导读:本文包含了基因组结构论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,基因,噬菌体,结构,小麦,叶绿体,弧菌。
基因组结构论文文献综述
答嵘,王伟[1]（2019）在《柯萨奇病毒B5基因组进化存在结构蛋白编码区VP4的重组》一文中研究指出目的重组是肠道病毒进化的重要机制,大多数重组事件发生在包括P2和P3的肠道病毒的非编码区中,但是在埃可病毒30株中首次发现了作为蛋白质编码区的VP4区域中的重组,本研究旨在探讨柯萨奇病毒B5(CVB5)中是否存在类似的重组事件。方法从GenBank中检索CVB5的核苷酸序列,分别在5′UTR和VP1区域中进行系统发育分析。此外,跨越5′UTR-VP4-5′VP2的部分基因组用于检测重组并使用序列相似性作图(Similarity plot)来分析重组体。结果 5′UTR和VP1系统发育树显示5′UTR和VP1之间有4个病毒株位于不同簇中,表明这些病毒株中存在重组事件。Similarity plot分析表明,CVB5AY875692的5′UTR-VP4-5′VP2区域存在交叉,序列分析证明VP4区域存在重组位点。结论 CVB5在VP4区域具有重组事件,表明结构蛋白编码区亦可作为CVB5重组的候选基因位点。(本文来源于《国际检验医学杂志》期刊2019年23期）
宋玉茵[2]（2019）在《基因组3D结构的功能研究》一文中研究指出基因携带着生物体全部遗传信息,基因的表达是通过中心法则的两个过程即转录和翻译,将DNA遗传密码表达成为蛋白质的氨基酸序列。基因的表达对于生命活动的进行有着重要意义。基因组是细胞核内的全部DNA的总和,其中编码蛋白质的DNA约占基因组的2%,其余的绝大多数的非编码区域虽然不表达任何蛋白质,但是对于编码基因的表达起到了重要的调控作用。DNA缠绕组蛋白,并以八聚体的方式堆积成染色质并进一步压缩成为染色体,此外不同区域的DNA也会相互发生作用,形成基因组的3D结构。研究表明基因组的3D结构对于基因表达发挥着重要的调控作用,并与癌症的发生发展和药物反应等有关。本研究综述了关于基因组3D结构的研究进展、研究方法并对于其在癌症治疗过程中作用进行了进一步探究。(本文来源于《科学技术创新》期刊2019年30期）
白晓璟,王玉奎,左同鸿,刘倩莹,廉小平[3]（2019）在《甘蓝PMEI家族基因结构、基因组分布和表达分析》一文中研究指出为了弄清甘蓝PMEI家族基因成员数、基因结构和分布及其与自交不亲和性的关系,利用转录组测序和相关生物信息学方法对其进行了基因结构分析和全基因组鉴定,对家族基因进行了表达谱分析,并通过实时荧光定量PCR技术验证了基因的表达情况。结果表明,甘蓝中PMEI家族包含101个基因,分为11组,其成员不均匀分布在9条染色体上,主要通过全基因组叁倍体复制(wholegenome triplication,WGT)和串联复制事件进行倍增,与拟南芥在1 556万年前发生分化。数字表达谱分析发现在101个基因中,BoPMEI56、BoPMEI54、BoPMEI32、BoPMEI29、BoPMEI78、BoPMEI30、BoPMEI57、BoPMEI58和BoPMEI84这9个基因在自花和异花授粉后表达趋势有明显差异。荧光定量PCR结果显示,其在自花授粉和异花授粉的表达变化趋势与转录组分析结果基本一致。这些结果表明:BoPMEI家族的101个成员中,可能至少有9个基因以不同方式参与调控甘蓝自花和异花授粉后的反应过程,可能与甘蓝自交不亲和性有关。(本文来源于《园艺学报》期刊2019年10期）
杨芳[4]（2019）在《七里香蔷薇叶绿体基因组测序及结构分析》一文中研究指出七里香蔷薇是蔷薇属木香花的一个变种,在秦岭山区广泛分布,具有重要的观赏价值,同时也是蔷薇属花卉育种的重要种质资源。本研究首次以秦巴山区七里香蔷薇为实验材料,采用Illumina HiSeq4000测序系统对其叶绿体基因组DNA建库测序,建库类型为350 bp DNA小片段文库,测序深度为59×。分析其基因组结构,并且与已报道蔷薇科植物叶绿体基因组进行比较。七里香蔷薇叶绿体基因组序列全长156 544 bp,具有典型被子植物叶绿体基因组环状四分体结构。叶绿体基因组包括大单拷贝区85 678 bp、小单拷贝区18 782 bp和2个反向重复序列26 042 bp。GC含量为37.22%;检测到116个串联重复序列43个散在重复序列;此外,还检测到72个简单重复序列位点。对其功能基因比对分析,该植物的叶绿体基因组共注释得到129个基因,包括86蛋白编码基因、35个tRNA基因和8个rRNA基因。用MEGA6.0软件通过邻近法基于叶绿体全基因组序列对所有已知叶绿体基因组的蔷薇科22个物种进行聚类分析,其与七里香蔷薇和大花香水月季、缫丝花聚在一起。研究结果对于七里香蔷薇野生植物资源的育种及引种驯化具有参考依据。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2019年08期）
