的SLE预测情况与实际临床诊断进行比较,主要预测指标是验证数据组的SLE诊断或SLE疾病活动度(Disease Activity,DA),使用统计产生的阳性预测值(Positive predictive value,PPV)、阴性预测值(Negative predictive value,NPV)、敏感度和特异度评估其预测性能。使用统计软件R(版本3.3.3)进行受试者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)曲线分析,以确定关键基因表达标记组群对疾病预测的灵敏度、特异度以及ROC曲线下的面积(Area under curve,AUC),进而评估所筛选出的SLE关键基因表达标记组群对疾病的预测能力。结果:从训练组的13个数据集中,我们筛选出了100个与DNA传感器和IFN信号通路有关的一致基因,并定义为SLEmetaSig100。在对验证数据集(GSE65391和GSE11909)的样本(n=1,171)进行验证时,我们发现SLEmetaSig100可将1,171个验证样本区分成两组(SLE组和正常组)。当与已知的临床诊断进行交叉检查,我们发现数据集GSE65391的SLE组中只有1例正常样本,数据集GSE11909的SLE组中没有正常样本,而其余正常样本(GSE65391中的71个和GSE11909中的20个)均被正确地分在正常组中。经统计学检验得出SLEmetaSig100具有高PPV(97%-99%)、特异度(84%-85%)和灵敏度(60%-84%),ROC曲线结果显示两个数据集(GSE65391和GSE11909)的AUC分别为0.89和0.85。结论:SLEmetaSig100可以将临床样本分为与SLE疾病状态组和正常组。其基因表达特征谱与疾病活动性相关,且能前瞻性对SLE病人实现个体化分类。SLEmetaSig100包含了SLE相关的关键基因集合,对SLE疾病状态和疾病活动具有很强的预测价值,能够促进当前SLE的临床诊断,并提供SLE疾病活动的个性化免疫监测,从而为确定SLE的关键基因以及疾病预防、早期诊断和药物靶点治疗等提供理论依据。(本文来源于《南华大学》期刊2019-05-01）
功能基因组学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
叁峡水库建成以来,水生环境发生了显着的变化,水库浮游微生物在关键生源要素循环中发挥关键驱动作用。为了分析叁峡库区重庆段水体浮游微生物的功能及多样性,于2015年5月对叁峡库区重庆主城段(北碚、朱沱、木洞)表层水环境总DNA样本进行了提取。调查水域总磷(total phosphorus,TP)、总氮(total nitrogen,TN)已分别达到IV、V类水标准,水体污染主要是由TN,TP造成的,各调查水域均处于中营养至重富营养状态。基于宏基因组学技术在Illumina HiSeq4000平台上对总的浮游微生物进行了序列测定,分析了重庆主城段水环境浮游微生物的物种以及功能结构特征。结果显示,朱沱和木洞点位水体优势门为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。北碚点位水体优势门为放线菌门、变形菌门、拟杆菌门和蓝细菌门(Cyanobacteria)。在属水平上,颤藻属(Oscillatoria)和微鞘藻属(Microcoleus)只出现在北碚点位的嘉陵江表层水体,其余两处几乎没有。在对3组样本一共99 472条基因进行通路分析时,有54 340条有功能注释结果。由直系同源聚类(cluster of orthologous group,COG)注释结果得知,浮游微生物物种基因的主要功能为翻译、核糖体结构和生物合成、氨基酸转运和代谢。Pearson相关分析结果显示:水温(T)、总碳(total carbon,TC)、溶解有机碳(dissolved organic carbon,DOC)是影响叁峡库区重庆段浮游微生物群落结构的重要环境因子。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
功能基因组学论文参考文献
[1].梅磊,肖钦之,陈进红,祝水金.3个棉属中植物络合素合酶的比较基因组学鉴定与功能预测[C].2019年中国作物学会学术年会论文摘要集.2019
[2].罗芳,鲁伦慧,李哲,付川,闫彬.基于宏基因组学的叁峡库区重庆主城段水体浮游微生物群落的组成和功能分析[J].叁峡生态环境监测.2019
[3].常亚军,廖永林,蒋兴川,王桂荣,杨斌.草地贪夜蛾及其功能基因组学的研究进展[J].植物保护.2019
[4].詹忠根.铁皮石斛基因组学、转录组学与功能基因研究进展[J].中草药.2019
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[7].李伟程.自然发酵乳中乳酸乳球菌乳酸亚种群体遗传学和功能基因组学研究[D].内蒙古农业大学.2019
[8].吴琴琴,孙敏,陈雨,付雅琴,曾斌.米曲霉功能基因组研究策略和进展[J].生物技术通报.2019
[9]..“七大农作物育种”重点专项“水稻功能基因组研究与应用”项目召开2019年工作推进会[J].中国农业科技导报.2019
[10].李虹艾.系统性红斑狼疮患者功能基因组的分析与验证[D].南华大学.2019
论文知识图
