导读:本文包含了测序分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,菌种,基因组,多样性,霍尔,青风藤,序列。
测序分析论文文献综述
龙驭云,李孝东,汤欣欣,尹婷,杨舒婷[1]（2019）在《基于高通量测序技术的稽留流产绒毛遗传学分析》一文中研究指出目的应用高通量测序技术检测稽留流产绒毛染色体,探讨稽留流产与染色体异常的关系,为患者的下一次妊娠提供临床指导。方法借助高通量测序技术,对111例稽留流产绒毛进行染色体检测,统计染色体异常的类型及所占比例,并将检测结果与临床诊断指征结合,做进一步分析。结果 111例稽留流产绒毛样本检测成功率100. 0%;高通量测序结果显示:111例稽留流产绒毛样本中染色体正常46例(41. 4%);染色体异常65例,异常率为58. 6%。其中以染色体数目异常占比最高,有50例(45. 0%);染色体结构异常15例(13. 5%);初次流产患者组31例,染色体异常率为54. 8%(17/31),两次及两次以上流产患者组73例,染色体异常率为61. 6%(45/73),7例患者信息不详,排除在外。结论染色体异常是孕妇稽留流产的主要危险因素,其中最主要为染色体数目异常;流产次数与稽留流产绒毛染色体异常之间无相关性;高通量测序技术检测绒毛染色体具有高效、快速、准确及可以实现全基因组覆盖等优点,能检测出稽留流产组织的染色体异常具体情况,对孕妇的再次妊娠具有重要的临床指导意义。(本文来源于《中国妇幼保健》期刊2019年24期）
胡思群,朱碎永,施顺秋,钟锦灶,林甲进[2]（2019）在《B亚型血清学鉴定及基因测序分析》一文中研究指出目的探讨B亚型血清学鉴定及基因测序分析。方法采用血型血清学方法鉴定ABO血型,采用PCR-SSP、ABO基因分型、基因测序等方法进行分型和序列分析。结果血清学鉴定发现4例B亚型,其中基因型B303/O2 3例、Bw11/02 1例;基因测序发现第3内含子intron3+5 G/A杂合3例、nt695 T/C杂合突变1例。结论采用血型血清学鉴定,结合基因分型技术是正确鉴定ABO亚型的策略。(本文来源于《中国卫生检验杂志》期刊2019年23期）
李琼琼,范一灵,宋明辉,秦峰,杨美成[3]（2019）在《基于高通量测序的6类中药饮片污染微生物群落特征分析》一文中研究指出目的:研究6类中药饮片中污染微生物的群落特征,为中药饮片微生物限度标准制定提供依据。方法:参照《中华人民共和国药典》2015年版,对6类中药饮片共60批样品进行耐胆盐革兰阴性菌和沙门菌检查,采用VITEK生化鉴定系统对选择性分离平板上的微生物菌落进行鉴定,并基于16S rRNA高通量测序方法研究中药饮片中污染微生物的群落特征。结果:共有28批样品检出耐胆盐革兰阴性菌,不同类别饮片中耐胆盐革兰阴性菌的检出率差异较大,而沙门菌均未检出;菌株生化鉴定结果表明,6类中药饮片中污染的微生物均属于变形菌门,分布于14个属,其中包含阪崎克罗诺杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、奇异变形杆菌、鲍氏不动杆菌等致病菌或条件致病菌;16S rRNA高通量测序微生物多样性分析结果表明,中药饮片污染微生物主要分布于6个门、27个属,不同类别中药饮片中的优势菌属具有明显差异。结论:16S rRNA高通量测序方法比传统培养法能够获得更加全面的中药饮片中污染微生物群落信息,不同类别中药饮片中污染微生物群落的组成具有一定差异,多种致病菌的检出提示中药饮片污染微生物具有一定的致病风险。(本文来源于《药物分析杂志》期刊2019年11期）
冯震,杨燕,张宁,蒋波,李芳[4]（2019）在《基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定与系统进化分析》一文中研究指出目的:建立伯克霍尔德菌属典型菌株DNA促旋酶亚基B(gyrB)基因序列鉴定方法,为该菌属污染物的鉴定和分类提供研究思路和方法依据。方法:选择伯克霍尔德菌属内的典型菌株,以gyrB基因为研究靶点,设计引物,特异性扩增gyrB基因片段,测定核酸序列,并进行聚类比对分析。结果:伯克霍尔德菌属内的典型菌株鉴定的gyrB基因特征序列可满足"种"水平的鉴定。结论:本文建立了基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定方法,菌株鉴定的gyrB基因特征序列可满足"种"水平的鉴定,为该菌属污染物的鉴定与风险排查提供方法依据。(本文来源于《药物分析杂志》期刊2019年11期）