李旭,赵林,樊粉霞,李哲,卢昕[5]（2019）在《4株霍乱弧菌非产毒株溶源性噬菌体pre-CTXΦ的基因组结构分析》一文中研究指出霍乱弧菌溶源性噬菌体CTXΦ携带霍乱毒素基因ctxAB,通过其结构基因gⅢ编码产生的PⅢ蛋白识别霍乱弧菌毒素共调菌毛(toxin co-regulated pilus, TCP)的主要结构亚单位TcpA,从而感染具有TCP的霍乱弧菌,使之成为产毒菌株。CTXΦ还有不携带ctxAB的前体pre-CTXΦ,根据CTXΦ基因组中调控基因rstR序列型不同,可分成不同的型别。在不同霍乱弧菌菌株的基因组中,已发现CTXΦ/pre-CTXΦ基因组及其亚型的多种组合排列方式。研究该噬菌体家族的基因组多样性,能够分析其进化及在霍乱弧菌产毒株形成中的作用。本研究发现了4株O1和O139群霍乱弧菌非产毒株具有pre-CTXΦ基因组及多样的rstR序列型,进一步对pre-CTXΦ在4株菌株中的基因组特征进行了分析。利用第3代基因测序法(短读长测序技术和单分子长读长测序技术),获得了4株菌株的基因组序列。利用长读长测序和拼接分析,精确地获得了具有长片段重复序列结构的pre-CTXΦ基因组排列,明确了4株测序菌株中多样的pre-CTXΦ基因组排列。在非产毒株基因组菌株VC3193中发现了携带古典型pre-CTXΦ;还在菌株VC702的pre-CTXΦ基因组中首次发现了肺炎克雷白菌的转座子结构(Gen Bank序列号:SRIL00000000)。在这4株测序菌株中,受体TcpA以及pre-CTXΦ的PⅢ蛋白也具有明显差异的序列,有TcpA和PⅢ新序列型,这提示了CTXΦ家族感染宿主菌的受体-配体相互识别的复杂对应关系。本研究丰富了对CTXΦ/pre-CTXΦ家族基因组及其整合排列的多样化认识,也为分析该溶源性噬菌体在不同遗传特征霍乱弧菌菌株间的水平转移和促使新产毒克隆形成方面提供了更多的证据。(本文来源于《微生物与感染》期刊2019年04期）
王晓亮,闫学青,胡昳恒,焦远年[6]（2019）在《关于普通小麦形成过程中基因组结构变异和基因重复的研究》一文中研究指出多倍化事件在被子植物中普遍存在,可以引起广泛的遗传和表观遗传变异,对生物产生创新性性状和多样化有重要贡献。多倍化后,基因组、转录组和表观遗传组等都会经历剧烈变化。小麦、棉花、油菜等许多作物都是相对近期形成的异源多倍体。小麦是世界叁大粮食作物之一,六倍体普通小麦形成过程中经历了两次异源多倍化过程。我们通过比较分析六倍体小麦及其祖先基因组,发现了一系列基因组结构变异,结合转录组数据,揭示基因组结构变异对基因表达的影响。此外,我们还发现了小麦族物种中存在大量的近期重复基因,且这些基因重复从小麦族分化前开始一直不断发生,其中包括了一些重要农艺性状相关的基因。研究发现基因重复可能主要与基因组中存在大量的重复序列有关。最后,通过结合前人对小麦驯化农艺性状分子机制的研究成果,探讨了基因重复和两次异源多倍化事件在普通小麦物种形成过程中所起到的重要作用。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
张吉瑾,张茜茜,鲁非[7]（2019）在《基于高深度重测序技术的小麦基因组结构变异检测》一文中研究指出小麦作为当今世界上主要的粮食作物之一,其育种工作是保障粮食安全以及应对未来气候变化的重要支撑。过去十年间,以单核苷酸标记(SNP)广泛应用为特征的分子选择育种取得了巨大成功,但是研究表明结构变异作为一种大规模的遗传变异对作物的表型变异也起到重要作用。由于基因组结构的复杂性和技术条件限制,小麦基因组结构变异尚未得到全面准确的检测和遗传效应评价,本研究旨在通过高深度重测序技术精确检测小麦基因组结构变异。本研究对小麦农家种PI80741和参考对照品种中国春进行重测序,利用结构变异检测软件Delly来检测结构变异(序列缺失、序列复制、序列插入、序列倒位)、探索结构变异在基因组中分布情况,评价Delly软件的检测效果并建立过滤模型,对于过滤后的结构变异进行基因变异注释。本研究最终对于缺失变异建立了逻辑回归过滤模型,将检测的准确率提高了20%,基因变异注释的结果表示99%的结构变异对基因表达产生了不同类型的影响,本研究为精确检测小麦基因组结构变异以及探索其遗传效应打下了基础,从而促进结构变异研究与小麦育种相结合,提高育种效率。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
