基于生物信息学分析Mindin低表达Huh7细胞的差异表达基因

论文摘要

目的构建Mindin低表达的Huh7细胞并对其进行转录组学研究,以探索Mindin的生物学作用。方法设计并合成Mindin干扰序列,通过慢病毒载体GV248将其导入Huh7细胞,实时定量PCR检测对Mindin转录水平的抑制效果,获得Mindin低表达Huh7细胞并对该细胞及其对照细胞进行转录组学研究,生物信息学分析表达异常基因,Pathway分析Mindin可能参与的生物学功能。计量资料2组间比较采用t检验。结果与对照细胞相比,含干扰序列的慢病毒感染Huh7细胞后,其Mindin mRNA的敲减效率为63. 8%（P=0. 003）。Mindin稳定低表达的Huh7细胞迁移率明显高于对照细胞（3. 511±0. 538 vs 1. 701±0. 765,t=-3. 355,P=0. 03）。与对照细胞相比,Mindin低表达Huh7细胞有2888个上调基因,2516个下调基因。取满足∣log2FC∣> 2. 0且P <0. 05的895个差异表达基因进行GO分析和Pathway分析。Pathway分析排名前10位的Mindin参与的生物学功能依次为:肿瘤信号通路、趋化因子信号通路、系统性红斑狼疮、甘油磷酸酯代谢、神经活性配体受体相互作用、肥厚性心肌病、甘油酯代谢、MAPK信号通路、凝血与补体级联反应和基底细胞癌。结论成功构建了Mindin低表达Huh7细胞,Mindin的生物学功能涉及广泛,包括肿瘤、趋化因子和脂代谢等方面。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 主要材料和试剂
•   1.2 实验方法
•     1.2.1 慢病毒感染Huh7细胞分组
•     1.2.2 敲减效率检测
•     1.2.3 Transwell检测细胞迁移能力
•     1.2.4 基因芯片检测与生信分析
•   1.3 统计学方法
• 2 结果
•   2.1 慢病毒感染效率鉴定
•   2.2 3条干扰序列敲减效率筛选
•   2.3 Mindin低表达的Huh7细胞迁移能力
•   2.4 基因芯片检测与分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张欣,王沐淇,王文俊,李亚萍,石娟娟,李梅,贾晓黎,党双锁

关键词: 转录组,信号传导,计算生物学

来源: 临床肝胆病杂志 2019年10期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学,生物医学工程

单位: 西安交通大学第二附属医院感染科

基金: 国家自然科学基金(81500453),陕西省社发科技攻关项目(S2015YFSF0363)

分类号: Q811.4;R341

页码: 2272-2277

总页数: 6

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