葛瑛,范思远,陈健华,申奥,窦洪涛[5]（2019）在《隐球菌脑膜炎患者脑脊液宏基因组二代测序结果分析》一文中研究指出目的评价脑脊液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在隐球菌脑膜炎诊断中的潜在应用价值。方法回顾性收集北京协和医院2014年1月至2016年12月采用脑脊液mNGS技术辅助确诊的6例隐球菌脑膜炎患者临床资料,包括脑脊液常规、生化、细胞学、培养、墨汁染色等实验室检测结果,应用BGISEQ-100测序平台进行脑脊液病原测序,综合分析患者的临床、实验室和辅助检查结果。结果 6例患者中,男性4例,女性2例,年龄26～53岁,中位年龄51岁。6例患者均无免疫缺陷性疾病,有头痛、脑膜刺激症状及颅内压增高表现,5例患者出现发热,2例患者出现复视。脑脊液常规检查示白细胞和蛋白轻度升高,糖正常或轻度降低; 5例患者脑脊液墨汁染色阳性,4例患者脑脊液隐球菌抗原检测阳性,2例患者脑脊液真菌培养阳性。脑脊液mNGS检测隐球菌核酸序数为108～25 361,基因覆盖率0. 19%～29. 00%; 5例提示新型隐球菌感染,其中3例经PCR检测证实为新型隐球菌感染; 1例提示格特隐球菌感染,经生物质谱仪检测证实为格特隐球菌感染。结论脑脊液mNGS技术可准确判断隐球菌感染,并对鉴别格特隐球菌具有一定优势,有助于降低免疫功能正常人群隐球菌脑膜炎的漏诊率。(本文来源于《协和医学杂志》期刊2019年06期）
曾茜垚,乔克威,李雨嫣,周喜新,杨华[6]（2019）在《基于转录组测序的青风藤内青藤碱合成途径分析》一文中研究指出目的探究控制青藤碱含量的表达基因、青藤碱合成途径中的控制位点以及表达路径。方法利用HPLC法对6个种群共49株青风藤的根和茎分别进行了青藤碱含量的测定,选定青藤碱含量差异倍数大的2个种群,即陕西宝鸡与贵州遵义,分别选取其中最具代表性的青风藤植株,并取其根和茎进行转录组测序,命名为HR/LR、HS/LS。结果将clean reads进行拼接得到355 201个转录本,其中包括275 491个Unigene。在HR/LR和HS/LS中差异基因分别有23 562和37 143个。GO分析显示这些差异基因功能明显富集在天冬氨酸型肽链内切酶活性与天冬氨酸肽酶活性上,推测这些差异基因可能编码这2种酶。KEGG富集结果表明HR与LR以及HS与LS 2组中的差异基因共同参与糖类代谢、蛋白质与细胞膜结合、维生素C合成。qR T-PCR验证了异喹啉生物碱合成途径上游关键基因表达情况,发现与青藤碱的积累呈正相关。结论本研究初步了解了造成青藤碱含量差异的分子机制,为深入了解青藤碱积累规律与合成途径提供了参考。(本文来源于《中草药》期刊2019年22期）
杨光,孙兰英,段亚东,周双,张鹍[7]（2019）在《基于简化基因组测序的树莓(Rubus corchorifolius)遗传分析》一文中研究指出为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近,分析群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。本试验选用23份栽培种树莓利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序,以黑树莓(Rubus occidentalis)基因组为参考基因组进行酶切预测,对照选择粳稻(Oryza sativa spp. japonica)品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得59.93 Mb的读长数据,读长范围在1 960 847～5 046 748之间,对照数据的双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,共获得425 402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121 610个。获得749 811个有效单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP),利用这些SNP对23份树莓材料完成系统进化树,群体的PCA分析,从群体结构分析结果发现这23份树莓都来源于同一祖先,只是在生长发育过程中发生了遗传分化。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年22期）
邓雯文,李才武,赵思越,李仁贵,何永果[8]（2019）在《大熊猫源致病大肠杆菌CCHTP全基因组测序及耐药和毒力基因分析》一文中研究指出致病性大肠杆菌是引起动物泌尿系统感染的重要病原菌,本研究对泌尿生殖道感染出现潜血的大熊猫尿液中分离的一株致病性大肠杆菌(Escherichia coli CCHTP)进行全基因组测序,检测其中耐药基因和毒力因子的情况,同时对基因岛上耐药和毒力基因及其基因环境进行研究。研究发现,大肠杆菌CCHTP中存在多种类型的耐药基因,其中外排泵系统基因数量最多,包括mdf A、emr E和mdt N等介导多重耐药外排泵的基因。此外,该菌还携带166种毒力因子及563个相关毒力基因,其中属于黏附与侵袭类的毒力因子及相关基因数量最多。对19个基因岛分析发现,基因岛GIs011和GIs017中各有一段包含耐药和毒力基因的序列,两侧与可移动遗传元件(转座酶和插入序列)相连,这些结构可能介导耐药及毒力基因水平转移。本研究通过全基因组测序分析了大熊猫源致病性大肠杆菌中存在的耐药及毒力基因情况,对大熊猫相关疾病的科学治疗、合理用药有重要意义。(本文来源于《遗传》期刊2019年12期）