杨剑,胡卫国,张玉娥,赵虹,王西成[8]（2019）在《河南1997-2013年核心小麦品种的群体结构解析及13个产量相关性状的全基因组关联分析》一文中研究指出黄淮麦区是我国最主要的小麦生产区,随着近些年小麦品种的大量审定,在2000-2010年间审定的小麦品种在小麦育种中仍然作为重要的亲本资源被加以利用,如周麦22,周麦18,郑麦366,矮抗58等,黄淮麦区小麦区域试验是我国农业技术试验示范(品种测试)项目的一部分,每年调查大量的田间产量相关性状,本研究选取1997-2013年间审定的96个核心小麦品种,利用其区域试验数据,同时我们在2014年新乡和安阳进行了随机区组试验,所有试验均设置2-3个重复,共调查13个产量相关性状,共获得2077×13的表型矩阵,利用随机效应模型对13个多年间的非平衡表型进行估算,相关性分析表明产量与千粒重、灌浆速率、穗粒数显着正相关,而与亩穗数不相关,而亩穗数分别与千粒重、穗粒数负相关,随后利用90K小麦SNP芯片对96份1997-2013年间审定的核心小麦品种进行群体结构分析,该群体共分为两个亚群,其分类与其育种亲本的选择相一致,而灌浆速率、成熟期、有效穗数及千粒重4个性状在两个亚群中差异显着。随后结合13个产量相关性状的表型数据进行全基因组关联分析,共检测到222个显着性位点,其中位于2BL上的染色体区段与产量、株高、千粒重、成穗率、抽穗期、成熟期显着相关。位于7BL上的染色体区段与产量、灌浆时间、成穗率、分蘖数、生育期、出苗期、抽穗期、成熟期显着相关,该结果说明小麦产量受多个组分协同影响,同时存在多个位点的共同效应。该结果为黄淮麦区小麦育种的资源利用提供参考,其检测到的显着位点为分子标记辅助育种打下基础。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
梁俊容,景怀琦[9]（2019）在《小肠结肠炎耶尔森菌基因组中前噬菌体基因结构特征分析》一文中研究指出目的了解小肠结肠炎耶尔森菌基因组中前噬菌体和噬菌体元件的携带情况及基因组结构特征。方法利用PHAST软件,对NCBI数据中18株已完成全基因组测序完成图的小肠结肠炎耶尔森菌的前噬菌体区域进行预测,并与参考噬菌体基因组序列进行比对,分析小肠结肠炎耶尔森菌前噬菌体基因的分布及其基因组特征。结果 18株小肠结肠炎耶尔森菌全基因组序列中前噬菌体携带率100%,共预测到141个前噬菌体区域,其中71个是具有完整噬菌体特征的前噬菌体,其余70个属于噬菌体元件。非致病性小肠结肠炎耶尔森菌LC20预测到的噬菌体区域最多,含有9个完整的前噬菌体和7个噬菌体元件,在一定程度上解释LC20菌株染色体基因组大于其余菌株,且含有更多重组及SNP位点的原因。截取71个完整前噬菌体区域的序列信息,与112株NCBI公布的噬菌体基因组序列进行聚类分析显示,共分为两个大簇。预测的前噬菌体与已知噬菌体之间不存在共有的核心基因组。部分前噬菌体区域含有毒力相关基因。结论小肠结肠炎耶尔森菌基因组中的前噬菌体具有基因组多样性,为噬菌体和宿主菌的协同进化研究奠定基础。(本文来源于《预防医学情报杂志》期刊2019年07期）
张小琼,郭剑,代书桃,任元,李凤艳[10]（2019）在《玉米花期根系结构的表型变异与全基因组关联分析》一文中研究指出【目的】根系作为植株吸收水分和养分的重要器官,对玉米生长及产量的形成至关重要。研究玉米根系结构的遗传机制指导玉米高产育种实践。【方法】以111份玉米优异自交系为材料,于2017年在北京、陕西永寿、山西定襄和河南原阳4个环境下对玉米地下节根层数(RLN)、地下节根总条数(TRN)、地下节根角度(RA)、地下节根面积(RS)、地下节根体积(RV)和地下节根干重(RDW)等6个玉米根系相关性状进行调查。取4个环境的平均值作为6个根系相关性状的表型数据,对6个相关性状进行统计分析和相关性分析,对不同年代、不同类群自交系的地下节根相关性状进行差异分析。