基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性

论文摘要

目的应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实验动物奠定基础。方法采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16S rRNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。结果共测序获得315 511条有效序列与596个OTU。普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54. 52%和25. 39%2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54. 5%和17%。3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50. 01%和20. 52%。4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43. 14%和11. 33%。5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11. 33%11. 12%。6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有。7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。这10个种占到33. 16%,其他53种总和仅占到0. 74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。8) PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 实验动物
•     1.1.2 样本采集
•     1.1.3 主要试剂和仪器
•   1.2 方法
•     1.2.1 细菌总DNA提取及PCR扩增
•     1.2.2 文库构建和上机测序
•   1.3 统计学分析
• 2 实验结果
•   2.1 测序水平
•   2.2 样品的复杂度分析
•   2.3 物种注释
•     2.3.1 在门水平上的菌群组成
•     2.3.2 在纲水平上的菌群组成
•     2.3.3 在目水平上的菌群组成
•     2.3.4 在科水平上的菌群组成
•     2.3.5 在属水平的菌群组成
•     2.3.6 在种水平的菌群组成
•     2.3.7 PICRUS功能预测
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张飞燕,金洁,刘超,王芸,谢丽分,张晓迪,邬继文,吕龙宝

关键词: 普通棉耳狨猴,粪便,高通量测序,物种组成,优势菌群

来源: 中国实验动物学报 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 中国科学院昆明动物研究所,中国科学院昆明灵长类研究中心

分类号: Q938

页码: 366-373

总页数: 8

文件大小: 502K

下载量: 326