宋伦,吴景,李楠,孙明,杜静[9]（2019）在《基于高通量测序的真核微藻多样性质控分析》一文中研究指出利用测序数据质量、序列聚类水平、测序数据量的合理性探讨,对辽东湾真核微藻进行高通量测序,比较不同序列聚类水平对真核微藻多样性研究的影响,以期进一步优化真核微藻的分子鉴定技术。结果发现,辽东湾17个站位每个样品获得的高质量序列数均超过87%,用于注释的序列数中碱基占比超过97%,表明测得的数据准确可靠。97%序列聚类水平对目标物种丰度的鉴定准确度较高,也会降低对物种多样性的高估。利用稀释曲线和等级聚类曲线可评估测序数据量的合理性,当曲线趋向平坦,说明测序数据量渐进合理,增加测序数据量浪费时间和成本,辽东湾的测序量无论站位评估还是组内评估均达到合理水平。根据高通量测序结果,整理了种水平辽东湾浮游植物名录、分布及特性,名录包含90种藻类,其中7种可导致鱼类死亡,25种引发过赤潮或褐潮,21种含有毒素。(本文来源于《水产科学》期刊2019年06期）
田佳,吴楠,解诗雨,黄志伟,原尚奇[10]（2019）在《基于高通量测序的土壤中ermF基因宿主细菌多样性分析》一文中研究指出为探究土壤环境中抗生素抗性基因宿主微生物的多样性,本研究以天津地区的农田土壤为研究对象,利用高通量测序技术对土样中大环内酯类抗性基因ermF的宿主细菌在不同分类水平的多样性进行了评估。土样中宿主细菌种类覆盖9个门,39个科,42个属。4个土样之间所共有的OTUs只占总OTUs数目的 0.5%,说明样品间宿主细菌群落的差异性显着,可能主要与采样地点不同有关。在所有土样中,ermF基因的优势宿主细菌在门的水平上均为拟杆菌门(Bacteroidetes,相对丰度50.3%～87.7%);同时检测到少量的变形菌门(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),占比均小于4.2%。土样中ermF优势宿主细菌在科水平上都为拟杆菌科(Bacteroidaceae,相对丰度50.3%～87.5%),在属水平上都为拟杆菌属(Bacteroides,相对丰度50.3%～87.5%),其中相对丰度大于0.1%的ermF的宿主菌属有14种。(本文来源于《天津农业科学》期刊2019年11期）
测序分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的探讨B亚型血清学鉴定及基因测序分析。方法采用血型血清学方法鉴定ABO血型,采用PCR-SSP、ABO基因分型、基因测序等方法进行分型和序列分析。结果血清学鉴定发现4例B亚型,其中基因型B303/O2 3例、Bw11/02 1例;基因测序发现第3内含子intron3+5 G/A杂合3例、nt695 T/C杂合突变1例。结论采用血型血清学鉴定,结合基因分型技术是正确鉴定ABO亚型的策略。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
测序分析论文参考文献
[1].龙驭云,李孝东,汤欣欣,尹婷,杨舒婷.基于高通量测序技术的稽留流产绒毛遗传学分析[J].中国妇幼保健.2019
[2].胡思群,朱碎永,施顺秋,钟锦灶,林甲进.B亚型血清学鉴定及基因测序分析[J].中国卫生检验杂志.2019
[3].李琼琼,范一灵,宋明辉,秦峰,杨美成.基于高通量测序的6类中药饮片污染微生物群落特征分析[J].药物分析杂志.2019
[4].冯震,杨燕,张宁,蒋波,李芳.基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定与系统进化分析[J].药物分析杂志.2019
[5].葛瑛,范思远,陈健华,申奥,窦洪涛.隐球菌脑膜炎患者脑脊液宏基因组二代测序结果分析[J].协和医学杂志.2019
[6].曾茜垚,乔克威,李雨嫣,周喜新,杨华.基于转录组测序的青风藤内青藤碱合成途径分析[J].中草药.2019
[7].杨光,孙兰英,段亚东,周双,张鹍.基于简化基因组测序的树莓(Rubuscorchorifolius)遗传分析[J].分子植物育种.2019
[8].邓雯文,李才武,赵思越,李仁贵,何永果.大熊猫源致病大肠杆菌CCHTP全基因组测序及耐药和毒力基因分析[J].遗传.2019
[9].宋伦,吴景,李楠,孙明,杜静.基于高通量测序的真核微藻多样性质控分析[J].水产科学.2019
[10].田佳,吴楠,解诗雨,黄志伟,原尚奇.基于高通量测序的土壤中ermF基因宿主细菌多样性分析[J].天津农业科学.2019
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