基于该群体全基因组152 352个高质量SNP标记,利用FarmCPU模型进行全基因组关联分析获得显着关联SNP位点,并在LD衰减距离范围内查找候选基因,对候选基因的功能进行富集分析。【结果】表型分析表明,6个地下节根性状均呈现正态分布,且均显示出较高的遗传力;相关性分析结果表明,地下节根层数和总条数均与地下节根角度和面积呈负相关,地下节根的角度、面积、体积和干重等4个性状之间相互呈现显着正相关关系;不同年代的玉米地下根系结构存在差异,地下节根层数和总条数在年代的更替间表现出下降的趋势,地下节根角度和面积在年代更替间表现出上升的趋势,根干重和根体积在各年代间无显着差异;玉米地下根系结构在类群间也存在差异,旅大红骨类群的6个地下节根性状值均高于其余类群。全基因组关联分析共检测到26个SNP位点与地下节根层数、总条数、体积和干重性状显着关联(P<0.00001),其中11个显着关联位点定位于前人报道的根系QTL区间内,2个显着关联SNP在地下节根层数和总条数中均被检测到。基于显着关联SNP位点共挖掘到177个候选基因,其中135个具有功能注释,Zm00001d037368可能为控制地下节根层数和总条数的一因多效候选基因。候选基因功能的富集分析结果显示,候选基因的功能主要涉及植物体内的代谢调节、应激反应、运输活性、催化活性、结合蛋白及细胞成分等。【结论】玉米自交系的根系结构在不同年代间和不同类群间存在不同程度的差异,采用全基因组关联分析策略挖掘控制玉米根系结构的相关遗传位点及候选基因,共检测到26个显着关联的SNP位点。(本文来源于《中国农业科学》期刊2019年14期）
基因组结构论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
基因携带着生物体全部遗传信息,基因的表达是通过中心法则的两个过程即转录和翻译,将DNA遗传密码表达成为蛋白质的氨基酸序列。基因的表达对于生命活动的进行有着重要意义。基因组是细胞核内的全部DNA的总和,其中编码蛋白质的DNA约占基因组的2%,其余的绝大多数的非编码区域虽然不表达任何蛋白质,但是对于编码基因的表达起到了重要的调控作用。DNA缠绕组蛋白,并以八聚体的方式堆积成染色质并进一步压缩成为染色体,此外不同区域的DNA也会相互发生作用,形成基因组的3D结构。研究表明基因组的3D结构对于基因表达发挥着重要的调控作用,并与癌症的发生发展和药物反应等有关。本研究综述了关于基因组3D结构的研究进展、研究方法并对于其在癌症治疗过程中作用进行了进一步探究。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组结构论文参考文献
[1].答嵘,王伟.柯萨奇病毒B5基因组进化存在结构蛋白编码区VP4的重组[J].国际检验医学杂志.2019
[2].宋玉茵.基因组3D结构的功能研究[J].科学技术创新.2019
[3].白晓璟,王玉奎,左同鸿,刘倩莹,廉小平.甘蓝PMEI家族基因结构、基因组分布和表达分析[J].园艺学报.2019
[4].杨芳.七里香蔷薇叶绿体基因组测序及结构分析[J].基因组学与应用生物学.2019
[5].李旭,赵林,樊粉霞,李哲,卢昕.4株霍乱弧菌非产毒株溶源性噬菌体pre-CTXΦ的基因组结构分析[J].微生物与感染.2019
[6].王晓亮,闫学青,胡昳恒,焦远年.关于普通小麦形成过程中基因组结构变异和基因重复的研究[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
[7].张吉瑾,张茜茜,鲁非.基于高深度重测序技术的小麦基因组结构变异检测[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
[8].杨剑,胡卫国,张玉娥,赵虹,王西成.河南1997-2013年核心小麦品种的群体结构解析及13个产量相关性状的全基因组关联分析[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
[9].梁俊容,景怀琦.小肠结肠炎耶尔森菌基因组中前噬菌体基因结构特征分析[J].预防医学情报杂志.2019
[10].张小琼,郭剑,代书桃,任元,李凤艳.玉米花期根系结构的表型变异与全基因组关联分析[J].中国农业科学.2019
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