16S扩增子技术研究海鲜样本菌群结构组成

论文摘要

目的使用高通量测序方法探究海鲜样本菌群组成,为基于宏基因组方法的食品潜在致病风险分析和病原体监测提供参考。方法对来自北戴河某海鲜市场的8种海鲜样本进行16S扩增子测序,使用生物信息学方法对物种组成和微生物多样性进行分析。结果北戴河不同类型海鲜样品菌群结构均以变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、柔膜菌门(Tenericutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、蓝藻(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)为主,变形菌门的流行说明具有腐败风险。样本间优势菌群存在差异,属水平栖热菌属和假单胞菌属的存在提示有致病的可能性。同源性序列比对检测到副溶血弧菌并使用PCR验证到2例副溶血弧菌阳性。结论该研究分析4种不同类型海鲜样本的优势菌群及可能的致病风险,并检测到致病病原副溶血弧菌,可为防控北戴河地区食源性疾病暴发提供决策依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 样本采集处理及核酸提取
•   1.2 16S rDNA扩增
•   1.3 文库建库及MiSeq测序
•   1.4 数据分析
•   1.5 PCR验证
• 2结果
•   2.1海产品样本数据量
•   2.2海产品样本物种OTU聚类和物种注释
•   2.3 Alpha多样性
•   2.4 Beta多样性
•   2.5副溶血弧菌检测结果
• 3讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李沛翰,林彦锋,王凯英,杜昕颖,邱少富,王升启,李鹏,宋宏彬

关键词: 扩增子测序,海鲜样本,菌群组成

来源: 军事医学 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,工程科技Ⅰ辑

专业: 轻工业手工业,预防医学与卫生学

单位: 军事科学院军事医学研究院,解放军疾病预防控制中心

基金: 国家科技重大专项(2018ZX10201001-003),北京市科技新星计划(Z181100006218110)

分类号: R155.5

页码: 282-287

总页数: 6

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