拉萨野生棕色蘑菇的全基因组测序

论文摘要

本研究采用Illumina Hiseq二代测序和GridION Nanopore纳米孔三代测序结合对拉萨市野生棕色蘑菇进行基因组测序获得4083207300bp的原始数据,数据经过处理后,拼接获得18条完整的染色体,开放阅读框和基因数为3798个,合计30069126bp,最小的染色体长度为46397bp,最大的3600717bp,全基因组的GC含量为46.53%,每条染色体平均长度为1.67Mbp。利用KOG对3798个基因进行功能注释,主要分为24类功能。同时使用MISA程序对参考基因组序列中的微卫星重复位点进行分析,得到3134个微卫星标记位点。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料与试剂
•   1.2 仪器与设备
•   1.3 方法
•     1.3.1 基因组DNA提取及检测。
•     1.3.2 基因组大小预测及建库。
•     1.3.3 数据过滤处理。
•     1.3.4 数据质量控制。
•     1.3.5 基因组拼接及注释。
•     1.3.6 基因组微卫星标记。
• 2 结果与讨论
•   2.1 棕色蘑菇基因组DNA提取质量检测
•   2.2 基因组预测及建库
•   2.3 数据质量控制及处理
•   2.4 基因组拼接及注释
•   2.5 基因组微卫星标记
• 3 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 郭晓飞,汪艳,德吉,牟涛,李俊,秦强,杨满军

关键词: 拉萨棕色蘑菇,全基因组,测序

来源: 西藏科技 2019年12期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 园艺

单位: 拉萨市高原生物研究所,西藏职业技术学院

基金: 西藏自治区重点研发及转化计划项目“关于拉萨野生棕色蘑菇资源挖掘与开发”(XZ201801NB23)

分类号: S646.11

页码: 17-21

总页数: 5

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